从1903年9月至1905年7月，孙中山离开日本的两年时间，在日中国留学生数量急剧增加。此时正值日俄战争在中国东北打得血流成河，上百万东北人成为战争难民，死伤惨重。早在1903年，内田良平领导的日本黑龙会，为挑起日俄战争，借机入侵中国东北，组建对俄同志会，招募日本浪人、满洲马贼组织游击队，袭击驻扎中国东北的俄军，进行军事挑衅。内田良平还亲自参与绘制《俄国经营东方全图》，为日军对俄军作战提供了准确的地形资料。1904年2月6日，日本不宣而战，偷袭旅顺和仁川港的俄国军舰，日俄战争爆发。内田良平则在叔父平冈浩太郎的介绍下，晋见了日本陆军参谋本部次长儿玉源太郎，要求允许黑龙会成员赴中国东北，与日军协同作战。
黑龙会会馆——筹建中国同盟会
1904年底，正好是日俄战争最激烈的时候，日本全国都处于极度兴奋的状态，国民极度关注战争发展。这种癫狂的情绪刺激了中国留学生。当时日本的中国留学生有1万多人（素质良莠不齐），组成了一批反清组织，如黄兴、宋仁教的湖南派“华兴会”，章炳麟的浙江派“光复会”等等，但地域色彩浓厚，缺乏联络。 1904年底黄兴与湖南、云南、直隶、江苏、河南等地的一百多名留日学生组织了“革命同志会”。宋教仁、陈天华等人，则联合一部分留日学生，创办了《二十世纪之支那》杂志（1905年11月改为同盟会机关报《民报》）。
1905年7月19日，孙中山受黑龙会会长内田良平所召，从法国回到日本。此时黑龙会正在谋划联合中国在日留学生，组建一个反政府组织。在内田良平、宫崎寅藏撮合下，孙中山与黄兴、宋教仁、陈天华、张继见面，并开始筹划联合各反清组织。除了孙中山的兴中会、黄兴的华兴会、章太炎的光复会、张继的青年会外，还有一批乌合之众也被找了进来。比如后来臭名昭著的国民党极右翼小团体“西山会议派”（林森、居正、谢持为代表，被蒋介石评为反革命的国民党右翼组织就这一个）。这批日本留学生都是日俄战争时期，希望清政府反俄亲日不成，才怒而转向反清的。
7月30日，各派在东京赤坂区桧町三番地黑龙会会所（头山满提供），召开中国革命同盟会筹备会议，共79人出席。会议确定会名、入会誓词及入会手续，推出会章起草人员。与会人员宣誓成为首批会员。（据史学家章开沅研究：之所以取名“中国同盟会”，显然受日本政界的影响，如1900年犬养毅、头山满创建的 “国民同盟会”。）
1905年8月20日下午，在东京赤坂区灵南坂，日本国会众议员阪本金弥子爵（犬养毅的冈山同乡）的宅邸，举行中国同盟会正式成立大会。会议通过了《中国同盟会总章》，以孙提出的“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”十六字为政纲，孙中山被推举为同盟会总理，下设执行、评议、司法三部。其中黄兴任执行部庶务长，下设六科，宋教仁、胡汉民、廖仲恺等人为科员；汪精卫任评议部评议长，下设评议员，有秋瑾、董修武等20多人；邓家彦任司法部判事长。同盟会总部设在日本东京，并规划在国内外设立九大支部，各省市区建立分会。1905年11月同盟会本部在东京发行机关报《民报》，孙在其发刊词中将十六字纲领概括为民族、民权、民生三大主义。后同盟会成员冯自由将其简称为“三民主义”。
三民主义是孙中山搞革命的纲领性思想，然而详究“三民主义”的根源，不过是孙中山从西方书籍中，东拼西凑抄袭出来的产物。1895年孙中山搞广州暴动时，最早的思想是“驱除鞑虏、恢复中华”，具有明显的种族主义倾向。1896年孙中山流亡英国伦敦时，长期泡在大英博物馆的图书阅览室，阅读了大量西方学者关于社会主义和社会改革的书籍，如马克思的《资本论》、卢梭的《社会契约论》、美国土地制度改革运动人物亨利·乔治的《土地问题》、《我们的土地与土地政策》。再加上1897年孙中山流亡日本后，日本右翼“国权主义”的影响，最终有了三民主义这个怪胎。可笑的是，这个纲领性思想，最早连同盟会内部都不被认可，只是句空洞的口号而已。
