1897年11月1日夜，在山东曹州巨野县城西北18公里外的张家庄（今菏泽郓城县，距济南西南150公里），德国天主教传教士韩理加略和能方济（均为德国人），遭盗匪砍杀。巨野位于古时的梁山泊附近，盗匪横行，杀人越货本寻常事情。然而11月6日，德国政府以这起普通刑事案件为借口，命令驻上海的德军舰队开赴胶州湾，武力侵占胶州半岛。11月10日，德国驻华公使逼迫清政府签订《胶澳租界条约》，允许德国租借胶州湾99年，并享有修筑胶济铁路和开采沿线矿产的特权。山东由此成为德国的势力范围。俄国闻讯，随即赶来强迫清廷签署《旅大租借条约》，法国要求将中越接壤的省份划为法国势力范围，日本要求将福建划归日本势力范围。英国害怕列强如此瓜分中国，会威胁到英国的在华利益，抢先要求清廷将长江流域划为英国势力范围，确保“不将扬子江沿岸各省租押或以其他名义让与他国”。一场小小的刑事案件，竟然成了列强瓜分中国的由头。当欧洲工业强国瓜分完非洲后，甲午战败的中国，成为另一块触手可及的肥肉。而更激烈的冲突还在后面。
曹州教案——列强瓜分中国
近代以来，伴随着西方武力入侵，天主教、基督教等宗教势力，逐渐加强对中国的渗透，到清朝康熙时期已经忍无可忍，遂于1717年下谕禁止西洋人在中国传教。此后，雍正、乾隆、嘉庆历朝，洋教都被严厉禁止，直至1842年第一次鸦片战争结束，随着英国舰炮轰开了中国国门，西洋传教士如蛆附骨般重返中国，扬言要在中国的每一个山头上，都架起光辉的十字架。到19世纪末，在华天主教、基督教、东正教传教士数量超过3200人，教众超过80万人。仅山东108个州县中，就有教会总堂27所，传教点1300余个。从万人大邑到穷乡僻壤，处处都有传教士的身影。即使曹州这种鲁西南封闭的贫困山区，都有传教士活动。
这样一支庞大的宗教势力，不单肩负着信仰同化、煽动教众的使命，还配合本国政府收集情报、查勘地形、笼络各界人士，从基层分裂朝廷和民众的关系，为武力入侵做准备。洋教士平时将教众组织起来聚会，宣言教义还不时接济粮食，许多游手好闲、为非作歹的人也混入教会。遇到麻烦时，洋教士还能以特殊身份（享有治外法权）庇护教民，甚至与地方官平起平坐。除此，洋教士以收回康雍乾时期没收的教产为名，强行霸占房屋土地，引发暴力事件。地方官员和民众对此恼怒不已，却又无可奈何。更严重的是信仰冲突：中国人历来信奉祖宗神灵，而洋教不敬祖宗神祇，只信奉上帝。妇女与男人同入教堂礼拜，婚嫁不拜天地等，在士绅看来是伤风败俗的行为。再加上连年战乱和洋货入侵，使得流民和失地人群对洋教更为仇视。由此，信仰冲突很快便转为排外的暴力活动。据统计，在19世纪后30年，由洋教士引发的教案多达400余起，遍布中国各地。
早在1890年起，四川哥老会首领余栋臣，便发动多起围攻捣毁教堂事件，并提出“扶清灭洋、除教安民”等口号。此风迅速蔓延至安徽、江苏、浙江、湖北等省数十座城市。1897年曹州教案发生后，激起山东各地排外情绪，大批以“练拳”为名组织起来的拳民，成为反洋教的主力军。1898年10月下旬，山东冠县梨园屯拳民起义，使义和拳运动迅速兴起，其中尤以朱红灯、王立言、心诚和尚等人出名。朱红灯联络队伍，正式竖起了“天下义和拳兴清灭洋”旗帜。