一九二八年十一月上旬，周恩来又回到严重白色恐怖笼罩下的上海，作为中央政治局常委兼组织部长，在处于极端秘密状态下的中共中央工作。
那时中共中央政治局主席兼中央常委主席是向忠发，他做过船工和码头工人，大革命时担任过湖北省总工会的委员长。六大时党内有一种不正常的现象：过分地强调工人成份。共产国际东方部副部长米夫又极力捧向忠发。因此，向忠发被选为主席。但向忠发的思想水平和工作能力都不行，在实际工作中无法起主要的决策作用。政治局常委由向忠发、周恩来、苏兆征、项英、蔡和森五人组成。蔡和森很快被撤销了政治局委员和常委的职务。苏兆征第二年二月才归国，当月就因病去世了。李立三最初是中央政治局候补委员和候补常委，在十一月二十日才被补为政治局委员和常委。新的中央虽已从九月二日起开始工作，但许多问题都说要等周恩来回国后解决。周恩来一回国，十一月九日的常委会上就决定：新中央的工作计划由周恩来起草提出。在这以后的很长一段时间内，周恩来实际上是中共中央的主要负责人。
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----周恩来传（十三）：六大前后
这时候，中国共产党面对的政治局势是怎样的呢？正如六大所指出的那样，革命正处在两个高潮之间的低潮。这是一个特别令人难熬的严峻时刻，也是革命运动从低落重新走向高涨的起点。
几乎与党的六大召开同时，继续北伐的国民党军队攻占了北京和天津。接着，张学良在东北宣布易帜，服从南京政府。这在当时国内政治生活中是一件十分引人注目的大事。国民党政府在名义上取得了全国的统一，连续进行了十多年的各派军阀之间的内战暂时停息下来。他们在建立大买办、大地主反动统治的同时，继续打着孙中山的三民主义的旗号，标榜统一、和平、关税自主、裁兵、裁厘，在有些地方表示要实行“二五减租”。在大约一年左右的时间内，特别是在蒋桂战争爆发前，国民党的统治有过一个短时间的相对稳定时期。由于军阀混战的暂时停息，交通的重新恢复，市场比较活跃，民族工商业似乎出现了一些生机。因而使不少人一时对他们抱有幻想。与此同时，中国共产党的组织和它所领导的工农武装斗争，在极端艰苦的环境中，经过整顿，也在逐渐摆脱六大前后曾经存在的那种混乱涣散状态，重新走向发展。
能不能恰当地估计这种政治形势，是党制定出正确的、符合客观实际的工作方针和策略的重要前提。
周恩来清醒地看到了这一切。他在回国后不久所写的一篇文章中这样指出：“在帝国主义彼此间，在中国统治各阶级彼此间，矛盾虽然存在，冲突虽然加紧，未来的大战（指统治阶级内部的大战——编者注）虽然必不可避免，但我们切不可忽视对于中国革命的一个更严重的问题，就是，他们结合的力量现在还是比革命力量（工农兵士贫民）大，他们对革命的压迫和摧残现在还是一致。”
怎样在这种局势下积蓄力量，推动革命运动重新走向高涨？周恩来根据六大确定的路线，强调应该把工作重点放在“争取群众”上面，而不是在广大范围内直接从事武装发动，以准备并促进革命高潮的到来。一九二九年三月，在他为中共中央主持起草的给各省委的一封指示信中，明确地指出：“目前党的总的政治路线”就是“夺取群众”〔2〕。这是切合当时实际情况的正确方针，是党的工作中具有战略意义的重大转变。
由于中共中央是在敌人统治下的上海从事秘密工作，周围的环境异常险恶。周恩来是众所周知的共产党领袖，是敌人千方百计地追捕的重要目标。他在大革命时期又长期担任公开的领导工作，国民党内有许多人熟识他，处境更加危险。周恩来在如此复杂的环境中，却以他的冷静和机智，从容应付，积累起更加丰富的地下工作经验。他不停地变换姓名和住址。居住的地点，有时住一个月，有时只住半个月，每换一处就改一次姓名。知道他住处的只有两三个人。由于社会上认识他的人太多，他外出的时间严格限制在清晨五时至七时和晚上七时以后，其余时间除特殊情况外都不出去。他对上海的街道布局进行过仔细的研究，尽量少走大马路，多穿小弄堂，也不搭乘电车或到公共场所去。他通常装扮成商人，后来又留起了大胡子，所以党内许多人叫他“胡公”。敌人尽管把他作为极力搜索的重点目标，却始终无法发现他的踪迹。
