神创论者对进化论的攻击听起来似乎很有道理，这很大程度上是因为他们并不讨论进化本身，而是纠缠在一些让公众感到愚蠢而可笑的误解上。神创论者错误地认为他们对于进化的理解正是进化论所表述的，然后宣称进化论被抛弃了。事实上，他们所说的东西根本与进化不沾边。（微不足道的科学教育一般不能改变这种状况。甚至绝大多数刚开始学习生物学的大学生也不理解进化论）
下面五个观点大概是源自神创论者的假想进化论的五个最常见误解。如果你听到有人提出这些主张，极有可能说明他们对于进化论的理解不够充分，而不能形成明智的看法。
进化从未被观察到。
进化违反了热力学第二定律。
没有过渡型的化石。
进化论说，生命起源和进化的过程是随机的。
进化论仅仅是个假说，它从未被证明。
下面是对于这些命题为什么错了的解释。它们是简介，因此有些地方被简化了；你可以参考本文最后的参考文献从而获得更多的解释。
进化从未被观察到
生物学家把进化定义为一个种群的基因库随时间的变化。一个例子是昆虫经过数年发展出了对于杀虫剂的抵抗力。甚至大多数神创论者承认进化在这个层次上是个事实。他们所不欣赏的是，这种进化的速度足以从一个共同祖先演化出所有各种各样的生物。
由进化产生新物种的现象在实验室和野外都已经被观察到。例如Weinberg, J.R., V.R. Starczak, and D. Jorg, 1992, "Evidence for rapid speciation following a founder event in the laboratory."
Evolution 46: 1214-1220。TalkOrigins文库里“物种形成的观察实例”还提供了另一些例子。
即使不考虑这些直接的观察证据，说进化从未被观察到也是错误的。证据不局限于在你眼前发生的事物。进化论预言了我们在化石记录、比较解剖学、基因序列、物种的地理分布等中能看到什么，这些预言经过了多次检验。支持进化论的观察资料数量之多是无法抵抗的。
我们所没有观察到的现象是，一种动物突然变成根本不同的另一种，例如青蛙变成牛。这不是进化论的问题，因为进化不会发生那样离奇的情况。事实上，如果我们观察到了一只青蛙变成一头牛，那将是一个反对进化的强有力的证据。
进化违反热力学第二定律
这不仅误解了进化，更误解了热力学。热力学第二定律说：“不能把能量（热能）从低温物体传递到高温物体而不引起其他变化。”（Atkins，1984，第二定律，p25）。现在你可能挠头思考这和进化有什么关系。混淆来源于第二定律的另一个等价表述：“封闭系统的熵永不减少。”熵用来表示不可用的能量，常常和直观的混乱或随机概念联系在一起。神创论者因此曲解了第二定律，说事物总是从有序发展为无序。
然而，他们忽视了生命不是一个封闭系统的事实。太阳提供的能量远远超过需要。如果一棵成熟的西红柿得到的有用能量超过它从一粒种子成长起来所需的能量，为什么还要怀疑下一代西红柿会不会得到超出需求的有用能量呢？神创论者有时试图通过声称生物携带的信息为自身创造了有序，从而逃避这个问题。然而，不仅生物与第二定律不相关，非生命系统中从无序中产生的有序也是如此。雪花、沙丘、龙卷风、钟乳石、夷平的河床以及闪电就是自然界中一些从无序中产生有序的例子，实现那种有序
不需要一个智能程序。对任何有大量能量流动的重要系统，你几乎肯定可以从其中的某处找到有序。如果从无序中产生的有序违反了了热力学第二定律，那么为什么它在自然界中如此普遍？
用热力学反对进化论，既误解了热力学，也误解了进化论。如果对进化的机制有清楚了解，就能揭示这种观点的主要缺陷。进化论认为，生物繁殖过程中，代与代之间仅有较小的变化。例如，动物的附肢较之其父母更长或更短、更粗或更细、更白或更黑。进化论认为，一旦差别出现，繁殖成功差别也随之出现。例如，附肢较长的动物也许比较短的动物繁育了更多的后代。这些过程现在全都可以观察到，它们显然不违反任何物理规律。