东京赤坂——紧靠日本政治心脏
如果不了解日本，根本不会知道同盟会集会时，所在的东京赤坂区桧町和灵南坂意味着什么。这里是日本政治的核心地区，桧町位于日本皇宫西南1公里，灵南坂位于桧町以东900米外，只隔着几条街。黑龙会能在这样的政治中枢地区设立会馆，足见其在日本的社会地位和政治影响力。而在同盟会开会地点向北几百米外，就是日本的政治中枢——千代田区，密集分布着外务省、法务省、经济产业省、东京高等裁判所、东京警视厅等重要机构。此外还有最核心的日本首相府和国会议事堂。上百名中国人，就这样在日本皇宫和首相府的眼皮子底下进行集会，公然建立颠覆中国政府的反政府组织。而素来注意中日关系，并派人监视中国反清组织人员的日本政府居然没有反应。
同时加入中国同盟会的，还有内田良平、宫崎寅藏、末永节三名日本人（黑龙会成员）。1906年，日本法西斯主义理论创立者北一辉（黑龙会成员），也加入了中国同盟会。同盟会现已查明至少有8名日籍会员，分别是：内田良平、宫崎寅藏、平山周、末永节、北一辉、萱野长知、和田三郎、清藤幸七郎，均是黑龙会核心成员。其中萱野长知（1873-1947）在1904年加入日军特务班，潜入中国东北当翻译，联络土匪，扰乱俄军的后方。末永节（1869-1965），福冈人，甲午战争时，得玄洋社社长平冈浩太郎推荐，任机关报《九州日报》随军记者。战后回国，由玄洋社成员的野半介引见，认识宫崎寅藏。其后又经宫崎介绍认识孙中山，1904年认识黄兴和张继；1905年与内田、宫崎促成孙、黄两派的合作，结成中国同盟会。《民报》创刊时期的印刷人即为末永节（1922年末永节组织“肇国会”梦想推动韩、满、蒙合并为一国）。和田三郎，是《革命评论》的主要撰稿人，与日本政界关系紧密。清藤幸七郎是黑龙会《时事月刊》的编集主事。这批日本人，在同盟会和后来的国民党历史上，起着各式各样的重要作用。也是国民党历史书籍中所谓的“日本友人”。
行文至此，可能有人要问：日本黑龙会为何如此积极撮合组建“中国同盟会”。其根源依然在日俄战争。1905年5月28日对马海战后，俄国太平洋舰队几乎全军覆没，日本已经取得决定性胜利，但国力损耗也非常严重。日俄双方随即在美国朴茨茅斯展开停战和谈。此时日本右翼也开始行动，试图联合在日反清势力，对清廷施加压力，以在战后获取更多的利益。8月20日同盟会组建之日，正是日俄朴茨茅斯和谈关键时期。9月5日日俄签订《朴茨茅斯条约》，俄国只割地不赔款，大大刺激了右翼势力，由此酿成震惊日本的“日比谷烧打事件”，东京全城戒严镇压。
然而日俄停战条约已签署生效，无论日本右翼如何闹腾也无法改变结果。向俄国索取不成，日本右翼便鼓动政府向清政府勒索。从1905年11月至12月，日本政府派遣外相小村寿太郎，与清政府代表在北京经22次会议，签订《中日会议东三省事宜条约》，取得了远远超出日俄朴茨茅斯和约规定为多的在华特权，由此控制南满地区。接着，日本于1906年5月成立了南满洲铁道株式会社，7月成立了关东都督府，作为侵略中国东北的大本营和指挥部。为保护南满铁路，日军出兵一万余人，组成铁路守备队。此即祸乱中国半个世纪的罪魁——日本关东军。
暗杀时代——同盟会的革命事业
同盟会成立后，最重要的任务是发展会员。到第二年，孙中山吹嘘“加盟者已逾万人”。实际根据台湾“党史会”资料，1906年会员仅有956人。由于同盟会并没有财力基础，日常经费主要靠会员会费。而少得可怜的会员人数，导致同盟会连东京本部的日常开支都成问题，更遑论资助反清活动。此时，暗杀便成为同盟会扩大影响力的主要手段。暗杀之风并非一时兴起，早在1903年，黄兴在日本组建国民教育会，便成立暗杀团，提出三种革命途径：一曰鼓吹，二曰起义，三曰暗杀。自然又是学的日本玄洋社搞政治暗杀那一套，1905年，北方暗杀团支部长吴樾（安徽桐城人，27岁）发表的《暗杀时代》一文，被认为是同盟会发动暗杀活动的宣言。当年9月24日，吴樾北京前门火车站，身怀炸弹刺杀出洋五大臣（镇国公载泽、户部侍郎戴鸿慈、兵部侍郎徐世昌、湖南巡抚端方、商部右丞绍英）。吴樾爆炸身亡。
