最引人注意的是毛泽东对林彪的怀疑。他认识林彪已有40年了，在一起共事也有30多年了，但从1966年以后，这两个人之间的关系便蒙上了一层乌云。那就是存在于任何一个政治体制里的微妙问题：接班。
1969年4月1日—24日举行的中国共产党第九次代表大会，是在国际局势紧张的情形下举行的。会议修改了党章，并选举了新的中央委员，选出了170名中央委员会和109名候补中央委员。新党章确定林彪为毛泽东的“接班人”。
接着，4月28日又召开了九届一次中央全会，选举毛泽东为中央委员会主席，林彪为副主席，并选出21名政治局委员和4名候补委员，选举了5名政治局常委：毛泽东、林彪、周恩来、陈伯达、康生。
毛泽东在1966年给他妻子的一封信中表达他对林彪的不满，他写道：我从来也不相信我的那些小书会有那么大的威力，可是他却把那些书捧得那么高，全国都跟着学。到1969年时，毛泽东开始怀疑林彪吹捧他是别有用心。
“九大”是林彪最得意之日，很可能正是毛泽东决定不能让林彪当接班人之时。林彪想要用军队的方式把文革继续进行下去，而毛泽东不仅怀疑林彪的野心，而且还感到军事手段不能代替政治手段。
毛泽东希望加紧进行无休止的革命以触动人们的灵魂，林彪则希望在军队的庇护下巩固文革的“成果”。
几个月来，毛泽东一直在沉思——从5月到10月他没有公开露面——1969年看上去像是林彪年。
此时，他已决定采取欲擒故纵的策略，让林彪玩火自焚——也许他不能不这样做。毛泽东指责林彪搞毛泽东的个人崇拜，个人崇拜使他看上去更像个宗教领袖，而不象位政治领导人。确实，林彪尊毛泽东为天才，一句顶一万句。
后来毛泽东对林彪说：“你不觉得这太过分了吗？一句就是一句，怎么能顶一万句呢？”毛泽东担心“万无一失的上帝”意味着远离人间，他怀疑林彪是在架空他。
毛泽东与林彪之间关系紧张的另一起因是：林彪想要填补国家主席的肥缺。这个位置曾由刘少奇占据。林彪说：“没有这样一个职位，社会制度就没有它应有的分量，人民就不知道谁有权威，谁没有权威。”
1969年底，中华人民共和国主席刘少奇被迫害致死。这条消息对中国一般老百姓是封锁的，但是，当时掌握国家党、政大权的核心人物则可以说是无人不知，无人不晓。因此，这些人心中都在盘算着中国将采取什么样的政权组织形式，谁来担任未来的国家主席。他们也想到，这些问题必将在九大之后不久要召开的第四届全国人民代表大会上有一个结果。
“文化大革命”把林彪推上了党内“第二号人物”的高位，成了由党章规定的“接班人”。然而，对林彪来说，他希望自己在国家职务中也能取得与他在党内相称的高位，能像刘少奇生前担任的职务一样，在党内是“副主席”，在国家职务上，担任“国家主席”。他希望通过第四届全国人民代表大会，名正言顺地当上中华人民共和国主席。
然而，毛泽东有他自己的想法。1970年3月，毛泽东提出召开第四届人民代表大会和修改宪法的意见，建议不设国家主席。为此，中央政治局开始进行修改宪法的准备工作。在中央召开的工作会议上，讨论了有关四届人大和修改宪法的问题，与会的大多数人赞同毛泽东关于不设国家主席的建议。然而，林彪对毛泽东的建议感到不满。因为，如果不设国家主席，林彪就永远不可能担任国家主席了。1970年4月10日，林彪有意提出设立国家主席，并建议由毛泽东担任。第二天，毛泽东断然批示道：“我不能再作此事，此议不妥。”
林彪当然不肯善罢甘休，仍一再坚持要毛泽东担任这一职务，毛泽东抱怨说，他不得不六次宣布他不想当国家主席。
林彪在第二号位置上感到焦急不安，离最高权力这么近，却感到无限遥远。
在九大之后的这段时期，毛泽东还得做一些文章，首先是林彪作为接班人的问题渐渐逼近，怎样才能不动声色地把他从二号人物的位置上撤下来。
毛泽东与林彪之间的紧张关系在70年代初秋的中央委员会庐山会议上公开了，他们之间的斗争如同当年毛泽东与彭德怀的斗争一样紧张，令人筋疲力尽，也正像八年前在这座山上一样震动了中共225名领导人，又使毛泽东数夜难眠。
