从一九六七年初的大“夺权”起，一年的结果，全国的形势极端混乱，“天下大乱”并没有达到预期的“天下大治”，整个国民经济尤其是工交生产每况愈下，发出了全面告急的信号。五月底，因为派性武斗升级，甚至冲击军管会，抢夺枪支，使一度有所好转的铁路运输状况又严重恶化，京广、津浦、陇海、浙赣四条铁路干线处于半瘫痪状态，单单徐州一处，就停开货车六十九列，使包括国际列车在内的客货运输无法正常运行。〔1〕七月二十二日，江青在接见河南群众组织代表时肯定了“文攻武卫”的口号，并说：“你们自卫的武器不能放下。”第二天，“文攻武卫”的口号在《文汇报》上发表。各地的武斗流血事件恶性发展。有些地方甚至使用大炮等重武器来打派仗，出现了“全面内战”的严重局面。九月初，除东北外全国铁路交通中断，东北的铁路也多处堵塞。由于煤炭运输发生困难，工业用电甚至城镇居民用电的供应时常中断，造成巨大损失。与此同时，大批中外船只无法按期装卸货物，使沿海沿江许多港口、码头的货物堆积如山。国内工业生产的停滞和破坏，造成不少援外项目被迫停产，国家的信誉遭到严重损害。
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一九六七年十月下旬，摆在周恩来面前的是这样一份全国工交生产情况报告：
自五月份开始，工业生产和铁路运输陆续出现较大幅度的下降。到九月份，钢和生铁的平均日产量都降到一点二万吨，只为全年计划平均日产量的百分之二十六左右；原煤（部直属矿）的平均日产量下降到二十六点八万吨，为全年计划日产量的百分之五十；每日平均发电量下降一点六亿度，为全年计划日发电量的百分之六十；原油的平均日产量下降到一点九万吨，为全年计划日产量的百分之四十；铁路平均日装车数下降到一点九万车，为计划日装车数的百分之四十六。第三季度全国工业生产平均水平大约只有原计划的百分之五十左右。估计一九六七年的全部工业总产值，大约只能完成原计划（草案）的百分之七十左右。〔3〕
怎样改变国民经济如此严重的状况，这副沉重的担子只能落到本来已心力交瘁的周恩来的肩上。但要解决这些问题，他又受到种种因素的严重制约。
一直为国计民生操劳的周恩来，这时真是忧心如焚。作为还远远没有摆脱贫困落后状态的大国的“当家”人，他无论如何不能容忍那些破坏国家正常经济秩序和人民生活的行为，不能不对那些打着“最最革命”的旗号、实际上却处处为自己和小团体争权夺利的“造反”行为感到厌恶。他这时的言论，已很少讲“文化大革命”的“成绩”，更多的是指出一年多的“革命”给予国家建设和人民生活造成的实实在在的损失和破坏，以及他对这些严重后果的极大愤慨和不安。
这年九月五日，中共中央、国务院、中央军委、中央文革小组联合发出周恩来主持起草、并经毛泽东批准的《关于不准抢夺人民解放军武器、装备和各种军用物资的命令》。六日，周恩来接见联络员和中央文革驻各地记者时，针对有些地方提出现在正是“反动资本主义复辟逆流在全国反扑的前夕”、要“武装夺取政权，战争解决问题”的提法，指出：这种对形势的估计完全是错误的，是极左倾向。当前任何一个省都首先要停止武斗和夺枪，建立革命秩序。八日，他在接见一个国防尖端会议的代表时说：我看派性现在已经登峰造极了，不能再往下发展了；再不回头，不管哪一方面，就要犯罪了！并指出，两派打架，不知影响了多少生产，特别是损害国家资财，完全是小资产阶级的破坏性。十六日、十七日，他分别接见北京市大专院校红代会“天派”和“地派”的代表，当着陈伯达、江青的面，批评北京大专院校各派的许多做法是“法西斯行为”，批评他们还在四处串连，“包打天下”，并把自己的派性观点带下去影响各地的做法，是“一种小资产阶级的狂热性”。说：不要唯我独尊，唯我独“左”，要联合。北京两派的派性观点应该批判。对还在外面串连的学生，给一个月的限期，不回来就开除学籍。哪有这样闹革命的？
十月七日，中共中央转发毛泽东视察华北、中南和华东地区时的指示。毛泽东虽然还说“有些地方前一段好像很乱，其实那是乱了敌人，锻炼了群众”，但指示的重点是想把局势稳定下来。他说：“在工人阶级内部，没有根本的利害冲突。在无产阶级专政下的工人阶级内部，更没有理由一定要分裂成为势不两立的两大派组织。”“要允许干部犯错误，允许干部改正错误。不要一犯错误就打倒。犯了错误有什么要紧？改了就好。要解放一批干部，让干部站出来。”他还说：“要告诉革命造反派的头头和红卫兵小将们，现在正是他们有可能犯错误的时候。”但已难控制的社会秩序并没有就此稳定下来。
十月下旬，针对日益混乱的铁路运输状况，周恩来向出席全国铁路系统工作会议的代表指出：如何把铁路运输搞上去，这个问题太大了。粮食生产、工业生产，回过头来还是铁路运输问题。“抓革命、促生产”，铁路处于关键性的地位。现在，铁路运输量还没有回到水平线上。今年运输指标再上不去，就会影响明年的发展。空喊“革命”，不抓业务，“革命”就是空的。动不动就把机务段冻结起来，这无论如何不是革命的，这是破坏革命。〔4〕
十一月间，周恩来批评黑龙江两派造反组织代表：你们东北是最冷的地方，但现在最好的煤矿日产量还不到一半。东北离开煤怎么行？闹革命闹了一年半，去年还有库存，今年都用上了，搞不好就都得停产。所以，你们不能再打了！〔5〕一天，当周恩来得知连接京广、陇海南北两大铁路干线的枢纽——郑州站交通中断、滞留车皮三千多节的消息，当即派飞机将郑州两派代表接到北京，要求他们搞好大联合，保证铁路运输畅通。他说：郑州停放这么多车辆，我心里非常难过！如果我有时间，就亲自去解决这个问题，但我的时间不够，实在抽不出身来，恨不能一天二十四小时变成四十八小时。全国铁路革命“革”了一年半，造成这个样子，你们心里难道就舒服？当在场造反派代表仍在提出写大字报没有纸和笔时，周恩来愤激地说：现在不是要纸要笔的问题，现在是要火车畅通的问题！〔6〕