11月5 日，慈禧谕令各省必须限期兴办团练，试图依靠民众力量，来抗击外国武力干涉。1899年2月，汉裔旗人毓贤出任山东巡抚，此人极端排外，提出剿抚并用的策略，将义和拳招安纳入民团，于是拳民以“义和团”为旗号，继续烧教堂、杀教士。一些为非作歹的拳民，也干起了杀人越货的勾当。1899年12月30日，山东肥城发生英国圣公会传教士卜克斯被杀案件，在西方各国连续抗议后，毓贤被清廷免职（其时毓贤已派兵亲自平乱，并斩杀朱红灯等人）。毓贤离职后到北京觐见慈禧太后，向她提出招安义和团；之后获得调任山西巡抚。新任山东巡抚袁世凯，带领北洋新军在山东大力镇压义和团，稳定山东局势，迫使一部分义和团拳民逃入直隶境内。
争夺皇位——端郡王兴风作浪
应该说此时的拳乱还在清廷控制之中，然而政治变局迅速影响了事态发展。自1898年9月21日戊戌政变后，慈禧太后重新垂帘听政，并与荣禄商议废黜光绪帝，立端郡王载漪次子，13岁的溥儁为大阿哥（皇储）。端郡王载漪是惇亲王奕誴（咸丰的五弟）次子，奕誴因反对慈禧垂帘听政，长期受慈禧排挤（惇亲王府即现在的清华大学）。载漪则不同，自幼好武，受到慈禧栽培，还把嫡亲侄女（慈禧弟弟桂祥的三女儿静芳）嫁给了他。桂祥的二女儿静芬，就是慈禧安排下，嫁给光绪帝的隆裕皇后。因此载漪与光绪又是连襟关系。在戊戌政变中，光绪受到软禁，载漪则通过告密，获得慈禧信任，掌管皇家禁军虎神营万余人兵力。1899年1 月24日，慈禧传懿旨，溥儁入继穆宗同治为嗣，封大阿哥（皇储），入弘德殿读书，拜大学士徐桐为师。慈禧的下一步计划，就是准备让光绪帝举行禅位典礼，把皇位传给13岁的溥儁，并改年号为“保庆”。此事受到各国公使的一致反对。因为载漪此人较为排外，外国人不愿意看到“仇洋派”载漪的儿子当皇帝。慈禧认为洋人干涉家务事，因谋废立不成而迁怒洋人。
溥儁封为大阿哥后，很快便在端郡王载漪周围形成“大阿哥党”，有军机大臣刚毅、大学士徐桐、礼部尚书启秀、户部尚书崇绮等人，此外还有庄亲王载勋、载漪的亲兄弟惇郡王载濂、辅国公载澜等人，势力非同小可。1900年1月1日（元旦），慈禧扶植溥儁代皇上登极，并邀请各国公使入宫庆贺，但除俄国公使外，其他各国公使则表示反对，遂使登极之事搁浅。载漪便趁机与庄亲王载勋、大学士徐桐等人，联合鼓动慈禧利用义和团来对付洋人，称义和团“有诸神保护，不畏枪炮”。实际目的是想借义和团之手围攻北京使馆区，逼迫各国公使承认溥儁，以达到废黜光绪帝的目的。慈禧借力打力，由此酿成庚子祸乱。
1900年1月11日，慈禧颁布上谕，指各省盗匪作乱，多为会党所为，而义和团属于安分良民，要求各地官员审案时加以区别对待。这道上谕实际确立了清政府维护义和团排外作乱的行为，义和团由此成为“奉旨作乱”。直隶总督裕禄由剿灭义和团，转变成扶助义和团。除了向团民发放饷银外，裕禄还邀请义和团首领曹福田，到天津开坛聚众。于是山东的拳民涌入直隶。由天津至河北涿州、保定都有拳民起坛请神、烧教堂、并到处毁坏铁路及电线杆等洋物。3月28日，天津义和团张贴匿名揭帖，号召灭洋。4月6日，美、英、法、德四国驻华公使照会清政府，请于两月内剿除义和团匪，否则将派兵代为剿平。4月29日，北京街头出现义和团揭帖，号召灭洋。同月，义和团在天津发布“只恨鬼子闹中原”等揭帖。直隶完县南街天主堂被义和团焚毁。遵化义和团焚毁教堂。5月20日，各国驻华公使在京举行集会，向清政府发出最后通牒，要求清廷迅速扑灭义和团。至5月27日，三万拳民占领河北涿州（北京城西南40公里），张贴告白“保护中原驱逐洋寇”，并捣毁丰台铁路。