斗争的焦点并不新鲜：国家主席、天才问题，解放军在政治中的作用，美帝国主义是否仍旧能构成威胁等问题。
林彪不象彭德怀对毛泽东那样粗鲁，实际问题似乎不象1959年的冲突那么严重。庐山会议的后果非常清楚。
1970年8月23日，中共九届二中全会在庐山召开。会议由毛泽东主持。周恩来宣布了全会的三项议程：（一）讨论修改宪法问题；（二）国民经济计划工作；（三）战备问题。而林彪不顾安排好的会议议程，以歌颂毛泽东为幌子，大讲天才问题，提出要设国家主席。
为了挫败林彪夺权的计划，毛泽东决定从陈伯达开刀。8月25日，毛泽东主持召开了中央政治局常委扩大会议，决定停止讨论林彪在23日会议上的讲话，收回华北组会议第2号简报，责令陈伯达检讨。毛泽东找林彪谈了话，周恩来找吴法宪、李作鹏、邱会作谈了话，要他们向中央作检查。
8月31日，毛泽东写了《我的一点意见》。毛泽东说：是英雄创造历史，还是奴隶创造历史，人的知识是先天就有的，还是后天就有的；是唯心论的先验论，还是唯物论的反映论，我们只能站在马列主义的立场上，而决不能跟陈伯达的谣言和诡辩混在一起，并把林彪一伙的这次表演形容为“大有炸平庐山，停止地球转动之势”。
九届二中全会根据毛泽东的意见，决定对陈伯达进行审查并发展到公开批判。
毛泽东后来对斯诺说：“个人崇拜是‘讨嫌’的，个人崇拜已完成其使命了，再继续下去只会为林彪服务。”
毛泽东在中南海告诉斯诺：他欢迎尼克松来访华，无论是以旅游者的身份来，还是以总统的身份来。这句话为1971年春在对外政策问题上同林彪进行最后较量摆好了战场。而林彪却制定不偏不倚反对两个超级大国的政策。毛泽东制定出战略进行一场大战，这是他一生中最大的但并非势均力敌的战斗之一。这必定是一场大战、恶战。
林彪已经在中国人民群众面前被提到极高的位置，甚至在党章里也明文规定他为中国的第二把手。
林彪不象彭德怀，他有一群忠实的高级军官在其左右。在1971年初夏，他们便能秘密策划以林家王朝来取代毛泽东的政权，自长征中与张国焘的斗争以来，毛泽东在中共党内还从来没有遇到过这么强烈的军事对垒呢！
除掉林彪，其代价将是值得的。毛泽东用了几个月的时间来权衡此事。
毛泽东一定得小心行事，所以他首先清除了与林彪结盟的陈伯达，这就切断了林彪与极左派之间的联系。然后，在1970年12月和1971年4月的会议上，他把炮口瞄向林彪周围的“干将”。
1970年，毛泽东会见斯诺时说：“在我们1965年进行谈话的时候，许多权力（各个省、各个地方党委内，特别是北京市党委内的宣传工作的权力）我都管不了了。”正因为如此，他那时曾说需要更多的个人崇拜，以便鼓励群众去摧毁党的官僚机构。
自然，个人崇拜搞过火了。毛泽东说：“要人们去克服三千年迷信皇帝的传统习惯，是困难的事情。所谓‘四个伟大’（伟大导师、伟大领袖、伟大统帅、伟大舵手）多嫌，总有一天要统统去掉，只剩下“Teacher（导师）这个词——就是教员”。毛泽东又说：“在过去几年中，有必要搞点个人崇拜，现在没有这种必要了，应当降温了。”
伏尔泰曾说过：如果没有上帝，人类也必须选一个。
毛泽东对斯诺说：文化大革命中有两件事情他很不赞成的一件事情是讲假话，有人一面说要文斗，而实际上却在桌子下面踢人家一脚，然后把脚收回来。当被踢的那个人问他“你为什么踢我啊”，他又说，“我没有踢啊，你看，我的脚不是还在这里吗”？这是假话，后来文革中的冲突发展成了打派仗——开始用长矛，后来用步枪，又用迫击炮，外国人讲中国大乱，不是假话，是真的，武斗。另一件事情是虐待“俘虏”——罢了官和接受再教育的党员和其他的人，虐待俘虏现在已经拖延了党的重建和改造。
毛泽东又说：如果一个人不讲真话，他怎么能得到别人的信任呢？谁信任你啊？朋友之间也是这样。
