靖港之败后，曾国藩即进行严厉整军，将在战斗中油滑溃逃的营哨兵勇一律裁去不用，1.7万人仅留下5000敢战之士，连他的弟弟曾国葆也在裁撤之列。长沙整军使湘军的战斗力大为提高。5月17日，新任山东登州镇总兵陈辉龙，自广东率水师400名，洋炮100尊至长沙。在经过添募新勇、修补战船等一系列的休整后，湘军准备重新发动攻势。而太平军经过前一阶段攻城掠地取得的连串胜利，导致兵力分散在安徽、江西、湖南、湖北四省广大区域，遂逐步停止战略进攻，转入战略防御。但为了压住湘军的气势，石达开决定调正在进攻荆州的曾天养部，沿长江东下增援困守岳阳的石祥祯部。
武昌大捷——湘军兵威引来朝廷猜忌
1854年6月8日起，曾天养放弃进攻荆州（岳阳西北136公里），沿长江东下，一路攻占洞庭湖西岸的澧州、常德、桃源等地。当得知韦俊部已于6月26日拿下武昌的消息后，曾天养率部于6月30日抵达岳阳，与石祥祯会合，兵力达2万余人。太平军决定固守岳阳，大量修筑地面工事。湘军经过两个月的休整后，曾国藩决定夺取岳阳，收复武昌。他先派塔齐布抵近岳阳，监视太平军的一举一动，等待水师抵达。7月7日，曾国藩率湘军水陆师分四路进攻岳阳。7月16日，在湘军的猛烈攻势下，曾天养部被迫放弃构筑阵地，匆忙退入岳阳城内。塔齐布率部直抵岳州城下，湘军初战告捷。8天后，湘军水师在彭玉麟率领下，浩浩荡荡开进洞庭湖，派出小船吸引太平军水师出战。太平军中计后，被湘军截断后路，烧毁战船100多艘，俘虏34艘。曾天养闻讯大惊，于7月25日退出岳阳城，退守岳阳城北20里的城陵矶，钳制长江洞庭咽喉。7月27日，太平军反扑岳阳城，被湘军大败，折损千余人，士气大衰。石达开决定调占领武昌的韦俊部前往支援，寻机与湘军在岳阳附近进行决战。7月29日，韦俊部南下会师，太平军水师一下子增加了600多艘战船，再次水陆并进反扑岳阳城。湘军全线出击，投掷燃烧弹烧毁太平军战船四百余艘，太平军全线溃败75里，阵亡千余人，被俘大船76艘，火炮280门。
8月8日曾国藩抵达岳阳。8月9日太平军第五次反扑岳阳，湘军水师追击时，因陈辉龙所率粤军水师争功冒进，被曾天养部大败，陈辉龙、褚汝航等人战死。8月11日，老将曾天养率三千太平军进攻城陵矶，曾天养被塔齐布的亲兵斩杀。曾天养一死，太平军失去了主心骨。从8月中旬到8月下旬，太平军在韦俊指挥下，于城陵矶外围和湘军罗泽南部连战5场，连遭败绩。8月25日，罗泽南、周凤山率湘军陆师攻克城陵矶，太平军只得撤往武昌。湘军水师得知太平军撤退后，由杨载福、萧捷三、鲍超率水军乘势进攻武昌。此时石祥祯、韦俊被调回南京，林绍璋被追究湘潭战败责任，守武昌的主将是石凤魁（石达开堂哥）。9月15日，湘军水师攻占武昌西南27公里的金口，进逼武昌城。10月6日罗泽南、塔齐布率领湘军陆师抵达武昌城南。石凤魁在这20天里竟然坐等湘军完成合围。10月8日，曾国藩召集彭玉麟、塔齐布、罗泽南等将领，制定攻城计划。10月12日湘军发起总攻，先围歼太平军水师，击毁战船200余艘。湘军陆师与湖北绿营兵配合，将武昌城团团包围。10月14日清晨，石凤魁、副将黄再兴决定弃城突围，并通知坚守汉阳城的陈玉成一起东撤，沿长江逃至武汉下游130公里的田家镇（石黄两人因丢失武昌被杨秀清斩首）。10月15日，停泊在汉江中的数千艘太平军战船，尽被湘军烧毁。湘军收复武汉三镇。