在这段时间里，周恩来多次使用“内战”这两个字来概括他对各地区、各部门因派性争斗所造成的混乱局面的看法。他一针见血地批评“炮轰”聂荣臻的七机部某造反派：你们现在完全是派别之争、意气之争，是不顾大局的极左倾向和极左错误，这不是个小错误，其表现就是整天忙于打“内战”！〔7〕他批评只热衷打派仗、全然不顾国家利益和声誉的广州地区造反派：你们连国际主义、爱国主义都忘了！现在黄埔港无法卸货，国家为每条外轮每天赔款五百英镑。我要是在广州，我就大声疾呼：“反对内战！”〔8〕他还严词责问广西两派代表：你们看一看，现在“内战”打成什么样子！一段一段的铁路比过去军阀混战时搞得还厉害！我们的工人阶级兄弟、人民群众就在打这个“内战”！〔9〕
周恩来的崇高威信和苦口婆心的劝导，确使某些造反派组织的极端行为有所收敛，一些地区和部门的生产业务状况也有所恢复。但是，由于整个“文化大革命”的错误理论没有从根本上改变，问题仍在恶性发展，乃至愈演愈烈，欲罢不能。周恩来所能做到的，只是在某些方面、在某些重要问题上控制局势或减少损失。
一九六七年冬季到一九六八年春季，各地“内战”达到了空前激烈的程度，许多地方的派性斗争已不仅仅是在客观上带来某种严重后果，而常常是有目的地、人为地制造一系列大规模的破坏行动。一九六八年二月四日，铁道部军管会生产指挥部报告：二月二日晚，津浦铁路上两列客车遭武装抢劫，乘务员数人被绑架，枪支等被劫走；这条干线的几处路段被毁，通讯调度中断；几座铁路、公路桥被炸。同日，周恩来就此事致信毛泽东，告诉他：这类破坏铁路的情况，“在徐州、蚌埠、郑州、连云港十字线上为最甚。次之，为衡阳、柳州、广州三角线上。再次，为西南昆明、成都一线”。“这一破坏铁路、炸毁桥梁的行动完全是反革命行为，必须实行专政措施。”〔10〕此后，经周恩来修改、由中共中央发出的《关于确保援越抗美物资运输畅通的紧急命令》明确提出：对一切破坏运输、装卸的反革命行为，必须采取有力措施。
尽管有周恩来的种种努力和中共中央决定采取的强硬措施，整个形势仍不容乐观。铁路运输方面的问题，一直没有能从根本上解决。一九六八年二月，周恩来在接见邻国客人时回顾说：一年来，我都在管铁路运输工作，每星期都过问。运输上发生问题，这是文化大革命的副作用，两派争吵不休嘛！同年八月，他又对另一批外宾讲：由于运输上的关系，动力上的关系，直接影响到生产；在去年下半年、今年上半年有很多指标不是上升的趋势，原来设想今年生产会逐步好转，结果相反。〔11〕
严酷的现实一次次证明，所谓“全面夺权”，不管打着多么“革命”的旗号，它的结果势必导致无政府主义泛滥，造成不顾国家和人民利益的派性发作，一些野心家和坏人乘机煽动操纵，使得武斗迭起，派仗不息，人民的苦难日益深重，局面难以收拾。周恩来等老一辈革命家要求“革命”和生产双轨并行，实际上无法实现。面对这种现实，周恩来力图尽早结束眼前这种全国范围的混乱状况，正确对待干部，实现大联合，以便恢复正常的社会秩序和经济秩序，保障人民群众基本的稳定生活。
一九六七年九月初，周恩来这样说过：无产阶级文化大革命三年算一次吧，已经是相当长了，就够我们锻炼的了。要是“内战”这么打下去，不但你们（指造反派）自己厌战，群众也会厌战了！〔12〕以后，周恩来又几次提出：这次文化大革命是一年发动，两年胜利，三年扫尾。〔13〕这实际上也是毛泽东原来预定的“文化大革命”的时间表，也就是说这场运动到一九六九年可以结束。毛泽东说：有些事情，我们事先也没有想到，每个机关、每个地方都分成了两派，搞大规模武斗，没有想到过。〔14〕这一方面表明毛泽东本来希望快些结束“文化大革命”；同时又清楚地证明，一旦造成了“天下大乱”这种局面，让无政府主义泛滥起来，事情的发展就不依决策者的主观意志为转移了。
因此，只要坚持“文化大革命”的错误理论与实践，“天下大乱”的局面就难以从根本上得以控制，不可能经过它达到“天下大治”；而野心家、阴谋家也必然会利用这种情况进一步从中作乱，以图混水摸鱼，给人民造成深重的灾难。这是极为惨痛的教训。
使人震惊的事情仍不断发生。一九六八年春天又发生了所谓“杨（成武）、余（立金）、傅（崇碧）事件”。
一九六七年八月处理王力、关锋、戚本禹的决定，给了江青集团沉重的打击，也不可避免地引发出许多干部群众发泄出长期以来潜藏在内心的对江青一伙的不满。
一九六七年底至一九六八年初，上海一些群众组织发表了怀疑和批判江青、张春桥的言论。一九六八年二月，在中央宣布将戚本禹隔离审查后不久，外交部的九十一名司局长联名贴出大字报，要求揭露并批判煽动打倒陈毅的极左人物。这一年三月间，北京一些高校的学生组织当着江青一伙的面，公开质问谢富治和戚本禹的不正常关系，认为不应该把攻击矛头指向谭震林、余秋里等。在全国许多地方，出现认为“一月夺权是地、富、反、坏、右牛鬼蛇神的大翻个儿”，出现为所谓“二月逆流”声辩的言论等等。
这些情况，使以江青为首的中央文革小组感到很大惊慌。一九六八年三月中旬，江青、康生等在多种场合宣称：目前全国“有一股右倾翻案风”，“有一小撮人替二月逆流翻案”。〔15〕林彪这时也正急于要排除担任代总参谋长的杨成武，把军权进一步直接控制在自己手里。正是在这样的背景下，林彪、江青一伙联合制造了打倒杨成武、余立金、傅崇碧这样一起突发事件。