1970年12月18日，毛泽东有意向斯诺透露：中国内部政治斗争目前十分紧张，以看美国有什么反应。毛泽东说：“现在喊我万岁的人有三种：第一种是真正喊，这种人不多；第二种是随大流，这种人最多；第三种嘴上喊万岁，心里希望我早死，这种人少，可能有那么几个。”
1971年4月15日，召开了有中央、地方和部队负责人共99人参加的“批陈整风汇报会”。林彪顿觉摸不着头脑，不免惊恐万状。
1970年九届一中全会以后，随着批陈整风运动的进展，毛泽东看到一些人的检查交待和揭发材料，觉察到林彪一伙人的“突然袭击，地下活动，是有计划、有组织、有纲领的”。毛泽东采取“甩石头”、“掺沙子”、“挖墙角”三项办法观察他们的动向，削弱他们的权势。他还担心这些掌握军权的人会搞些什么不测事件，觉得必须采取一些预防措施。他说：陈伯达周游华北，到处游说。我要学他的办法，到南方去游说各路诸候。
然后，毛泽东南下巡视各大军区，为反对林彪做准备。在一次会上，他突然把脸转向总参谋长说：“我就不信你黄永胜能够指挥解放军造反。”
1971年8月14日至9月12日，毛泽东由汪东兴、张耀祠陪同乘专列离开北京。16日到达武汉，同武汉军区兼湖北省负责人刘丰谈了话。17日又将河南省负责人刘建勋、王新召到武汉谈话。25日将前不久由湖南调到国务院工作的华国锋从北京找到武汉谈话。27日下午两点离开武汉前，在火车上又同刘丰谈了一次。
27日晚毛泽东到达长沙，晚8时同湖南省负责人卜占亚以及随同到长江的华国锋谈话。28日晚9时，将广州军区和广东、广西负责人刘兴元、丁盛、韦国清召到长沙谈话。30日上午又谈了一次。
8月31日晚毛泽东到达南昌，江西负责人程世清和奉命于上午到达的福州军区兼福建省负责人韩先楚去车站迎接，毛泽东同他们在火车上谈了两个小时左右。9月1日上午，南京军区兼江苏省负责人许世友奉命到达南昌。当天下午和9月2日上午，毛泽东同程、韩、许共谈了两次。
毛泽东于9月3日零点左右到达杭州后，同浙江省及当地驻军负责人南萍、熊应堂、陈励耘谈了一个多小时。9月10日下午2时半至3时40分，毛泽东离开杭州前，又同南、熊、陈及白宗善谈了一次。
10日晚专列到达上海后，停在西郊吴家花园附近专线上，毛泽东在车上同上海市负责人王洪文、王维国谈了话。11日上午，许世友奉命从南京飞来上海。毛泽东10时半同许世友、王洪文在火车上谈了话。下午2点毛泽东的专列离开上海北返。
毛泽东离开上海后，许世友乘飞机赶回南京在火车站等候。11日晚6时左右，专列在南京站停留十几分钟后，继续北返。9月12日中午到达丰台火车站，毛泽东将北京军区和北京市负责人李德生、纪登奎、吴德、吴忠找来，在火车上同他们谈了话。晚5时左右，专列到达北京站，毛泽东回到中南海。
毛泽东的活动范围相当广泛，接触的人中相当多，其中夹杂着林彪一伙的人。毛泽东在各地的谈话内容，中共中央根据在各地的谈话纪要综合整理出一份《毛主席在外地巡视期间同沿途各地负责同志的谈话纪要》，于1972年3月17日转发全党，要求即向全党全军全国人民进行传达。
根据九届二中全会和其后开展的批陈（伯达）整风情况，毛泽东在南巡谈话中，首先强调“三要三不要”，即要搞马克思主义，不要搞修正主义；要团结，不要分裂；要光明正大，不要搞阴谋诡计。他说：思想上政治上的路线正确与否是决定一切的。历数建党50年来发生十次大的路线斗争，党没有分裂，我们这个党是有希望的。其次，他批评林彪一伙在九届二中全会上的表现和林彪的错误言行。最后，他要求军队、地方都谨慎；解放军要学全国人民，一切行动听指挥；要读马、列的书。他还说，干部的大多数是好的。