庚子事变——八国联军攻占京津
5月28日，各国公使再次集会，决定立刻向驻泊天津大沽的17艘外国战船求援，调兵保护北京使馆区。5月31日晚，英、俄、美、法、日、意六国337名军兵，从天津乘火车进驻北京。6月6日，慈禧派军机大臣协办大学士刚毅，和顺天府尹赵舒翘到涿州调查。义和团首领李来中，向刚毅等表示义和团只反洋人，不反朝廷。刚毅回京后向慈禧报告“拳民忠贞，神术可用”。6月9日，慈禧从颐和园回宫，并调董福祥的武卫后军进城，驻扎在永定门内。董军中不少士兵参加了义和团。董福祥还与义和团首领李来中结拜兄弟。
6月10日，慈禧委派端郡王载漪出任总理各国事务衙门大臣。义和团拳民于同时开始大举入京。最多时北京的拳民超过十万。是日起，北京东交民巷外国使馆区对外通讯断绝。6月11日，日本驻华使馆书记杉山彬在永定门内被刚调入京的董福祥甘军所杀。驻天津的各国领使组织二千人的联军，由英国海军司令西摩尔带领，乘火车增援北京十一国公使馆。因为铁路被拳民破坏，西摩尔受阻于天津城外的杨村、廊坊一带，与清兵及义和团展开战斗不利，退回城中，致使第一次试图解除清兵和义和拳民对公使馆的围困失败。该战事被清政府及义和团认为是一次抗击外敌的重大胜利，并被命名为“廊坊大捷”。
6月13日，义和团进入内城，当天烧毁孝顺胡同亚斯立堂、双旗竿（今外交部街西口外）伦敦会、八面槽（王府井）天主教东堂、灯市口公理会、东四五条西口的美国福音堂、交道口二条长老会、鼓楼西鸦儿胡同长老会、西直门内天主教西堂、西四羊肉胡同基督教堂、石驸马桥安立甘会、宣武门内天主教南堂共11所教堂。有3200名天主教徒逃入（有42名法兵保护）天主教北堂，2000多名基督教徒逃入东交民巷的使馆区。拳民在北京放火烧掉教堂和一切与西洋有关的事物。
6月15日，军机处曾一度传旨，令在任两广总督的李鸿章，及山东巡抚袁世凯速入京。6月16日，义和团烧毁前门老德记西药房，附近约千家商铺受波及而被烧成废墟，正阳门楼、北京24家铸银厂也遭烧毁。拳民同时四处破坏教堂攻击教民，庄王府前大院被当成集体大屠杀的刑场。而义和团民的不同派别也互相武斗残杀。当时的权贵之家也不能幸免，如吏部尚书孙家鼐、大学士徐桐的家都被抢掠。是日慈禧召开御前会议后，一度发出勒令解散拳民的上谕。
6月17日，八国联军攻占天津大沽口炮台。端郡王载漪趁机伪造一份“洋人照会”上呈慈禧。该照会存心激怒慈禧，称一、指明一地，令中国皇帝居住，二、代收各省钱粮，三、代掌天下兵权，四、勒令皇太后归政。慈禧遂命令刚毅、载漪、载勋、载濂、载澜统领义和团，任载勋为步军统领九门提督。6月20日，德国驻华公使克林德代表各国前去总理衙门要求保护，途中被清兵伏击（由于克林德曾经枪杀义和团众，此次行为被认为是报复）；酿成战争的导火线。（1月后，慈禧通过荣禄调查得知照会为载漪伪造，但为时已晚）