事情的借口是：一九六八年三月五日夜，周恩来根据毛泽东的指示，向杨成武等布置查找鲁迅手稿的任务。经多方查询后，证实“遗失”的手稿就在钓鱼台中央文革小组驻地。三月八日，协助查找手稿的北京卫戍区司令员傅崇碧带人驱车前往钓鱼台向江青报告此事，反被恼羞成怒的江青诬称傅等人“武装冲击中央文革”。杨成武觉得不平，当面顶撞了江青，并拒绝批评傅崇碧等。杨成武回忆说：就在这时，在场的周恩来劝住我，要我务必走一趟，去“批评批评”卫戍区的同志。“我从周恩来用力握着的手上，领会到他的暗示”，便主持了卫戍区师以上干部的“批评”会。〔16〕很明显，周恩来的用意是避免把事情搞大，才“暗示”杨成武如此做的。杨这时不仅是代总参谋长，还是周恩来提议任职的军委办事组组长。由于他常随毛泽东外出，在这以前处置王、关、戚的过程中，杨成武曾起过重要作用。傅崇碧得罪江青，也是因为“文化大革命”以来他根据周恩来的意图，不顾江青一伙的压力，保护了中央和地方的许多领导干部。
虽然周恩来尽了很大努力，仍没能阻止这个事件的发生。通过这一事件，林彪集团由于黄永胜担任总参谋长并组建新的军委办事组而加强了自身的势力；江青集团因除去杨成武、傅崇碧而报了过去的“一箭之仇”。处境困难的周恩来，在奉命宣布并说明“杨、余、傅事件”时，违心地讲了一些错话。
傅崇碧曾回忆“事件”发生当天，周恩来与他告别的令人难忘的一幕：
“一九六八年三月二十二日夜，我遭受政治迫害离开北京的那天，总理的处境虽然已十分困难，仍然同我一起在人民大会堂吃了饭。分别时，总理紧握着我的手说：‘要把身体搞好，要经得住考验，以后有的是工作做！’他还嘱咐有关的领导同志照顾好我的生活。”〔17〕
这时，全国各省、市、自治区虽然都已宣布“夺权”，由于造反派内部山头林立，矛盾尖锐，派性和武斗不断升级，秩序无法稳定。到一九六七年年底，正式成立了统一领导机构——革命委员会的只有九个，还有二十个没有成立。因此，从一九六八年四月份起，周恩来投入不少精力，一个省一个省地帮助他们制止武斗，推进联合，建立革命委员会，使一些经历了长时间“内战”苦难的地方的社会秩序能相对稳定一些，并使一部分老干部重新站出来参加领导工作。八月二十五日，中共中央、国务院、中央军委、中央文革小组发出《关于派工人宣传队进学校的通知》。到九月五日，全国各省、市、自治区（除台湾外），都建立了革命委员会。
年已七旬并且一直在苦撑危局的周恩来（九月间，国务院总理值班室被撤销，只留下两个秘书），十分清楚自己的责任。尽管他无法从根本上阻止“打倒一切”的事件接连发生，但事实上只要他在职一天，这些被打倒或“靠边站”的老同志的安全保障就多一些，并且有可能在将来哪一天重新出来工作。因此，周恩来仍煞费苦心，利用自己有限的权力，保护一批又一批的干部。
周恩来采取的方法是多种多样的。除了前面提到的开列保护干部名单、将北京和外省的一些领导人安排到中南海“休息”，以及让受到冲击的老干部出席各类庆祝活动和纪念活动（以便登报“亮相”）外，在林彪、江青两个集团权势正炙手可热、一些群众组织随心所欲地对所谓“走资派”任意批斗和擅自“定性”、许多老同志的人身安全得不到起码保证的一九六八年前后，周恩来采用了更为特殊的方式，来保护那些正遭受摧残的老干部。据周恩来的秘书周家鼎回忆：
周总理为了保护已被打倒或已“定性”的一批老同志，便将他们分派到由中央警卫部队参加试点（驻厂军宣队）的几个工厂，名义上叫“下放劳动”、“接受再教育”，实际上是责成驻厂军宣队将这些老同志保护起来。因为这些工厂是毛主席抓的“点”，军宣队是毛主席派去的，可以“通天”，造反派不敢轻举妄动。我所在的工厂，就“下放”有元帅、将军、部长、省委第一书记、省长和“三名”“三高”的几十位领导同志。每“下放”一批，总理就把军宣队的负责人找去，嘱咐他们要很好照顾这些老同志，保证他们的安全和健康。遵照总理的指示，军宣队拿出厂里最好的房子（如专家招待所），为老同志们单独开伙；同时，根据来厂老同志的身体状况，安排他们做些轻微的、力所能及的劳动。住厂的老同志们还订有书报杂志，晚上有军宣队值班警卫，节假日可以探亲访友。尽管老同志们在生活待遇上比过去降低了许多，但在那个动荡年月里总算有了个安身之处，可以不受揪斗的惊扰了。〔18〕
此外，对身处逆境、而“解放”时机尚不成熟的老干部，周恩来不急于让他们马上出来工作，因为操之过急对他们不但无助，而且有害。周恩来的这种做法虽然有时不易被人理解，但事实最终证明，他是沉着冷静的，有远见的，他的确是用心良苦。
一九六八年二月中旬，外交部九十一名司局长在部机关贴出题为《揭露敌人，战而胜之——彻底批判“打倒陈毅”的反动口号》的大字报。大字报列举大量事实，说明陈毅是中国共产党忠诚坚定的战士；一小撮阶级敌人在陈毅问题上制造的混乱，应当予以澄清，被颠倒的是非，应当颠倒过来。并且提出：我们热烈欢迎陈毅同志尽快回来主持部务，我们将在以陈毅同志为首的部党委领导下，把外事工作搞得更好。这张著名的“九十一人大字报”，反映了处理王、关、戚后，广大老干部及其他有识之士对“文化大革命”以来种种现象的怀疑和思考。但是，大字报在这个时候主张澄清陈毅问题上的是非，要求恢复陈毅的工作，势必引出对“文化大革命”如何估价等一系列敏感问题，包括对所谓“二月逆流”的再认识。当时解决这个问题的时机还不成熟。在这种情况下，周恩来出于更深的考虑，决定此事应该避免扩大。二月二十四日，周恩来批评了“九十一人大字报”。以后，十分理解周恩来心情的陈毅也写信给周恩来，表示完全同意周恩来的批评。经周恩来批准，陈毅的信于三月一日在外交部机关公布。这年十月，陈毅在八届十二中全会期间仍再次受到攻击和责难，证实所谓“二月逆流”这件事并没有结束，澄清陈毅问题上的是非的时机尚未成熟。