此外，毛泽东还在谈话中对党内一些重要人物作了评述，他说：“遵义会议是张闻天、王稼祥支持的；陈独秀不讲民主，怕农民，他有个长处，不爱财；五十年不容易，党的历史叫大家知道好；长征途中张国焘搞分裂，在关键时刻，叶剑英立了一大功，你们应当尊重他；百万雄师过大江时有个前委，主要是邓小平起作用。毛泽东还说：要培养年轻人到中央，光是老将不行；对子女的反瞒产；资本家定息还搞不搞，要讨论一下；民主党派问题要拖一拖，等斗批改搞得差不多了，把民主党派的牌子再挂出来；现在生产情况还好，就是日用品不够用；雅尔塔会议是瓜分世界的会议。毛泽东还针对称颂他为‘天才’等三个副词问题说：现在要降温，把我的像到处挂，日晒雨淋，可怜噢！”在南巡过程中，毛泽东还协调了福建和江西、上海和江苏的关系，要浙江一些人解决和南京的关系问题。
九届二中全会之后，毛泽东在不同场合多次批评军委办事组和黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作等人。1971年4月29日，周恩来在批陈整风汇报会上明确指出：黄、吴、叶、李、邱在政治上犯了方向路线错误，组织上犯了宗派主义错误。但黄等心中没底，不知此事是否就此了结，担心在九届三中全会上，把他们的问题端出来。
毛泽东在南巡路途的多次谈话，把1970年的庐山会议说成是党内第十次大的路线斗争，说“他们先搞隐瞒，后搞突然袭击，五个常委瞒着三个，也瞒着政治局的大多数同志”。“他们的突然袭击是地下活动，是有计划、有组织、有纲领的。”“有人急于想当国家主席，要分裂党，急于夺权。”“这次庐山会议，又是两个司令部的斗争。”“庐山这件事还没有完，还没有解决。”这里，已将九届二中全会上的事件上升到“夺权”、“两个司令部的斗争”。
毛泽东在谈话中，不仅点了黄、吴、叶、李、邱等“大将”的名，还批评林彪说：他有些话说得不妥嘛。什么“顶峰”啦，“一句顶一万句”啦，说过头了嘛。什么“大树特树”，名曰树我，不知树谁人，说穿了树他自己。林彪当然要对庐山这一次的斗争“负一些责任”。毛泽东在南巡中多次对一些人说：“我一向不赞成自己的老婆当自己工作单位的办公室主任。林彪那里，是叶群当办公室主任”，黄、吴、李、邱向林彪请示问题都要经过她。毛泽东还说：“二十几岁的捧为‘超天才’这没有什么好处。”这是指林立果在空军里的一个讲话报告，被吴法宪等吹为“超天才”。林彪一家四口人，毛泽东指名不指名的批评了三个人。
毛泽东历来很重视军队。针对当时一个很流行的提法，毛泽东批评说：“什么人民解放军我缔造和领导的，林彪亲自指挥的，缔造的就不能指挥呀！”毛泽东还在一些场合中说：现在我要管军队的事，军队要统一，要整顿。强调“一切行动听指挥”。
但毛泽东很策略，为稳住林彪，毛泽东留有余地说话：“对这些人怎么办？还是教育的方针，惩前毖后，治病救人，对林彪要保，不管犯了错误，要讲团结。……有的可能救得过来，有的可能救不过来。大凡犯了路线错误的人，是很难救回的。陈独秀、王明、张国焘就是这样。”毛泽东策略性地做出要“保护”甚至“拯救”他的接班人的姿态。
林彪集团中的一些人打算铤而走险。林彪退避到风景秀丽的苏州，与妻子和26岁的儿子进行紧张的商议。他那鲁莽的儿子林立果和其他几个空军里的冒失鬼开始计划推翻毛泽东的宫廷政变。他们未征得林彪和他那些高级随从的同意，甚至可能没有让林彪知道，便搞了一个粗糙的方案。政变的代号是“571”，这是汉语“武装起义”的谐音，这个行动计划称毛泽东是“B-52”。
1971年9月11日，在北戴河的林彪、叶群知道了毛泽东已离开上海的消息后，感到他们的谋杀计划彻底破产了，按照《“571工程”纪要》的设想，他们决定南逃广州，另立中央。但后来林彪决定还是飞往苏联。9月13日凌晨，飞机越出中国国境，进入蒙古上空。
当吴法宪来电话请示是否对飞机进行拦截时，毛泽东说：“天要下雨，娘要嫁人，不要阻拦，由他去吧。”
林彪所乘的飞机在飞越中国国境250公里后燃料便用完了，随即坠毁在蒙古温都尔汗，机上八男一女全部死亡。
有史以来，人民解放军第一次经历了一场大分化、大震动和大清洗。一些高级军官逃往苏联，大约20名中级军官企图逃往香港。
这场危机使毛泽东不得不将其他紧急的国内事务搁置一年之久。这场危机改变了毛泽东对中国革命未来历程所持有的看法。