6月21日，按照慈禧太后的旨意，清政府以光绪皇帝的名义，向“彼等”（并未列出“英、美、法、德、意、日、俄、西、比、荷、奥等十一国”）同时“宣战”。实际上该诏书未按现代外交惯例，交予外国使节。清廷向各国宣战的同时，也悬赏捕杀洋人，规定“杀一洋人赏五十两；洋妇四十两；洋孩三十两”。和团及朝廷军队围攻各国在北京的使馆。使馆区内被围人数约3000人。各使馆筑起防御工事，由英国公使窦纳乐负责指挥抵抗，武装有3挺机枪及四门小口径火炮。
6月25日，在载漪、载勋、载濂、载滢四兄弟的率领率下，义和团一行六十多人直奔瀛台，企图弑光绪帝，被慈禧太后阻止而未果（载漪等人还想借义和团之手，杀庆亲王奕劻和里通外国的“卖国贼”李鸿章）。事件最终演变为国际军事冲突，7月14日，八国联军占领天津；直隶总督裕禄兵败后自杀。7月28日，主和的大臣许景澄及袁昶被清廷处死。8月4日，八国联军向北京进逼，8月14日凌晨占领北京城外，经两天的激战，到8月15日逐步攻占了北京各城门，随即与清军在京城各处展开巷战。8月16日晚，八国联军已基本占领北京全城。慈禧及皇室在8月14日仓皇逃离北京，逃至西安。俄国除了与随联军进攻北京外，更另外从南北两路派二十余万人进占中国东北。北路俄军8月攻占黑龙江省城齐齐哈尔，至9月占领吉林省城吉林；南路8月占据营口，10月1日占领沈阳，10月6日两军会师，占据了东北全境。
广州密谈——劝李鸿章拥兵自立
就在中国北方乱成一锅粥时，中国南方也不太平。香港议员何启（兴中会成员）建议香港总督卜力，劝两广总督李鸿章拥兵独立，实现两广独立。何启草拟了一个新闻稿，由全体兴中会会员署名，由卜力转给李鸿章。李鸿章担心孙中山与康有为联合作乱，便采取怀柔策略，让清廷驻日公使向孙带信，邀孙至广州一叙，共议匡救天下之策。孙中山时在筹划惠州暴动，与日本人商议后，决定向李鸿章索要回国费用10万两，以作为武装暴动经费，李表示可以考虑。6月17日晚，宫崎寅藏、内田良平和清藤幸七郎三人（代表孙中山），乘坐李鸿章派至香港的军舰，赴广州登岸至李的幕僚刘学询宅邸会面。宫崎提出两点要求，一赦免孙的罪名，二给予贷款10万两。刘当即应允第二点，又派人向李报告。李回复关于孙的安全不仅要向日本人士保证，还要奏请太后特赦孙文。（注：内田良平著《中国革命》）
此时李鸿章还在忙一件更为重要的事情。6月21日，清廷向11国同时宣战后，通电全国要求地方筹款调兵。时任大清电报局督办的盛宣怀，最先看到朝廷指示南方勤王电文，将其扣押不发。然后给李鸿章发报，希望东南各省联合起来稳定局势。李鸿章闻讯后思虑再三，覆电朝廷：“此乱命也，粤不奉诏”。湖广总督张之洞随后提出“李鸿章大总统”方案：一旦北京不保，就共同推举李鸿章出任中国“总统”以主持大局。6月26日，两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、两广总督李鸿章，和闽浙总督许应骙、四川总督奎俊、山东巡抚袁世凯等人，由铁路大臣盛宣怀从中牵线策划，在上海与各国驻沪领事达成“保护东南章程九款”：各地督抚承诺确保各国在华利益，列强也不得在中国南方挑战启衅，以维持中国南方稳定（英国时已扬言要攻占江阴炮台）。东南互保条约，对于确保中国南方半壁江山，起到了决定性作用。同时也给辛亥革命时，南方各省争相宣布独立埋下了伏笔。