没有过渡型的化石
过渡型的化石看起来就像介于两个世系之间的生物，意味着它拥有世系A的一些特征，也有世系B的一些特征，还有介于两者之间的一些特征。过渡型的化石可以出现在任何分类学的级别上，例如种和目等等。在理想情况下，过渡型化石应当处于第一个出现的祖先和第一个出现的后代的地层之间。但是进化论也预言，过渡型的化石还可以出现在两个世系之后。进化论并没有说中间类型的物种只有一支后代；或曰在进化出某一支后裔时，中间类型并没有必要灭绝。（译者注：这一段话可能有点绕。A、B两个
世系应当是年代上相隔较久的世系，假设A是祖先，B是后代，其中间型AB的一部分演化为B，另一部分仍然保留AB的特征，没有发生重大变化，也没有灭绝。那么，在B出现后，AB仍然存在，所以有可能在晚于B出现的年代地层里发现AB的化石。不知道这样说是否表达了原作者的意思，恳请读者批评指正。）
说没有过渡型的化石，完全是错误的。自《物种起源》出版之后，古生物学家取得了一些进展，找到了数以千计的过渡型化石。化石记录仍然残缺不全，将来还是会如此；腐蚀和缺少可形成化石的（地质）条件使这种情况不可避免。并且，过渡可能发生在一个小的种群中、一个小的区域内和/或在一段相对较短的时间里。如果满足了这些条件中的任何一个，找到过渡型化石的机会就会减少。然而，还是有许多完美的过渡型化石系列存在。著名的例子包括从爬行类到哺乳类、从陆生动物到早期的鲸鱼、
以及从猿到人的过渡型。
对于过渡型化石缺失的误解将会永远存在下去，部分是因为人们对于种类的通常思维习惯。当人们思考诸如“狗”或者“蚂蚁”这样的种类的时候，他们常常下意识的认为种类之间有明确的分界线，或者存在对于种类的永恒的理想化定义形式（对于哲学家，这叫做柏拉图式思维）。这种思维导致人们断言始祖鸟是100%的鸟，但它毫无疑问有鸟和爬行类的混合特征（事实上它的爬行类的特征更多）。事实上，种类是人造的观念。自然不受其约束，事实也是如此。
一些神创论者声称间断平衡假说（由埃德里吉和古德尔提出）是用来解释化石记录的断层的。事实上，它是用来解释过渡型的相对稀少而不是根本没有过渡型，也用来解释为什么在某些物种的某些阶段，物种形成在有些情况下相对较快，有时候较为缓慢，有时候根本没有。它根本没有否认过渡型化石的存在。事实上，埃德里吉和古德尔都是神创论直言不讳的反对者。
“但是古生物学家已发现了一些过渡形态和过渡系列的极好的例子，完全足够说服任何不抱偏见的怀疑者接受生命的自然谱系的事实。”
——Stephen Jay Gould, Natural History, May 1994
进化论说，生命的起源和进化过程是随机的
没有其他任何说法比这一条可以更好地显示主张者不懂进化论。偶然性的确在进化中扮演了大部分的角色，但是这一说法完全忽略了自然选择的决定性角色，选择是偶然性的完全对立面。
偶然性以突变的形式提供了基因变异，是自然选择运作所必需的原料。这样，自然选择挑选出特定的变异。这些能够给他们的拥有者带来更大繁殖成功的变异被保留了下来（偶然性保证这样的有益突变是不可避免会产生的），而不太成功的变异将被淘汰出局。当环境变化时，或者生物迁徙到了一个新的环境，不同的变异就被选择出来，最终导致不同的物种。有害的突变常常很快消亡，它们不会影响有益突变累积的过程。
自然发生说（第一个生命的起源）也不完全依赖偶然性。原子和分子绝非完全随机排列，而是根据它们的化学性质排列。特别是在碳原子的情况下，这意味着复杂分子一定会自然形成，并且这些复杂分子一定会相互影响而产生更为复杂的分子。一旦一个自我复制的分子基本形成，自然选择将会引导更有效率的自我复制分子的形成。第一个自我复制的物体不必像一个现代细胞那样复杂，甚至不必像一股DNA那样复杂。一些自我复制分子实际上根本不复杂（正如有机分子那样）。