原中国国际贸易促进委员会副主席张化东，讲到他有一段因提前“解放”而受磨难的经历：
一九六七年初，我被机关造反派打成“走资派”，宣布停职反省，“靠边站”了。后来，由于业务工作需要，我于一九六八年二月经有关领导批示同意，重新出来主持贸促会的工作。三月六日下午，周总理在人民大会堂福建厅接见一日本代表团，我也陪该团前往。接见后我刚回办公室，便接到总理打来的电话，他以非常关切的口气问：谁叫你恢复工作的？为什么我不知道？我把原委汇报后，总理对我说：你不知道，现在情况很复杂，你有可能再被拉下马“靠边站”，到那时情况可能更加残酷！放下电话，我的心很久无法平静。想到总理工作那么繁重，日理万机，竟然还关心我个人的处境，使我激动万分，热泪夺眶而出。形势的发展果然不出总理所料，我的处境很快就恶化了。同年七月，我被造反派监禁，后又以“特嫌”罪名遭逮捕，关进秦城监狱。直至一九七二年十月，在周总理的干预下，我才获释，结束了长达四年半的牢狱生活。〔19〕
这个时期，周恩来有时采用的另一种特殊办法，就是批准对某些干部实行“监护”。在当时情况下，这常常是不得已而采取的非常措施。
伍修权回忆说：
我在一九六八年五月由北京卫戍区实行“监护”。“监护”起来后，我也体会到一点被“保护”的好处。在外头时，每天不是批斗，就是围攻，一会儿来“勒令”，一会儿听“声讨”，加之没完没了的逼供交代，还要从事各种劳动，把人折腾得昼夜不得安宁，每天都疲惫不堪。关到卫戍区以后，除了专案组来找我，其他人都不来抓我了，相对地安全和安静了。〔20〕
廖志高也回忆：
一九六八年，总理把我从四川要来北京，归卫戍区司令部管。这样我就不用天天挨斗，可以少受皮肉之苦。五月一日，我被关在北京西郊半壁店的一个军营里，这里还关了西南局的几个同志：李井泉、任白戈、阎秀峰、黄新庭、郭林祥等。我们一人一间小屋，彼此不能见面，但有时可听见说话的声音。在这里，我们的生活待遇和战士一样，每月伙食十三元七角五分。一九七一年林彪事件后，我们转到中央政法干校，各方面条件有了很大改善。一九七三年二月，经周恩来批示同意，我被解除“监护”获释。〔21〕
原北京市副市长万里曾感慨地说：“文化大革命”中，幸亏总理把我“监护”起来，否则，早就被斗死了！〔22〕
对在外地不能来京的有些领导干部，当他们的人身安全难以保障时，周恩来也多次指示由当地军队对他们实行“监护”。
周恩来还关心着几年前刚受到“特赦”的原国民党高级将领杜聿明、宋希濂、王耀武等。他们那时担任全国政协的文史专员。杨伯涛回忆道：“后来周总理知道了我们的艰难处境，当即指示政协领导，要把文史专员作为保护对象，并把少发的那部分工资补发下来。为了避免造反派的迫害，总理还批示我们搬到离政协机关较远的地方居住。”〔23〕
“文化大革命”期间，林彪、江青一伙置大批老干部于“死地”的惯用手法之一，就是挖空心思地搜寻、夸大、甚至捏造他们的所谓政治历史“问题”。出于这一卑劣目的，从“文化大革命”一开始，林彪、江青等人就通过授意写“检举”信、整“揭发”材料、张贴“批判”大字报，以及支持和怂恿群众组织查找敌伪时期报刊、档案等各种方式，大抓“叛徒”、“特务”、“里通外国分子”、“变节分子”，等等。他们还直接操纵中央专案审查大权，非法审讯和迫害他们认为有“严重问题”的党政军领导干部，扣上种种“罪名”将这些审查对象“定性”、罢官。在处境艰难的情况下，周恩来竭尽所能，指示保护好干部人事档案，限制传播范围，宣讲党的政策，反对采取“逼、供、信”等违法方式。
早在一九六六年八月，中央文革小组顾问康生就指令“彭真专案小组”对薄一波、刘澜涛等六十一人出狱问题〔24〕进行调查。以后，康生又写信给毛泽东，说他“长期怀疑”薄一波等人出狱一事，认为这是“一个反共的决定”。在康生一伙策划下，同年十一月，一些红卫兵把这一问题重新翻出，揪住不放。为此，周恩来写信给毛泽东，提出：这批同志出狱，“当时确为少奇同志代表中央所决定，七大、八大又均已审查过，故中央必须承认知道此事”。与此同时，周恩来还亲自起草中央电报，要求有关方面向红卫兵宣布：此事“中央是知道的”，“不要在大会上公布和追查”，“也不要散发传单，涂写标语”。〔25〕
到一九六七年，由于林彪、江青一伙的大肆煽惑，“揪叛徒”风潮席卷全国，各种历史“案件”层出不穷，涉及大批党内干部和党外人士。在诸多“案件”中，所谓“新疆叛徒集团案”也是在康生的诬陷下制造出的一起假案。康生提出，新疆回来的那批人是叛徒集团，他们是和张治中勾结起来隐瞒历史回延安的。关于这件事，张治中的秘书余湛邦回忆说：
“当时我怎么跟红卫兵解释都没用，只好给总理值班室打电话，并请张老给总理写了信。总理立即派一名联络员给红卫兵做工作，先把我保下来。然后，他又亲自向红卫兵讲述这段历史，说：新疆那批同志出狱是党中央提出来的，是我向张治中要求、由张治中先生的部下送回延安的。这批同志没有问题，党中央是作了结论的。总理还提到，为这件事，朱总司令曾亲笔写信感谢张治中先生，并赠送了延安的羊皮筒子和毛线。这样，这件事才平息下去。总理不仅保护了革命干部，也保护了张老、保护了我。”〔26〕
对档案问题，周恩来一贯持慎重态度。尤其是涉及领导干部的历史档案，关系着某个人甚至一批人的政治生命，属于党和国家的机密。“文化大革命”初期作为周恩来“救火队”成员之一的童小鹏回忆说：