7月8日，清廷起复李鸿章为直隶总督兼北洋大臣（马关条约后免职），催促他北上主持停战议和。权衡后，李鸿章同意担任议和全权大臣。香港总督卜力闻讯，决定和李鸿章举行会谈，仍劝其独立。如李决意北上，卜力图谋扣留李。但是，7月17日卜力收到了英国殖民大臣张伯伦从伦敦发来的电报，要求不准扣留李鸿章。 7月18日，李鸿章从广州北上途中路过香港。在与港督会谈中，李鸿章对孙中山态度大变，劝告卜力禁止颠覆分子利用香港作为基地扰乱中华。随后77岁的李鸿章登船北上，先至上海停留，观察形势风向。
8月22日，孙中山、平山周等人从日本横滨启程，29日晚抵达上海。最初不能上岸，后经李鸿章幕僚刘学询与日本领事担保始得登陆，住进租界内的日本旅馆。孙中山这次赴沪，一是继续寻求同李鸿章合作；二是联络容闳（汉口维新派唐才常组织自立军10万人反清，唐常才在上海组织中国国会，推容闳为议长，主张君主立宪，营救光绪帝，8月22日唐才常等人遭清军捕杀，起义失败）；三是通过英国驻上海领事继续与香港当局谈判，以获得支持。孙中山等人冒险在上海停留到9 月1日，与容闳、容星桥等人同船赴日。（李鸿章在9月16日离开上海北上天津。）
9月3日，孙中山等人回到日本。上海之行失败后，孙中山转而继续经营南方，加快了武装暴动的筹备工作。他与宫崎寅藏商量，乘中国北方大乱，在广东惠州组织暴动，并派郑士良到惠州，史坚如去广州。9月21日，34岁的孙中山在18岁的日本女佣浅田春陪同下，从横滨乘火车至神户。9月25日，孙中山、山田良政等人从日本神户乘船，赴日本控制的台湾组织惠州暴动。途径马关时，曾与玄洋社社长平冈浩太郎会谈。谈话中，孙中山对日本政府的冷淡态度流露出不满之情，平冈解释说：日本政府之所以冷淡，“一是出于对英国外交策略上的考虑；但更主要者，乃因先生对日本尚无任何贡献。”其后平冈说：台湾反日势力（抗日组织常偷袭日军）猖獗，主要动力来自隔岸闽、粵两省人煽动与资助。平冈要孙中山协助台湾总督儿玉“根除匪患”。并称这将是对日本的一项“厚贶”。孙中山当时表示： “当在可能范围内竭尽绵薄。”（注：《福冈县知事深野一三致外务大臣青木周藏的报告》，高秘字第1000号，1900年9月28日发。）
台湾之行——勾结台湾总督
9月28日，孙中山（化名吴仲）、山田良政（姑父菊池九郎曾任台湾民政长官，与后藤新平为密友）等人到达台湾基隆港，两人同赴台北，与台湾总督儿玉源太郎的代表，台湾民政长官后藤新平会谈。后藤“许以起事之后，可以相助。”（见孙中山《建国方略》第八章。）后藤新平之所以同意支持孙中山，是认为中国北方已经陷入无政府状态，如果利用孙中山发动颠覆清政府的暴动，可以向中国华南扩展日本的势力。孙中山随即在台北新起町（今长沙街）设立指挥所，招募日本军人参加。一面命郑士良于10月8日在广东惠州举行暴动，一面积极筹备在厦门以南云霄县的铜山港登陆。革命军原本的惠州起义计划，是攻占惠州西部110公里外的广州城，何以要在广东惠州东北415公里外的福建厦门登陆呢？其源自日本人的指使。