有些人仍然争辩说，一个特定的自我复制分子不可能在一个特定时候形成（尽管他们通常不说“特定的”，然而却在他们的计算中暗示了这一点）。的确如此，但是存在着海量的分子，没有人知道到底有多少可能的自我复制分子成为了第一个（自我复制分子）。自然发生说的几率计算是无意义的，除非它认识到存在无限的初始原料，自我复制分子就是从中产生的，可能产生无数不同的自我复制分子的形态，并且事实上很多自我复制分子的结构并非随机产生的。
（要认识到，进化论并不依赖于第一个生命是如何产生的。自然发生说是否正确根本不会影响进化）。
进化论仅仅是个理论，它从未被证明
首先，我们要澄清“进化”的涵义，像其他很多词那样，它有不止一种涵义。它严格的生物学定义是“等位基因频率随时间的变化”。按照这个定义，进化是个毫无疑问的事实。大多数人似乎把“进化”与共同起源说（即所有生命起源于同一祖先的理论）联系在一起。很多人相信也有足够证据表明共同起源说是一个事实，然而共同起源说不是进化论，而仅仅是它的一小部分（也是一些其他理论的一部分）。进化论不只是陈述生命会进化，它也包括突变、自然选择和遗传漂变（genetic drift）等有助
于进一步解释生命如何进化的机制。
把进化论称作“仅仅是一个理论”严格来说是正确的，但是它意图传达的思想完全错了。争论来自对于“理论”（假说）在非正式和在科学文本使用上差别的混淆。一个理论，在科学意义上，是“一组有条理的一般命题，作为解释一类现象的原理”（兰登版《美国大学词典》）。这个词并没有暗示假设或者缺乏确定性。一般而言，科学理论不同于科学定律之处仅仅在于定律可以更简洁的表达。作为理论，这暗示了它的自洽性，与观测一致和有效性。（神创论是不合格的理论，主要是因为最后一点。
它对于我们可以预期发现什么极少有或者基本没有主张，因此它没有任何用处。当它作出虚伪的预言的时候，这证明它们是错误的。）
缺乏证据也不是缺点。相反，断言自己绝无谬误则体现出傲慢。现实世界中没有任何事物能被严密地证明。数学意义下的严格证明，只有在能够对所涉及的所有事物和操作都进行毫无歧义的定义时才是可能的。在现实世界中，我们需要向观测证据的精确度妥协。如果我们有更多和更好的证据，我们就认为（理论）有更大的确定性。当证据足够的时候，我们就把它称作事实，即便它仍然不是１００％确定。
进化所具有的是任何科学主张都有的——证据，大量的证据。进化拥有广泛的观察记录，这些领域包括遗传学、解剖学、生态学、动物行为学、古生物学及其他。如果你要挑战进化论，你必须从事进化论的研究。你必须表明证据或者是错误的，或者（与进化）不相干，或者证据与另一个理论吻合的更好。当然，要做到这一点，你必须既懂得理论，又明白证据。
结论
以上并非是对进化的所有误解。其他常见的误解包括测定地质年代的技术如何运作，道德和宗教的暗示，均变说（译注：即认为地球表面上发生的缓慢的自然过程如高山的形成和侵蚀、河道的冲凿等在整个地球史上都是以大致相同的速率进行的）等等，在此不可能一一论述。
但是请考虑一下：大约一百年前，科学家——那时候差不多都是神创论者——观察着世界，揣摩神的行事方法。这些神创论者得出了地球非常古老、物种由进化而来结论。从那时起，成千上万的科学家使用更先进的工具研究进化论，他们中间的很多人对于热力学定律有着深刻的认识，知道如何解释化石发现等等。为进化论找到一个更好的替代理论，将给发现者带来名望和财富。有时候，他们的工作改变了我们对于进化如何运作的重要细节的认识，但是在从事进化论研究的人们中间，对进化论的本质仍然
没有任何异议。