武昌大捷取得了清廷前所未有的胜利，曾国藩和湘军挽救了清廷摇摇欲坠的局势。咸丰帝大喜过望，称“不意曾国藩一书生，乃能建此奇功”，10月26日下诏命曾国藩“署理湖北巡抚”（从二品）。然首席军机大臣祁隽藻嫉贤妒能，进言“曾国藩以侍郎在籍，犹匹夫身。匹夫居闾里，一嗥蹶起，从之者万余人，想非国家之福也。”曾国藩谦辞奏疏还未到京，11月2日，咸丰帝追加一道圣旨，着曾国藩毋庸署理湖北巡抚，赏兵部侍郎衔（从二品），由陶恩培补授湖北巡抚。督抚实权换成兵部虚衔，此为清廷重用湘军，又防范湘军之始。
田家镇——湘军大破江防要塞
湘军虽然占领武汉三镇，但并未吃掉太平军西线主力。湖广总督杨霈提出集结湘军和湖北绿营，兵分三路攻取田家镇。田家镇位于湖北、江西两省交界，扼守长江咽喉，已被太平军在长江两岸筑起江防要塞，江面横铁索、两岸筑营垒，兵力号称十万。1854年11月7日，武昌清军经过半个月休整，开始水陆东进。11月11日，湘军塔齐布、罗泽南部攻占长江南岸的大冶、兴国，逼近田家镇南岸要塞。但湘军水师被陈玉成阻击在田家镇上游的蕲州江面，太平军水师火炮和岸防火炮给予湘军水师很大杀伤。11月24日，湘军陆师三战全胜，击溃田家镇南岸的太平军秦日纲部2万余人，燕王秦日纲率残部逃回江北大营。11月29日，秦日纲见兵力不足，只得调陈玉成回防田家镇，湘军水师趁机跟进，水师彭玉麟、杨载福与陆师塔齐布、罗泽南聚首，确定了水师破横江锁链、陆师攻营垒的联合作战计划。
12月2日，湘军水师三路并进，冒着太平军的岸防炮火，熔断横江铁索，直插下游15公里的武穴，切断了田家镇太平军的退路，烧毁长江江面战船4000多艘，俘虏500多艘。太平军遭此惨败，军心立刻动摇。12月3日凌晨，秦日纲与韦俊率主力放弃田家镇大营，东撤50公里至鄂皖交界的黄梅县。经田家镇一役，太平军主力被逐出湖南、湖北，吉志元、石镇伦、韦以德三位将领先后阵亡。咸丰帝闻讯后万分高兴，赶紧拟手诏一封，对湘军水师大加褒奖，并将湘军水师战法在长江两岸诸省水师中全面推广。湖南各地官民纷纷解囊，筹资建设船局（造船厂），修造战船供应湘军。曾国藩将目标对准了田家镇以东60公里的长江重镇——江西九江。
兵败九江——曾国藩困守南昌，太平军全线反扑
九江地处江西、湖北、安徽三省交界，为长江、鄱阳湖咽喉，扼守南昌、南京门户，战略位置极其重要。1854年12月8日，湘军打下田家镇的第五天，彭玉麟率湘军水师已前出至九江江面，而湘军陆师还在田家镇。曾国藩在这里犯了个大错误。他以为九江兵力空虚，防御远弱于田家镇，靠水师拿下只是时间问题，因而集中湘军陆师东进黄梅，企图生擒燕王秦日纲，以向朝廷献俘报功。湘军水陆分兵冒进给太平军留下了喘息之机。东王杨秀清急调石达开亲赴前线挽回败局。石达开派遣江西饶州的罗大纲兵团北上支援九江，与秦日纲、韦俊共同抵御湘军。12月20日湘军陆师对黄梅发起总攻，秦韦部诱敌东撤20公里至安徽宿松、太湖县境内，将湘军陆师主力拖在长江北岸达23天之久，使其不能水陆合击九江（黄梅以南38公里就是九江城）。
1855年1月2日，罗大纲部进抵九江城北的小池口，太平军尽一切可能强化九江—湖口防御体系。同一天，曾国藩乘战船抵达九江，石达开也亲率胡以晃兵团从安庆至九江城东20公里的湖口（鄱阳湖与长江交汇处）督战。由于湘军水师攻城受挫，曾国藩急令长江北岸的塔齐布、罗泽南部南下渡江支援。1月8日，湖北按察使胡林翼率部2000增援九江。曾国藩再调副将王国才所部3000余人作为总预备队，围攻九江的清军总兵力达到1.5万人。石达开部针锋相对，坚守九江城、梅家洲、湖口三点要塞，依靠城池稳守反击，尽量避免与湘军野战交锋。1月14日，曾国藩命湘军发起进攻，塔齐布、胡林翼奋力攻城，却被守城太平军（林启荣部）用火弹（炸药包）击退。1月18日，曾国藩调上王国才的总预备队，对九江发起总攻。太平军凭借城墙上的火炮、抬枪、火弹，对湘军造成巨大伤亡。曾国藩无奈宣布暂停强攻九江城。