孙中山拜访台湾总督儿玉源太郎时，向他们讲述了攻打惠州，直取广州的计划，请求援助。儿玉源太郎不仅是现职台湾总督，还是甲午战争元凶（时任日本陆军次官，实际指挥作战），1895年获日本天皇赐其金鸱勋章及旭日重光章，并授予男爵爵位，可见其在日军中的显赫地位。儿玉提出，要孙中山的革命军从惠州向东北进攻，再由厦门经福建省向北进军（广州位于惠州以西110公里，厦门位于惠州东北415公里，完全背道而驰）。儿玉说这样可以在汕尾海丰、陆丰（惠州以东110公里）向孙提供两个师的装备。接着孙中山又提出借款作为军费，遭到拒绝。后藤新平说：“孙先生，借款要订契约，多少年之后要加息偿还。孙先生现在进行的革命，还不知道能不能成功，所以谈不上借款。”儿玉则说：“革命军如果打到厦门，那里有台湾银行的分行，在分行地下金库里，大约有二三百万日元银币，因为是革命，可以抢劫嘛”。孙中山对儿玉的建议大为惊讶。（注：陈锡祺：《孙中山年谱长编》上册，中华书局1991年版，第248页。）
儿玉源太郎的目的极其阴险，实际日本早已蓄谋侵略中国华南。甲午战争中获取台湾后，日本便谋求将福建纳入势力范围。这样无论局势如何变幻，日本都可以牢牢控制台湾海峡——这条日本运输生命线。1897年陈少白赴台湾创立兴中会台湾分会，其后得到台湾总督儿玉和后藤新平的支持，才得以打开局面。1899年6 月，儿玉为谋取台湾对面的厦门港和福建省，提出设立台湾银行厦门支店，为入侵铺路。1900年义和团运动爆发后，6月18日，日本东亚同文会召集干事会。会长近卫笃麿公爵主张“严密审时度势，如有一发可乘之机，自应奋勇前进，以谋帝国之利益。”。内田良平则怂恿孙中山在中国南方暴动，他自己同时纠集土匪，在华北举事，占领朝鲜，引发日俄战争，伺机入侵中国东北。
8月14日八国联军攻入北京后，日本乘美英等国瓜分中国华北及东北时，便阴谋攻占中国华南。8月23日，日本首相山县有朋和陆军大臣桂太郎，已经向台湾总督儿玉下达密令，要求台湾军准备步兵一大队、炮兵二中队、工兵一中队，配合厦门港外的日本军舰“和泉”号，攻占厦门。8月24日凌晨，日本在厦门所建的 “东本愿寺布教所”发生火灾，为日本福冈出身的僧侣高松誓自行点燃，嫁祸中国暴民所为（此人与儿玉源太郎关系密切，实为间谍）。此时在厦门港待机的日本陆战队即刻进攻厦门，随后，台湾总督府也派遣陆军支援，但在陆军登陆之前，因英美的抗议，日本内阁下令中止行动，已登陆的日本陆战队于9月7日全部撤回日舰（史称厦门事件）。儿玉指使孙中山的革命军抢劫厦门台湾银行金库，实质是要再次制造借口，使日本能名正言顺出兵夺取厦门以至整个福建省。
日本变局——惠州起义惨败
按照孙中山与日本人的约定，1900年10月8日，郑士良组织了600余人突袭惠阳镇隆（惠州以南24公里）。镇隆清军千余人猝不及防，遭大败。革命军缴获洋枪700余支，子弹5万发，军势大振，兵员迅速激增至6000人。10月17日，革命军向白芒花（今惠东白花镇）进发，在那里和惠州派来的五六千清军打了一仗，用千余支洋枪大败清军。几天时间，革命军就占领了新安、大朋、惠州、平海等地。两广总督德寿闻讯大惊，几次派兵镇压均遭失败。10月21日革命军从镇隆向东进攻100公里抵达惠东三多祝时（目的是至汕尾海陆丰地区，获取日军武器），迅速增至二万多人，声势浩大。清政府提出议和，均被孙中山回电拒绝。此时孙中山极力寻求援助，一方面催促台湾总督儿玉履行事前约定，提供军火援助。另一方面要宫崎寅藏将先前为菲律宾独立军购买的军火运至惠州。