“所谓的‘救火’，主要是救干部、救档案。而这当中贯穿的主要工作则是苦口婆心、不厌其烦地与红卫兵讲道理，劝阻并制止他们的一些过火行为。”“陈云同志是老一辈无产阶级革命家，是中央政治局常委，住在中南海外的北长街。为保护陈云的健康和安全，经周恩来安排到西郊安全地方休息。江青和中央文革小组一些人竟唆使红卫兵，冲进陈云家里要‘破四旧’……而实际目的是要抢机密档案。我接到周恩来的指示后，火速赶到现场交涉。我对红卫兵们说：周总理有指示，陈云同志是中央常委，他的档案不是一般的档案，而是党和国家的机要档案，任何人不准动。”“但是因为他们有后台，是受文革小组指挥的，几个小时过去了，硬是不撤。我只得打电话给文革小组的戚本禹，郑重地把周恩来的指示告诉他，让他通知红卫兵头头火速撤离。这样陈云的档案才得以安全地保护下来，此后迅速转移到别处。”〔27〕
原在中共中央东北局工作的顾卓新也回忆说：
“一九六六年十二月，我和沈阳的一批红卫兵来京，解决他们要查阅东北局的全部档案问题。开始时，我代表东北局说服他们，绝不能砸档案库，看档案也得经过中央批准。他们听不进去。到京后，周恩来同志接见了他们，反复地耐心地进行了解释工作，既表示支持他们的‘造反’行动，又要求他们不要越格，更不要采取暴力手段。最后决定：回沈阳后，由我负责挑出一部分有关的档案，允许他们派代表去查阅，但不许带出库外，不许乱翻乱抄。”〔28〕
直至一九六八年四月，周恩来还交代身边工作人员：凡有报告发生抄家、抄文件、绑架、武斗之事，可要我的联络员立即前往制止，不必等报告我后再处理。〔29〕
一九六七年春，随着对刘少奇批判的陡然升级，由江青、康生、谢富治等人直接控制的专案审查机构，开始对“立案”的从中央到地方的大批党政军领导干部，以及所涉及的“历史案件”进行大规模的“审查定案”工作。以后，各地、各单位又陆续开展了“清理阶级队伍”的工作。在这期间，周恩来由于他所处的地位，有时候还要“挂名”负责中央一级的专案。他尽可能地利用一些场合，说明党的一贯的干部政策，批评审案工作中的种种错误倾向和做法。他多次指出“逼、供、信是错误的”，强调“不要轻信口供，要重证据、重旁证”，对群众的揭发材料和档案材料，应该“识别真伪、时代、历史情况和党的当时政策”。〔30〕他批评那种撇开国法和专政机关，由群众组织来“私捕私讯，打人致死，专政机关置之不问”的所谓“群众专政”的做法“决非善策”。〔31〕一九六八年五月，公安部部长谢富治将北京大学文化革命委员会要求召开大会批斗彭真、刘仁、万里等五名前北京市领导人的报告转送周恩来。周恩来以“专案组所管五人，不能到场”为由，制止了这种借“群众批判”来进一步迫害被关押的领导干部的行为。〔32〕
但是，周恩来的努力所能收到的效果毕竟是有限的。
一九六八年二月，在谈到国务院系统领导干部的现状时，周恩来几乎难以掩饰心中的忧伤。他说：“去年‘一月风暴’以后，差不多执行反动路线严重到走资派程度的这些人，都已‘靠边站’了。现在四十二个单位，部长级干部站出来工作的只有九十人，占总数二百八十人中的百分之三十二。其中第一把手（部长、主任）只有三人，其他统统‘靠边站’了。”为此，他再次强调，“我们不能说所有的第一把手都是走资派，这还没定性。”“要实现三结合，就非要解放干部不可”，“我们必须真正地解放大批干部”。〔33〕同年四月，周恩来更明确地提出，“不是所有执行了资产阶级反动路线的人都是走资派，即使是死不改悔的、已经点名的，也应有所保留，要给他机会允许改过。”“要解放一些有能力、有经验的，虽然犯了错误但能够改正错误的老干部。”〔34〕在某些外事场合，周恩来也表达过相同的看法，他说：“我们要清理阶级队伍，但不能扩大化。犯了错误的人，改正了错误，还要让他们继续工作，不能都打倒。”〔35〕
无疑，周恩来是想让更多的领导干部站出来工作。他提出的“真正地解放大批干部”的含义，一方面说明被打倒或“靠边站”的干部已不在少数，另一方面也流露出他对那些尚未排除“危险因素”、不能完全放手工作的被“解放”干部的担心。
这时的客观现实，同周恩来的主观愿望实在相差得太远了。除了他所讲到的国务院的情况外，到一九六八年九月，经过二十个月的“夺权”斗争，在全国二十九个省、市、自治区的原党政主要负责人当中，已有六十多人被中央文件或报刊定性为“敌我矛盾”，成为“中国的赫鲁晓夫”、“党内最大的走资本主义道路的当权派”安插在各地的“代理人”。原中共八届中央委员会的一百九十余名成员中，共有八十八人被诬陷为“叛徒”、“特务”、“里通外国分子”、“反党分子”、“反革命修正主义分子”。至于由此而受到牵连的下属各级、各部门的领导干部，更是难以数计。
就是在这样一种背景下，一九六八年十月，中共八届扩大的十二中全会在北京召开了。
八届十二中全会是在毛泽东主持下进行的。到会的中央委员只有四十人，不到原中央委员八十七人（不含去世的十人）的一半；候补中央委员十九人，不足原九十八名候补中央委员的五分之一。为了达到法定人数，在全会开幕式上递补十名候补中央委员为中央委员。
这次全会的一项重要议题，就是批准通过中央专案审查小组提出的《关于叛徒、内奸、工贼刘少奇罪行的审查报告》。这个“审查报告”，是在江青、康生、谢富治等严密控制下，采用各种非法手段，制造大量伪证捏造、拼凑出来的。而对调查过程中得到的一些证明刘少奇没有历史问题的材料都被严密封锁，只字不提。有些在逼供下写了伪证的人，以后声明这些材料并不符合事实，他们的声明也全被扣压。江青一伙正是以这种极端卑劣的手段，来蒙骗毛泽东和中央委员会。