九江城一役，太平军一举扭转从兵败湘潭以来的颓势，给湘军士气以沉重打击。曾国藩决定转攻梅家洲，切断九江城与湖口间的联系。梅家洲距九江城东北12公里，是长江-鄱阳湖口的一块大型沙洲。罗大纲部进驻后，修筑了严密防御工事，遍布壕沟、木桩、竹签、地雷、铁蒺藜。1月21日至27日，湘军陆师强攻梅家洲，付出了惨重代价却毫无收效。只有湘军水师趁机突入鄱阳湖，烧毁太平军数百艘船只后，撤回长江。1月29日，湘军水师3000余人再次由长江攻入鄱阳湖，石达开乘其不备，截断鄱阳湖口退路，烧毁湘军水师40余艘大型战船，军士大惊溃散。石达开趁机发动全面反攻。长江北岸：秦日纲、韦俊、陈玉成三部再次攻占黄梅。2月11日，太平军夜袭九江江面的湘军水师，围攻曾国藩坐舰。曾国藩只得弃船，在侍卫保护下，逃入南岸罗泽南营地，见兵败情形再次试图自杀。2月12日，罗大纲部大举西进，攻占武穴。2月16日，秦日纲、韦俊部从黄梅西进，大败湖广总督杨霈的绿营兵，直插武昌以东60公里的蕲州、黄州（今黄冈）。2月23日，太平军再次占领汉阳、汉口，对武昌城完成包围。由于胡林翼正在九江坐镇，武昌兵力空虚，湖广总督杨霈，竟然放弃武昌总督府，驻军于武昌城外。
从湘军田家镇大捷到太平军再次攻占武汉三镇，短短80天时间里，战局发生了戏剧性变化。太平军从千里大溃退变成了千里大进军，湘军被打得有些不知所措。此时曾国藩又犯了大错误，他不是集中兵力回援武昌，而是兵分五路，仅派李孟群的水师和胡林翼部回援武昌，派塔齐布率5000人继续围攻九江，派罗泽南率3000人至江西东部，曾国藩自己则率部去守南昌。分兵四顾导致全局尽失。4月3日，太平军集中2万兵力围攻武昌城，湖广总督杨霈畏敌不救，湖北巡抚陶恩培战败自尽，胡林翼退驻涢口收集溃兵，太平军第三次占领武昌城。针对武昌战败，清廷命胡林翼升任湖北巡抚，李孟群接任湖北按察使。此时退守德安府（武昌西北，今安陆）的湖广总督杨霈手里还有万余绿营兵，胡林翼召集了4600人，咸丰命西安将军扎拉芬从河南救援湖北。5月12日，陈玉成部对杨霈发起总攻，绿营兵一战即溃；太平军在随州设伏，斩杀扎拉芬的援军。咸丰闻讯大怒，将湖广总督杨霈革职，命荆州将军官文为湖广总督。
1855年，对于清廷和太平天国来说，都是心惊肉跳的一年。2月湘军九江惨败，4月太平军攻占武昌，5月林凤祥、李开芳的北伐军全军覆没；7月清军攻占芜湖，进逼南京，又被太平军复占；8月罗大纲战死，湖南提督塔齐布强攻九江时呕血而亡；11月江南提督和春攻占合肥。这一年，石达开是最辉煌的主角，自九江、湖口大败曾国藩后，石达开率西征军团重创湘军，重占湖北、三下武昌、回师江西，打得曾国藩在孤城南昌困守愁城长达两年。1855年11月，石达开亲率万余主力突入清军防御薄弱的江西，兵分三路连克修水、新昌、樟树、吉水，吉安等七府四十七县，占据江西大部，兵力发展至十万余人，湘军连遭重挫。1856年3月，杨秀清抽调石达开三万主力回援南京，围攻清军江南大营。
利益集团本是个中性词，任何一个国家都有利益集团。不同的是欧美法制国家能通过法治把利益集团牢牢限制起来，在法治明规则下进行博弈；而中国则是人治社会，遏制利益集团只能靠中央的意志，结果利益集团通过潜规则越做越大，成为尾大不掉的“利益豪强”就像民国的四大家族一样。其结果只能是严重恶化行政效率和中央的意志在地方的贯彻力度。等利益豪强肥到功高盖主，富可敌国的程度，必然像中央发难，此时中央早已千疮百孔，自然无法招架，毁灭是必然。
清朝就是如此完蛋的，苏联也是。