然而两条线索都落空了，原因是日本政局出现变化。自9月7日厦门事件后，山县有朋内阁的“南进”政策，遭到伊藤博文反对。当时沙俄已经提议从中国东北撤兵，如果日本再出兵厦门，必定引起与英国的纷争，甚至招来列强的干涉。9月1日起，台湾总督儿玉派后藤新平至东京活动，直至9月21日才返回台湾。9月 24日，东亚同文会会长近卫笃麿公爵和犬养毅等人，组织“国民同盟会”，宣言举国一致，解决满洲问题（举日本全国之力侵占中国东北）。此事态的发展，导致山县有朋内阁在9月26日提出总辞职。10月19日，伊藤博文出任日本首相。此时清政府已经派庆亲王奕劻和两广总督李鸿章，与八国联军议和。而八国联军已经攻陷北京，在对华政策上形成了两派意见。一派主张瓜分中国，一派主张“保全中国”，即形式上保持中国政权的完整。若瓜分中国，日本根本争不过欧洲列强，于是选择支持保全中国，以图长期蚕食。为确保日本在华利益，伊藤决定严禁向反清组织提供军火，更不准日本军官投效中国革命军。这样，革命军的外援就算落空了。
离开台湾——血是如何白流的
而且由于孙中山按照台湾总督儿玉的计划，让革命军打向福建厦门，导致郑士良部与响应起义的广东新安的江公喜部和梁慕光部，及广州邓荫南、史坚如部越离越远，成了长途跋涉作战的孤军。这大大有利于清军集中兵力来堵截这支义军的主力，造成革命军最后全军覆没。在外援尽断的情况下，孙中山赶紧派山田良政，到三多祝大本营找到郑士良，告知实情。郑士良召集军事会议商议对策，在弹尽粮绝的情况下，清军正在集中优势兵力围剿，与其束手就擒，不如自行解散。10月22 日，郑士良率领一部分革命党人退往香港。日本人山田良政在退回台湾时，由于迷路被清军吴祥达部洪兆麟捕获后，死于三多祝西圩门口（反清活动中第一个死亡的外国人）。10月23日，即使起义军解散后，孙中山还给日本众议员菅原传和犬养毅写信，恳求他说服日本首相伊藤博文支持中国革命：暗助一臂之力，借我以士官，供我以兵器，则迅日可以扫除清朝腐政，而另设汉家新猷矣。（注：《致菅原传[101]函》（1900年10月23日）
惠州暴动失败后，由于清朝政府的通缉，加之港英当局对孙中山的禁令没有解除，孙中山难以利用香港作为反清大本营，只好返回日本。1900年11月10日，孙中山、平山周等人从台湾基隆启程，与后藤新平同乘“横滨丸”返回日本横滨。当时孙中山将全部希望放在日本政府身上，遭此惨败其沮丧之情可知。孙与人谈话时说：本人之事业系于日本，日本既不能主动占居主导地位，则本人之事业即将无可作为。（注：《福冈县知事深野一三致外务大臣加藤高明的报告》，高秘字第 1131号，1900年11月15日发）11月下旬，孙中山试图乘中国局势大乱再次举事，他一面与日商签约，购买二百五十万发弹药，一面努力摸清伊藤博文内阁的态度。由于在日本找不到可以依靠政治力量，便试图获得英国政府支持，同样亦无所获。
惠州暴动失败后，兴中会的其他骨干成员，陈少白仍然在香港主持《中国日报》，杨衢云冒着清廷追缉的危险，自愿回到香港，以教书度日，1901年1月10日遭清廷枪手陈林刺杀身亡。8月27日，郑士良在香港饮宴时遭清廷买凶下毒谋杀，兴中会受到了严重削弱。面对分崩离析的局面，孙中山和尤列经过讨论，决定把日本华侨和留学生作为发展对象。