就这样，从回国到一九三○年春重去莫斯科，在一年半的时间内，他进行了大量卓有成效的工作。主要是：第一，整顿几乎被打散的党组织，恢复并发展党在国民党统治区域内的秘密工作；第二，指导各地区的武装斗争，努力扩大红军和农村革命根据地，并把这个工作放在越来越重要的地位上；第三，领导在严重白色恐怖下的保卫工作，保证中共中央的安全；第四，进行反对右倾取消主义的斗争。应该说，这个时期中共中央的工作路线基本上是对的，在中国革命的历史进程中起着从严重挫败到走向复兴的关键作用。
六大以后，周恩来兼任中央组织部部长。组织部秘书先后有余泽鸿、恽代英、陈潭秋、何成湘等。
当时，各地党组织在大革命失败后遭到了严重的摧残。“左”倾盲动主义那种不顾一切的蛮干，又使党组织遭受一系列新的重大损失。一九二七年十一月中央临时政治局扩大会议时，全国党员由近六万人减少到一万多人。湖北省委在一九二八年的三月、五月和十一月连续遭到三次摧毁性的大破坏，中心区域的工作几乎完全坍台。广东的破坏也极为惨重，广州党组织几乎全遭破坏，东江、北江、琼崖等地区又连遭挫败，省委被迫移往香港。湖南省委在一九二八年三月和七月的两次大破坏后，在省内难以存身，在九月间将省委机关远迁上海。山西、陕西、四川、云南等省在这年夏天事实上同中共中央断绝了联系。保存下来的一些党组织内部，涣散无组织的状态十分严重。由于接连遭受挫折，党内许多人相互抱怨以至攻击。不少党员对党中央和省委失去信任，对中央和省委的通告随便谩骂，拒不执行。组织内发生许多无原则的派别纠纷，甚至发展到各行其是。有些地方，党的组织生活陷于半停顿状态。这种状况，对处在白色恐怖下的党组织带来的严重危害是可想而知的。六大路线的贯彻也好，争取群众也好，都得靠党的组织去做。如果这些问题不首先得到解决，党的工作就很难前进一步。
其中最突出的是顺直问题。这是一个在党的工作全局中有着举足轻重地位的棘手问题。为什么这样说？中共中央政治局在向六届二中全会所作的《工作报告纲要》中回顾道：“顺直问题是中央开始工作之第一个最严重的问题，这个问题发生于党在非常涣散的时候，这个问题不能很快的得着正确的解决，不独北方工作不能发展，并且全党涣散的精神都不能转变。”
顺直指的是北平（清朝曾设顺天府）和河北（曾名直隶省）。而顺直省委的工作范围比这还要大得多，它曾包括原来中共中央北方局所领导的广大地区：河北、山西、北平、天津、察哈尔、绥远、热河、河南北部和陕北。在李大钊遇难后，北方局和顺直省委的工作长期没有能打开局面，纠纷不断，问题越积越多，党内的个人意气之争和派别成见也就越发展越严重，已到了使工作难以开展的地步。一九二八年一月省委改组后，一部分党员在正定地区组织了第二省委。七月再一次改组后，北平东部地区遵化、玉田等四县的党组织的一些人又成立了“护党请愿团”，不承认新的省委。许多人灰心丧气，以为：“顺直党的基础已经落伍了，腐烂了。”不少党员又抱有这种情绪：“七月后的省委既是也有错误，便应该取消。顺直党的干部既都有错误，都是落伍，便应由中央另派人来组织特委。”
六大后的新中央开始工作的时候，便力图解决这个问题。一九二八年十一月九日，周恩来由苏联归国后第一次参加中央常委会议时就提议：“顺直残留的斗争直到现在，主要的是缺少了政治的指导，这点中央要特别注意。我觉得中央委员会有一人去一下才好。”他并且强调：“主要的还是政治的说服”，“不应是两条路线”。