当时的革命党人，醉心暗杀者成为主流。同盟会重要人物均将暗杀视为捷径，即使以温和著称的宋教仁和蔡元培，也将革命概括为“暴动”与“暗杀”。1905 年，同盟会在东京组织了一个专司暗杀的部门——实行部，即同盟会东京总部暗杀团，将21岁的日本高等女子师范学校女留学生方君瑛推为部长。暗杀团主要成员有吴玉章、黄复生、喻培伦、黎仲实等人。热衷暗杀的黄兴，还在横滨筹划制造炸药，聘请俄国人做技术指导，以擅长化学的喻培伦为主进行研制。方君瑛与当时著名的女革命党人秋瑾、陈撷英、林宗素、唐群英、蔡蕙、吴木兰等皆加入学习。
同盟会中的重要人物汪精卫，起初并不赞成搞暗杀，他认为：革命是何等事业，乃欲刺杀一二宵小而唾手得之？直小儿之见而已。然而到1907年至1908年间，同盟会的多次武装暴动均遭失败。《民报》被查封，许多革命党人牺牲，同盟会内部严重分裂，陷于瘫痪。这一切刺激了年轻的汪精卫，使他走上了暗杀之路，决心“藉炸弹之力，以为激动之方”，希图以此挽救革命。这才有了后来汪精卫刺杀醇亲王载沣的轰动事件。
博浪一击——刺客都有相同点
既然暗杀被同盟会定为革命策略，那么成效如何呢？我们来看看过程。1906年6月，同盟会成员杨振鸿（云南昆明人，32岁，1903年赴日本），从日本陆军振武学校毕业回到云南，调查云南各地情报，汇报日本同盟会总部（实同间谍）。同时其受云贵总督丁振铎委托为云南体操学校监督，主讲军事课程。同盟会图谋刺杀丁振铎（其人并非奸佞，反而是晚清明臣之一），因丁加强戒备而流产。后因杨振鸿公开宣扬革命言论，被调离昆明，任腾越滇西巡防第四营管带。因在滇西从事颠覆活动，被迫逃亡缅甸。1907年组织腾越起义失败后，从缅甸到了日本。
1906年7月，同盟会成员杨卓霖（湖南醴陵人，30岁，1905年赴日本），从日本东京高等警监学校留学回国，在上海办《竞业旬报》，联络各省党人策应江西萍乡、湖南浏阳、醴陵地区会党和工矿起义。清军调集数万兵力挫败起义军。杨卓霖于12月从上海转赴扬州，准备刺杀两江总督端方（其人为清末四大能臣之一，兴办教育，是中国新式教育创始人之一，属维新派）因事败露被捕，1907年7月在南京被杀。而端方在1911年11月27日，由于新军第八镇哗变，被军官刘怡凤手下所杀，砍下人头送至湖北军政府都督黎元洪处邀功。
1907年6月，同盟会会员刘思复（广东香山人，23岁，1904年赴日本），因惠州七女湖起义失败，从香港潜入广州，企图刺杀广东水师提督李准。6月 11日，刘思复在凤翔书院装配炸弹时发生爆炸，被炸成重伤送入医院。由于爆炸声巨大，引来清廷巡警。刘伤愈后遭多次审讯，坚称是因化学试验受伤，绝不肯供招真实姓名。官府没有证据，遂判令解回原籍香山监禁。1909年，刘思复被营救出狱后，赴香港宣扬无政府主义。宣统元年（1909年），由于英国、日本入侵中国南海领域，李准率官兵170余人，赴西沙查勘，探明岛屿15座，并命名测绘照相，立碑宣告西沙为中国领土，回国后奏请朝廷开发西沙。1911年，广东省政府宣布把西沙、南沙群岛划归海南崖县管辖。同年李准在广州宣布起义。李准收复东沙、西沙，为我国确立南海岛礁主权，提供了重要证据，功莫大焉。南沙一处岛礁即以李准滩命名。
1907年7月6日，光复会成员徐锡麟（浙江绍兴人，34岁，1903年赴日本）在安庆巡警学堂毕业典礼上，乘点名之机，拔枪射杀安徽巡抚恩铭，致恩铭当场身亡。学生军发动安庆起义，遭军警扑灭。徐锡鏻被捕后，于第二天被公开挖心抛尸，时年35岁。7月6日，就在安庆起义失败时，绍兴坤士胡道南出卖秋瑾，浙江巡抚下令绍兴知府贵福逮捕秋瑾（时在策划光复军金华起义）。7月13日秋瑾被捕，两天后遇害，时年32岁。（恩铭，满族举人出身，非奸恶之徒，其赴安徽巡抚任职一年，推行新政，振兴教育，且对徐锡麟有提携知遇之恩。）