本来，毛泽东并没有“彻底打倒”刘少奇的意图。一九六六年八届十一中全会之后，他不仅肯定过刘少奇的检讨，还提出过开九大时要选刘少奇、邓小平当中央委员。但是，后来毛泽东的认识起了变化，这里，江青等人不断提供有关刘少奇“历史问题”的假材料，是一个重要因素。
周恩来没有具体参与刘少奇的专案审查工作。他对江青一伙有意制造伪证，大搞“逼、供、信”等非法审讯方式，是不清楚的。他一向坚决反对这类做法。审案过程中，毛泽东、周恩来对专案组提供的刘少奇“投靠敌人”的某些史料，都曾在会议上表示过怀疑。〔36〕但由于并不掌握真实情况，他们最终都相信了专案组的报告。这样，就使得那个强加给刘少奇种种“罪名”的专案审查报告，首先在党内高层得到认可。
一九六八年十月三十一日，中共八届十二中全会在党内生活极不正常、与会者根本无法进行核实和认真讨论的情况下，批准中央专案审查小组《关于叛徒、内奸、工贼刘少奇罪行的审查报告》，并通过决议，宣布“把刘少奇永远开除出党、撤销其党内外一切职务”。由此造成中国共产党历史上一起最大的冤案。在全会表决时，周恩来也举手赞成关于刘少奇问题的决议，并在大会发言中批判了刘少奇。〔37〕
这次全会的另一项重要内容，就是集中批判一九六七年的“二月逆流”。林彪、康生、江青、谢富治等人借毛泽东在开幕式讲话中提出要讨论“文化大革命”的必要性，组织与会者对陈毅、叶剑英、徐向前、聂荣臻等大肆围攻，横加批判，污蔑他们“反毛主席”、“为叛徒、特务、走资派翻案”、是八届十一中全会以后“一次最严重的反党事件”。还指责朱德、陈云、邓子恢、王稼祥等人是“一贯右倾”。可是，在全会闭幕式上，毛泽东又强调对党内老同志要“一批、二保、三看”，提出党的九大应有“二月逆流”的人参加，并阻止了林彪、江青等主张开除邓小平党籍的图谋。
在“左”的错误指导思想下，中共八届十二中全会认可了“无产阶级专政下继续革命”的错误理论和实践，从而在思想上、政治上和组织上为召开党的第九次全国代表大会做了准备。
中共八届扩大的十二中全会后，经毛泽东批准，中共中央连续发出文件，强调应注意政策，打击面要小，教育面要宽，要及时解放犯过错误的人。周恩来不失时机地提出：要把犯有敌我矛盾错误的人，争取到革命行列里来。对犯错误的好人更应该教育他，只要承认错误就解放他们。又说：“二月逆流”是有范围的，老同志们有许多话是根据中央的政策讲的，不能把他们每句话都看作是“二月逆流”，不能认为“二月逆流”的人所作所为都要否定。〔38〕
虽然如此，随着八届十二中全会精神的传达，对“二月逆流”批判的势头仍毫不减弱。
一九六八年十二月，黄永胜主持的中央军委办事组将一份反映徐向前最近思想状况的材料报给毛泽东、林彪、周恩来，主张进一步批判徐向前和他的家人。二十九日，周恩来批示：建议军委办事组派人找有关同志谈谈，“不要搞得过于紧张，防止意外”。几天后，毛泽东批道：“所有与二月逆流有关的老同志及其家属，都不要批判，要把关系搞好。”〔39〕
鉴于陈毅、聂荣臻、李富春、余秋里等所在单位和系统，都发生要求批判“二月逆流”的情况，周恩来批准将毛泽东对徐向前的批示内容迅速下达，制止了对“二月逆流”批判的再度扩大和升级。〔40〕
根据毛泽东在八届十二中全会上的讲话精神，周恩来还起草了一份原中共八届中央委员、候补中央委员中准备提作九大代表的名单，其中包括：朱德、陈云、董必武、邓子恢、李富春、李先念、刘伯承、陈毅、徐向前、聂荣臻、叶剑英、张鼎丞、王震、胡耀邦、谭启龙、杨勇、方毅、赛福鼎、范文澜等。〔41〕在他们中，有的人不久前还被剥夺出席全会的资格。
随着九大的临近，周恩来再做努力，尽可能增加九大代表中老干部的名额。一九六九年一月十二日，周恩来分别起草中共中央致新疆维吾尔自治区革命委员会和云南省革命委员会的电报，提出应说服两地的干部群众，将王恩茂（新疆）和陈康（云南）补选为九大代表。他把电稿送毛泽东阅，并注明：王、陈二人如不当代表，“恐对全局不利”。〔42〕三月十六日，周恩来在九大准备工作会议上强调：文化大革命快三年了，我们对于总结经验、落实政策这点做得总还是差，更重要的是要解放一批干部，按主席所说，就是对走资派也要一分为二，不能个个都是死不改悔的，总要给他改正的机会。〔43〕当得知外交部所报九大代表候选人中没有耿飙时，经过征求有关方面意见，他表示，一定要向中央建议，让耿飙出席九大。〔44〕三月底，根据毛泽东的意见，周恩来又就徐海东作九大代表和进入九大主席团一事在有关会议上作出说明，并介绍了徐海东的历史功绩。〔45〕
在筹备九大期间，周恩来的健康状况越来越差，心情也更易烦躁。三月十二日，邓颖超给他写了一张条子，叮嘱他：“力戒急躁和激动，力争保持你的身体情况能坚持工作，因昨日蒲老（指中医研究院副院长蒲辅周——编者注）告我，望你力戒着急和激动，以免影响心脏波动。”
一九六九年四月一日下午，中国共产党第九次全国代表大会在北京人民大会堂开幕。出席大会的有来自全国的一千五百多名代表。毛泽东、林彪分别当选为大会主席团主席和副主席，周恩来当选为大会秘书长。
按照八大党章规定，党的全国代表大会应该每五年举行一次。而从八大到九大，却拖延了十余年之久。由于林彪、江青两个宗派集团拉帮结派，扩充势力，造成九大代表成分严重不纯，不少造反派头头、卖身投靠分子混入其中。
九大开幕式上，有一个现象十分引人注目，就是主席台前在毛泽东左右两侧就座的二十几名大会执行主席成员。在毛泽东左侧的是：林彪、陈伯达、康生、江青、张春桥、姚文元、谢富治、黄永胜、吴法宪、叶群等；在毛泽东右侧的是：周恩来、董必武、刘伯承、朱德、陈云、李富春、陈毅、李先念、徐向前、聂荣臻、叶剑英等。这个座位的排列方案，是周恩来在四月一日上午拟好、同毛泽东在当天下午谈定的。