开始时，中央政治局决定成立由周恩来、李维汉、康生等组成的巡视上海工作委员会，以周恩来为主席，帮助上海开展工作。由于顺直的问题越来越严重，十一月二十七日的政治局会议就决定改派周恩来去顺直巡视。这样，处理这个棘手问题的担子就落到周恩来的肩上。
十二月中旬，周恩来化装成商人，身穿长袍马褂，留着胡子，从上海乘轮船来到天津。顺直省委派徐彬如到码头去接他，让他在党的秘密机关长春旅社稍事休息后，住到日租界的一家饭店里。〔6〕周恩来一到天津，立刻开始紧张的工作：听取省委几个领导人的汇报，参加区委和支部的会议，接见各地党组织负责人，广泛听取他们的意见。他还到唐山，分别召集负责同志会、矿山同志会、铁路同志会，做了许多深入的工作。
十二月十八日，顺直省委出版的油印党刊《出路》第二期出版。在这期刊物上，发表了《中央致顺直省委的信》和周恩来的《改造顺直党的过程中的几个问题的回答》。
在《改造顺直党的过程中的几个问题的回答》这篇文章中，周恩来本着“从积极工作的出路上解决过去一切纠纷”〔7〕的精神，着重指出：顺直党内固然存在着不少问题，但那是在一定历史条件下造成的，只要多做工作，完全可以改变过来。要是认为顺直党的基础全都要不得，“自然很容易走到你攻击我、我攻击你、互不信任、互相猜疑、谁都不服谁、谁也不切实去做群众工作的地步”。“正确的办法是要在现在还存在的旧基础上，深入群众，积极工作，发展斗争，吸收新同志来继续不断的改造顺直的党，逐渐的产生新的斗争。”他认为，只要党内的无产阶级意识加强了，工作向前发展了，工作紧张起来了，原来的落伍分子大多数也会随着转变过来。同时，他也劝说对新成立的省委不满意的一部分顺直党内同志：“七月后的省委有错是事实；但有错假使能改，不一定便须停止职权。七月后的省委错在没有向群众中去做工作，做事办法有命令主义的精神，这种错误是能改的。”
针对顺直党内存在的一些错误思想情绪，周恩来在这篇文章中还采取循循善诱的态度，很有说服力地剖析极端民主化与民主集中制的区别、命令主义与说服群众的区别、惩办主义与铁的纪律的区别。
由于周恩来在深入调查研究、弄清实际情况的基础上，坚持从思想教育入手，开展切合实际而又充分说理的批评，引导党员以向前看的精神从积极工作的过程中去求得纠纷的解决，这样做果然收到预期的效果。周恩来在十二月十七日给中共中央的信中讲到：经过工作，“大多数接受中央恢复省委职权、扩大省委、改组常委的办法，并一致认为必须积极到群众中工作，从参加和领导群众斗争做起，才能建立起党的无产阶级基础，才能逐渐肃清小资产阶级意识，才是解决党内纠纷的正确出路”。〔8〕原来像一团乱麻那样的问题，终于理出了头绪。顺直党内的思想逐渐接近，并趋于统一了。
十二月底，在天津张庄大桥附近租了两排平房，秘密召开北方党的代表会议。会上，由周恩来作政治报告，主要是传达六大的精神。他说，这次会总的方针是贯彻六大决议，争取群众，发动斗争，准备迎接新的革命高潮。陈潭秋、刘少奇也分别作了报告。一九二九年一月十日左右，宣布新的顺直省委名单。周恩来回到上海后，一月十五日在政治局会议上报告说：“这次去后，大家接受了中央意见。”“这次仅是作了一个初步的教育。大家都以为不能闹了。一般同志现有一个兴奋。能否找到出路，要看他们按照决议去工作。”
在天津时，周恩来还秘密地去看望了他的老校长张伯苓。
