雍正皇帝的政制改革，影响最为深远的，是设立军机处。
尾大不掉，是历来行政机构设置的难题。要办事，就要给权；一给权，其就膨胀；一膨胀，就办不好事；事办不好，只好给更多的权……形成恶性循环。
而军机处却成为中国历史上最为精简、扁平的政府机构：只有军机大臣、军机章京两层，有官无吏，队伍极其精干，工作流程极其简捷，再加上明确要求的“勤、速、密”三大工作作风，工作效率极高，令雍正在大刀阔斧的改革中，得以摆脱对已经程式化、官僚化的内阁系统的依赖，获取更为高效的执行力支撑。
这个“威命所寄”的权力核心，能够发挥压“扁”政府的作用，关键因素却是其“三无”特点——无编制、无定员、无预算。与此相类似的，是晚清的总理衙门，虽然长期扮演着外交部的角色，却一直是个“三无”的临时机构。
这种机构设置，意图在于：在正规的行政机器难以有效施政的情况下，借此提高行政效率、至少提高最高层的行政效率；其设立和撤销，绕开了复杂的流程，不涉及对整个行政架构的高难度调整，便于进退；其不会过度增加行政成本；便于最高领导人绕开固有的行政流程、实现其在组织人事上的各种意图。
军机处的成员，直接从内阁中选拔人员兼任，军机大臣、军机章京都是兼差，无论人事关系还是工资奖金，都不在军机处，各有自己的本职工作和单位，相互之间也并无明确固定的上下级关系，所有人、包括章京的任免都由皇帝一人裁决，这导致其内部结党的难度大大增加；
内阁虽然蜕变为纯粹的日常行政执行机构，被剥离了决策功能，但依然与军机处相互制衡：军机处有实无名，内阁有名无实，一个动口而不动手，另一个动手而不动口，口与手的分离，有效地避免形成新的权力垄断；
与军机处相互制衡的，还有“御前大臣”。御前大臣掌管了相当的财力、物力乃至军力，可算是真正的“内廷”，而军机处则相当于连接内廷与外廷的“中廷”。根据清制，“军机大臣及御前大臣彼此不令相兼，所以杜专擅而防雍蔽”，这种大清特色的制衡机制，确保了军机处的权力不至于过度膨胀：一个典型的反面例子，就是和珅兼挑了军机大臣与御前大臣，形成了巨大的小集团。
军机处在中国历史上第一次有效地提供了一个管理大国的中性的、非政治化的行政工具，既大大提高了行政的效率，又避免了其本身成为权争主角的历史怪圈，可算是中国政制史上一大改革。美国学者白彬菊(Beatrice Bartlett)更是认为，军机处实现了从“君主专政”向“大臣行政”、从“直接的君主个人专制”向“君臣联合行政”的转变，军机大臣协助皇帝对庞大帝国的海量信息进行筛选和处理，得以将有限的资源投放到最根本和主要的地方，是提升中央机枢决策效率的关键。(雪珥)