九大共有三项议程。
第一项是林彪代表中共中央作政治报告。这个报告稿先由陈伯达起草，后来因为毛泽东不满意，改由张春桥、姚文元执笔，并经中央文革碰头会讨论、毛泽东多次审改后定稿。九大政治报告系统阐述了“无产阶级专政下继续革命”的理论和实践，实际上是要对三年“文化大革命”做一次全面总结，把它在党的全国代表大会上肯定下来。这个报告的通过，奠定了九大政治路线的理论基础，标志着“左”倾错误理论进一步在全党取得统治地位。
第二项是审议通过《中国共产党章程修改草案》。九大党章以党的大法的形式确定了“无产阶级专政下继续革命”的理论和实践，并且破天荒地在其中规定林彪为毛泽东的“亲密战友和接班人”。在四月十四日全体大会上，周恩来发表讲话，表示拥护新的党章，并对林彪成为毛泽东接班人的历史情况作出说明。他后来说：我在九大称赞林彪的那一段话，在当时说是应该的，因为他是党的副主席、毛主席的接班人。当时还不知道林彪搞阴谋，要是知道，我的那些话就不会说。〔46〕
第三项是选举新的中央委员会。在大会通过的由一百七十名中央委员和一百零九名候补中央委员组成的第九届中央委员会当中，原八届中央委员和候补中央委员只有五十三人（是原八届中央委员会总人数的百分之二十九），占第九届中央委员会总人数的百分之十九。新、旧两届中央委员会成员如此大换班，是党的历史上所罕见的。在这次选举当中，林彪、江青两个集团之间的矛盾开始暴露，“文化大革命”以来不可一世的江青等人不寻常地“丢票”，预示着这两个集团日后更加激烈的争斗。
四月二十四日的选举中，周恩来继续当选为中央委员。在二十八日举行的九届一中全会上，周恩来被选为中央政治局委员、常委。党中央主席是毛泽东，副主席是林彪。周恩来原来的党中央副主席的名义，被正式取消了。林彪、江青集团的骨干成员，几乎都进入中央领导机构。而原来同周恩来工作关系密切的几位副总理和元帅，却大多被排挤出政治局。这样，九大以后的周恩来，仍不可能摆脱原来那种相当孤单的困难处境。
九大前后这段时间里，周恩来作为政府总理，仍无时无刻不在牵挂着国家和人民的需要，牵挂着正同世界经济发展水平拉大差距的国内各项建设事业。
中共八届十二中全会后，周恩来在筹备九大的同时，毅然指示编制一九六九年国民经济计划。这是扭转国民经济连续两年滑坡所做的一次重大而有效的努力。据这时协助周恩来抓经济工作的余秋里回忆：
“进入一九六八年，经济形势更加严峻，工业生产继续全面下降。由于根本无法召开计划会议，这一年始终没能订出一个计划，是‘一五’计划以来唯一没有国民经济年度计划的一年。快到年底时，周总理下了决心。十二月二十六日那天，我回家时已是凌晨两点多了，刚进家门总理就亲自打电话叫我去。我到总理处已是凌晨三点。总理疲惫至极，面带忧虑地对我说：‘今年只有五天了，明年计划还没有搞出来，一些重要的生产资料和人民生活必需品安排哪里生产，往哪里调运，没有个计划怎么行呢！’我说，我找几个人先搞一个明年第一季度的计划，以便使工作有所安排。总理说：‘好！你赶快回去搞吧。’我回来后顾不得休息，就找了几位同志商量，搞出了一个第一季度计划安排方案，只提出了几个关系国计民生的重要指标，立即报给了总理。总理审查同意后即报请毛主席审批。毛主席很快就批准了这个计划。这样，一九六九年一开头，总算有了一个可供遵循的计划。”〔47〕
九大召开前夕，周恩来认真修改了计划编制小组草拟的《一九六九年国民经济计划纲要（草稿）》。三月二十四日，他在国务院召开的历时一个多月的全国计划座谈会上作总结讲话，系统阐述一九六九年国民经济计划的各项任务，强调：作计划要实事求是，把困难摆出来；生产指标要实事求是，计划有不够确切或实在完不成的，还可以修改；要注意提高生产和基本建设质量。他提出：每个县要由下而上提出自己的农业规划，把一九七○年农业计划落实；要增加粮食储备，藏粮于民；最重要的是工业支援农业要落实。他批评那种滥制毛主席像章、滥印毛主席语录的做法是搞形式主义，是铺张浪费之风，是不尊重毛主席和违背毛泽东思想的。他说，在这些方面如能减少一些数量，就可以把所用原料转产别的东西，如节约纸张就能节约烧碱，就可以多生产一些肥皂，现在不是肥皂不够吗？周恩来还特别强调，年度计划和长远规划的立足点，都应放在“备战、备荒、为人民”和“抓革命、促生产、促工作、促战备”这样两条方针上，重点是“以农业为基础，以工业为主导”。〔48〕
一九六九年的国民经济，由于政治局势相对稳定，由于计划和管理工作有所加强，生产状况、主要是工业生产情况有所好转，因而改变了一九六七、一九六八两年生产连续下降的局面。全年工农业生产总值比上年增长百分之二十三点八，其中工业增长百分之三十四点三。铁路货运量比上年增长百分之二十六点二。这种增长，在很大程度上仍带有恢复的性质。
周恩来对国防科技事业的关心，从未因政治局势的严重动荡有所放松。
一九六九年一月，周恩来听取有关部门汇报，当得知华东、中南许多地方受冰凌影响，有线通讯阻断，需要采用地下电缆才可望解决这一难题时，他激动地连声问道：“我们国家有多少公里电缆？为什么这么少？为什么这么落后？”当有关部门列举通讯方面的情况后，他说道：“落后！落后！最重要的是改变这种落后现状，使有线、无线，包括电缆、微波都赶上去。”他又说：“应该搞我们自己的气象卫星，气象火箭也要搞。”“我们研究气象，就是为了使一切有生命的力量都能够很好地生存，让植物、动物很好地生长；就是为了保护人民，首先是保护劳动人民。”〔49〕
