清朝在收复台湾过程中，坚持剿抚并举的总体方略，把政治谋略、军事谋略广泛运用于战争指导、战争准备、战役筹划、作战指挥与战局控制之上，体现了较高的驾驭战争能力和谋略水平，保障了统一台湾战争的顺利实施。
正确把握两岸政治军事形势走向，以和促统，以战求和，坚持剿抚并举的战略指导
1664年3月，清军攻占东山，郑经率残部逃离大陆，退居台湾。郑经逃台后，“改东都为东宁，天兴、万年二州，划府治为四坊，坊置签首，理民事。制鄙为三十四里，置乡长，行乡治之制”。①郑氏集团以台湾为据点，逐渐走上了分裂国家的道路。
当初，清廷欲乘夺取金、厦之威，渡海攻台，以武力消灭郑氏集团，一举统一台湾。但在1664年12月和次年3、4月渡海攻台未果后，清廷对武力攻台产生了疑虑。从地理条件看，清军认为：“台湾乃远洋绝地，狂风恶浪，四时无常，水性难测，比之沿海，颇为殊异。”从作战力量看，清军“八旗劲旅”善于骑射，海上作战非其所长。水师虽有数万，但大多由郑军投降之人组成，清廷认为“难免无贰心”，对这支水师很不放心。从全国形势看，天下大势已定，清廷认为，郑氏偏安孤岛已无碍大局。且由于连年战争，民生凋敝，国家急需休养生息。因此，清廷对郑战略指导逐步由武力征服转移到政治招抚上来。1667年9月，清军以“藩封”为条件，派总兵孔元章赴台劝降。然而，郑经自恃远隔重洋，台湾军事、经济实力有所增长，以为清廷无可奈何，逐步滋生了割据偏安的思想。对于清廷的招抚，郑经在给其舅舅的信中说：“自昔先王以及于甥，清朝来议者不啻再三，曩者各岛全盛之时，犹以剃发不肯。今日东宁，版图之外另辟乾坤，幅员数千里，粮食数十年；四夷效顺，百货流通，生聚教训，足以自强。又何慕藩封?何羡于中土哉?倘清朝以海滨为虞，苍生为念，能以外国之礼见待，息兵安民，则甥亦不惮听从；不然未有定说，恐徒费往返耳。”从郑经的态度看，台湾已由“反清复明”的基地，变成郑氏集团“割据海外”的据点，清廷的“藩封”显然已不能满足其极度膨胀的政治野心。
清廷断难承认台湾“独立”，但考虑到国家休养生息的总方针及仍有可能和平统一的前景，清廷对郑氏集团保持了相当程度的克制，并做出了重大让步。一是裁撤福建水师，增加两岸互信，将主战派将领施琅调入京城。二是提高谈判级别。1669年7月，清廷派刑部尚书明珠、兵部侍郎蔡毓荣赴闽主持抚台事宜，选派兴化知府慕天颜赴台招抚。三是进一步放宽招抚条件。对于郑经所坚持的“效朝鲜事例”，康熙明确指出：“若郑经留恋台湾，不忍抛弃，亦可任从其便。至于比朝鲜不剃发、愿进贡投诚之说，不便允从，朝鲜系从来所有之外国，郑经乃中国人，若因居住台湾，不行剃发，则归顺悃诚，以何为据。”并强调：“果遵制剃发归顺，高爵厚禄，朕不惜封赏。即台湾之地，亦从彼意，允其居住。”④这些招抚条件，已经十分优厚。只要郑氏集团承认清廷的中央政府地位，清廷也承认郑氏集团在台湾的存在。尽管如此，郑经仍不满足，坚持独立立场，使谈判陷入僵局，明珠返京，海峡两岸进入对峙状态。清廷在招抚过程中，裁撤福建水师，单纯以和求统，缺乏武力手段做后盾，不仅未使郑经“削发登陆”，反而使郑经利用谈判之机，发展农商，整军备战，坐大坐强。不过，清廷虽没有达到以和平手段解决台湾问题的目的，但通过两岸谈判往来，加强了两岸沟通与理解互信，争取了傅为霖等一批有识之士的理解和支持，为郑氏最终投降奠定了思想和政治基础。
1673年，吴三桂反叛清朝，耿精忠举兵响应，郑经乘耿与清军交战之际，夺占漳州、泉州、莆田、潮州、惠州等地。1676年，耿精忠降清，清军收复福建大部。1678年9月，清军发动漳州战役，歼灭郑军大部，郑军大将刘国轩
率残部退守海澄。随后，清廷再次对郑氏集团展开招抚。但郑经除提出不削发、不登岸、照朝鲜例以外，进一步提出沿海诸岛由郑军占据，军队粮饷由福建供应的要求。清认识“郑锦(即郑经)无降意”。因此，对郑战略指导逐步转变，由一味的招抚转为剿抚并举。这是因为，从全国战局看，陕西、广东、江西战场已取得胜利，湖南战场吴军节节败退，平定吴三桂指日可待，清军能够从江南和湖南、广东战场抽调大批兵力人闽作战。康熙皇帝经过“三藩之乱”，政治上逐步成熟，统卸部队、驾驭全局的能力得到提高。康熙帝自己也说：“自逆贼变化以后，觉事多难处，每遇事必慎重图维，详细商榷而后定。”①在近期与清军的交战中，郑军投降者多达2万人，这使清廷大大增强了对郑作战的信心。另外，清廷与郑氏集团交战与对峙的20多年，东南沿海迁界禁海，极大地破坏了社会经济发展，影响了政府财税收入。清军重兵驻闽，每年耗银百万，加大了中央和地方的财政负担，朝野都期望尽快解决台湾问题。漳州战役后，福建总督姚启圣建议：“今练兵、抚贼、守边、绝粮，贼势渐衰，正宜乘机剿灭。”②康熙深表赞同，“决意厚集舟师，规取厦门、金门二岛，以图澎湖、台湾”③。郑经死后，郑氏内乱，康熙看到形势有利，于1681年6月下达谕旨：“郑锦(经)既伏冥诛，贼中必乖离扰乱，宜乘机规定澎湖、台湾。”“将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机。”④这标志着清廷剿抚并举指导思想正式确立。在立足武力收台的同时，清廷没有放弃和平手段。1682年9月，郑氏集团由于内部新乱，郑军大将刘国轩和侍卫冯锡范派员向清廷提出“照琉球、高丽外国之例称臣奉贡”⑤。尽管清廷判断此举可能是郑氏集团使用的缓兵之计，但康熙仍然指示：“若贼寇能诚心改恶，削发归诚，督抚等公同详确，发往招抚。”⑥并派福州副将黄朝用赴台商讨招抚事宜。澎湖大战歼灭郑军水师后，康熙仍“特下诏旨招降，倘其来归，即令登岸，善为安插”⑦。清廷剿抚并举的战略指导，在坚持武力打击的同时，给郑氏集团留有出路，为郑氏集团的最终投降铺平了道路。
