内阁制是在明朝永乐时期建立的。
大明永乐帝虽有洪武帝一样独揽大权的雄才伟略，但一次又一次的御驾亲征让他不能真正意义上地总揽政事（想象一下从京师到漠北运送文书的荒谬），于是一个帮助皇帝的“助手”机构——内阁制就应运而生。
内阁制在最初的时候只是皇帝秘书性质的机构，但很快到了大明宣德朝时期权力开始上升（三杨辅政），虽有大明正统朝末年的反复，但到了大明成化、弘治朝之际，内阁制已经成为足以对抗皇权的文官政府代表。大明正德朝浪漫好战，却因为有杨廷和等阁老主撑内阁未成大乱，经过大明嘉靖、隆庆朝的发展，大明万历朝早期应该是内阁权力极盛的时期，张居正改革让内阁成为政府运转的中枢，他的实际上已经接近于现代首相的地位。
大明永乐帝实际上是中国最后一个成功的专制皇帝，在永乐朝以后，专制者必误国，分权者必振兴。中晚明的历史可以看出，只要内阁中人才济济，皇帝再怎么萧洒都无所谓（如隆庆帝和英国女王）；而内阁权力被虚化，被剥夺（如大明崇祯十七年换52任内阁），那就是再勤政也是要误国！大明朝时，即使皇帝不上朝理政，国家机器也能依靠一班大臣和一整套政务流程维持正常运转。清朝则与明朝不同，大臣们只是奉命办事，皇帝则往往是把权力全部抓在自已手中，因此专制成为大多数清朝皇帝的特点。公元1402年，大明成祖永乐皇帝为了巩固权力，做出两个重大决定，一是把首都迁到自己的势力范围北京，二，成立内阁制，这样，一个国事咨询机构正式建立了。
过去，宰相拥有决策权、议政权和行政权，明成祖成立内阁以后，把原来宰相拥有的决策权牢牢把持在自己手中，议政权分给内阁，行政权分给六部。地方上分三司，分管司法、军事、行政，直接对六部负责。
在明成祖掌控之下，内阁与六部各司其职，国家最高行政命令从紫禁城发出，通过全国1936处驿站，全长143700公里的驿道，层层下发到帝国的每一个角落。
后来，大明宣宗朝时期形成了更为完善的政务流程：全国大大小小的奏章，甚至老百姓给皇帝提出的建议，都由通政使司汇总，司礼监呈报皇帝过目，再交到内阁，内阁负责草拟处理意见，再由司礼监把意见呈报皇上批准，最后由六科校对下发。
内阁大臣的建议是写在一张纸上，贴在奏章上面，这叫做“票拟”。而皇帝用红字做批示，称为“批红”。按照规定，皇帝仅仅批写几本，大多数的“批红”由司礼监的太监按照皇帝的意思代笔。以往，按大明祖制，太监读书识字是被严令禁止的。大明宣宗不仅改了这个规矩，而且在他的鼓励下，宫里还成立了专门的太监学堂。后人猜测：明宣宗这一做法，其目的就是让太监牵制内阁的权力。久而久之，一种奇怪的政治格局出现了。
我们发现明朝内廷、外廷的机构完全对称。外有内阁，内有司礼监，外有三法司，内有东厂、锦衣卫，外廷有派往地方的总督、巡抚，而内廷派往地方的也有镇守太监、守备太监等等。这样，内廷、外廷相互制约，才能确保皇帝的决策地位。但是，这也造成了内外两大政治势力的争权夺利。
北京紫禁城东部的这片建筑在大明朝叫做文渊阁。明朝的内阁就设在这里。在明朝万历年间，内阁首辅张居正让这个紫禁城里最不起眼的房子成为声名显赫的所在。在文渊阁办公的内阁成为实际上的政务决策者。
表面上，例行的政务流程似乎并没有改变，但决策权却出现了转移。张居正是如何做到这一点的呢？首先，当时的大明万历皇帝还是个孩子，张居正身为皇帝的老师，很容易影响皇帝的决策。再者，万历帝的“批红”是在司礼监冯保指导下完成，而冯保跟张居正关系密切。
内阁首相张居正把自己的意见授意他人，写成奏章，再由自己“票拟”赞同。幼年皇帝的批红自然毫无问题。就这样，大臣的“奏章”，阁臣的“票拟”，皇帝的“批红”，由内阁首辅张居正一手操控，达到空前一致。他的新政也就毫无障碍地顺利推进。自明朝初期以来，明朝的政务中心就在紫禁城这几个地方转换，权力的交替，左右着明朝的国运。宫闱重重之中、争权夺权的阴谋时有发生。
通过明朝几代皇帝的努力，明朝曾经形成了一套完整的内阁政务体系，它在权力平衡方面堪称完善，后来，它被英国人学习，形成了后来的内阁制和首相制。在中国明朝成化朝时期开始出现的内阁首辅，就是首相的雏形。