同年二月，周恩来连日召开国防科研和军工生产部门负责人会议，对海军新型舰艇的研制，空军歼击机、轰炸机的生产，以及高射炮、雷达、地空导弹等防御性武器的性能、规划、布局等，一一作出具体指示。九大期间，周恩来还听取有关部门军管会和生产指挥负责人关于飞机生产质量的汇报，严厉批评他们不敢抓产品质量、取消检验制度，以致飞机生产屡次出现质量事故。他愤怒地说：你们都是从空军来的，怎么能对同志的性命这样不负责任呢？你们为什么不敢抓？为什么不下命令恢复？你们就是怕事、怕群众。我是早上看到报告的，看后非常难过，军事工厂哪能搞成这样！你们现在还说检验制度正在逐步恢复，什么逐步恢复？不是逐步恢复，而是应当马上恢复！你们应当下命令嘛！改革不合理的规章制度，合理的还是要保留。他指出：“一概取消是不符合毛泽东思想的，是不尊重科学的。不能违背科学。”“有些人要把一切制度砸烂，这是极左思潮。”〔50〕
在对生产状况的了解上，周恩来甚至不愿放过一些细节。出席九大的前志愿军特等功臣杨育才回忆：
九大中的一天下午，周总理来到我们小组参加讨论。一见面他就问我，“你现在不是在淮北煤矿支左吗？淮北煤矿有一部坏了的发电机修好没有？”由于对这个情况不了解，我只好如实告诉总理我不知道。总理听了和蔼地批评说，你应该知道啊，你是老侦察员了。过去在战场上能把敌情摸得很清楚，掌握得很全面，现在也要和过去打仗一样，了解、摸清各种情况，做到胸有全局，真正掌握工作的主动权。这时，我心里又是激动，又是惭愧，眼含热泪地把总理的指示记在本子上，暗自下了决心：决不辜负总理的殷切希望，一定把各项工作做好！〔51〕
党的八届十二中全会和九大期间，虽然周恩来也说过一些错误的或违心的话，但他仍时时在关心着那些被打倒的领导人。九大开幕后不久，周恩来从中央警卫局的一份报告中获知陶铸病情较重，立刻进行追问，很快得到医务人员的详细报告，他马上批示同意送陶铸住院治疗。〔52〕在这前后，他还指示自己的保健医生对在京患重病的刘少奇进行抢救。一九六九年五月，周恩来批告公安部：对在押的人“应增加营养食品，防其自行消瘦致死”；“伙食应加至十五元以上，并须检查伙食管理”；“如有生命危险，应送医院进行治疗”。〔53〕
周恩来不仅关心党的高级干部，也关心着普通的群众。一九六八年十一月初，北京礼花厂青年女工王世芬在一次意外的爆炸事故中受重伤，烧伤面积达百分之九十八。周恩来闻讯后，当即指示要全力抢救，并多次派联络员前去了解王的病情及治疗情况，鼓励她树立信心，战胜伤痛，配合治疗。数年后，已经康复的王世芬回忆往事时，仍抑制不住激动的心情，她说：周总理那么忙，还惦记着我这样一个普通的女工。没有周总理的关心，我怎么能活到今天？〔54〕
能够让动乱岁月里的周恩来常感慰藉的事情，莫过于这个时期他一直紧抓不放的尖端科技事业所取得的成就了。一九六六年底，在周恩来直接部署下，有关部门的科技人员排除干扰，团结奋战，取得第一次氢弹原理性实验的成功。正在西花厅听汇报的周恩来十分兴奋，设了家宴，向参与研制部门负责人庆贺胜利。这时，中南海墙外造反派叫喊的“打倒”声隐约可闻。周恩来边吟诵毛泽东诗句“不管风吹浪打，胜似闲庭信步”，边举起酒杯说道：“今夜得宽余。喝酒吧！”快慰之情，溢于言表。〔55〕在原理性实验成功的基础上，研制人员再接再厉，在第二年六月取得中国第一颗氢弹试爆成功的重大胜利，提前实现了毛泽东、周恩来预计的一九六八年取得氢弹试验成功的目标。这时，正值“停产闹革命”的高潮中。周恩来多次直接打电话、发电报给核工业生产科研单位所在地区，要求“保证工厂绝对安全，保证工厂稳定生产”。同时，他还亲自派出调查人员了解情况，制止武斗，维护正常的生产秩序。〔56〕九大以后，周恩来连续十余次接见七机部两派群众代表，严肃地批评他们置国家尖端科研项目不顾，热衷于打派仗的行为。为了保证国家尖端科技项目的研制和生产，他还批准了一份需要重点保护的几百名工程技术人员名单，要求他们在政治上不被侵犯，业务上不受干扰。〔57〕一九六九年九月，周恩来亲自指导进行的中国首次地下核试验再获成功。
在这段时间里，周恩来直接关注并给予指示的重点建设工程和基建项目还有：南京长江大桥、成昆铁路、湘黔铁路、十堰第二汽车制造厂、葛洲坝水利枢纽工程、三门峡改建工程、秦山“七二八”核电站、攀枝花钢铁基地，以及华北农用机井布局等等。
一九七○年三月，在武汉的毛泽东提出关于召开第四届全国人民代表大会和修改宪法的意见，同时提出改变国家体制、不设国家主席的建议。
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毛泽东的意图是，“文化大革命”已近收尾，各级党组织也已陆续恢复或建立，下一步应该是重新组建政府机构，使它正常运转，发挥各种职能，实现社会的稳定发展。这正是几年来不堪重负的周恩来所期盼的。
然而，“树欲静而风不止”。九大后，林彪集团的势力迅速增强：不仅林彪作为毛泽东“接班人”的地位写入党章，黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作进入政治局，陈伯达向他们靠拢，黄永胜和吴法宪还分别担任军委办事组的正、副组长。随着力量的膨胀，他们夺取最高权力的野心更大了。与此同时，江青集团的势力也在迅速膨胀，使林彪感到威胁，担心会取代他的接班人地位。这两个集团在“文化大革命”初期，总的说来是密切配合和呼应的，而到这时，双方的裂痕和磨擦便日益明显了。一场新的政治波澜正从此而来。