对周恩来这次去顺直的工作，党的六届二中全会作了这样的评价：“在顺直党的历史上，已经酝酿着很复杂的纠纷，到了六次大会的前后更广大的爆发起来，使顺直党成为破碎零离的现象。中央经过极大的努力，派人巡视召集几次顺直的会议，特别与这一错误的倾向奋斗，最后得到了顺直全党的拥护，才把顺直的党挽救过来。”“现在的顺直党，已经较以前为进步”，“党的生活向着发展工作的路线上前进”。〔10〕
当周恩来正去处理顺直问题的时候，党内又发生了另一个重大事件——江苏省委问题。
江苏省委的工作，那时在全国各省中处于特别重要的地位，在它的工作范围内，包括中国的经济中心上海、国民党统治的政治中心南京，还有无锡、南通等工业城市。上海没有设立市委，是由江苏省委兼的。全国产业工人的人数，江苏超过三分之一。无论党员的人数，还是党的指导机关的健全程度，江苏在国民党统治区内都居于第一位。中共中央的机关也设在上海。
周恩来去顺直的那段时间内，中央和江苏省委在工作中发生一些争执。一九二九年一月三日，向忠发、李立三在政治局会议上提出建议，由中央兼江苏省委。他们的理由，一是中央可以得到在江苏工作的实际经验，使对全国工作的指导能更切合实际；二是可以从原江苏省委中抽出一批干部去加强上海各区区委。会上虽有不同意见，政治局仍然作出决定，但还没有通知江苏省委。
一月中旬，周恩来从北方回到上海。他一回来，听到这个消息，立刻觉得这个决定是不正确的，去找向忠发和李立三，向他们说：“我觉得这个问题要严重的考虑，我是不同意的。”〔11〕建议召开政治局会议重新讨论。在一月十三日举行的政治局会议上，他指出这样做会产生四个问题：一、妨碍中央的政治指导；二、中央深入群众，不是每一个斗争都要去指导，这样反得不出中心，反不能提纲挈领；三、兼省委会妨碍中央的本身工作，事实上过去对各省工作的指导已经不很深入，同时常委完全不注意中央本身的事务工作也是不可能的；四、秘密工作问题，这是一个很严重的问题，如中央发生问题，影响中国革命是非常大的。会上决定由向忠发、李立三、周恩来、项英组成特别委员会，讨论后再向政治局提出意见。经过周恩来的说服，原来坚持合并的向忠发、李立三都放弃自己的主张，接受了他的意见。这件事也反映出：当政治局内部有不同意见时，周恩来能够起主要的决策作用。
但政治局原来的决定已从小道传到了江苏省委那边。他们认为这是中央对江苏省委不信任，反应十分强烈，也采取了不正确的做法。正当特别委员会开会重新研究的时候，政治局收到团中央的书面报告说：江苏省委已召开区委书记联席会议和各区会议，表示无论中央怎样决定，省委将一概拒绝；并到部分省来上海联系工作的代表那里进行违反纪律的活动。这一来，事态就发展得十分严重了。
周恩来根本不同意中央兼江苏省委，但他同样反对江苏省委的做法，认为这是破坏党的组织原则的，只会造成党组织的涣散和分裂，在严酷的秘密环境中甚至会直接危及党的生存。十四日，政治局召开紧急会议。这次会议，一方面正式通过中央不兼省委的决定，另一方面也严厉批评了江苏省委。周恩来在会上指出：江苏不过是各地问题的积聚和反映，促成这次问题的大爆发，中央要有坚决的态度。他说：“这个问题，可以说是一个教育全党的机会。”〔12〕十六日，向忠发、周恩来、项英出席江苏省委的会议，作了报告，耐心地回答他们提出的问题。周恩来、项英又找江苏省委负责人谈话，指出他们的做法是违反组织原则的。经过耐心的教育，江苏省委在一月十九日召开省委临时会议通过决议案，承认错误。二十四日，政治局决定改组江苏省委，由工人出身的政治局候补委员罗登贤担任书记，政治局候补委员彭湃参加省委工作，委员还有李维汉、徐锡根、康生三人。第二天，周恩来向江苏省委七个负责人宣布了中央的决定，并作了详细的说明。他们表示接受，并谈了从这次事件中得出的教训。一场轩然大波，由于采取坚决的态度和教育说服的做法，终于得到比较顺利的解决，并使全党受到了教育。
顺直省委和江苏省委纠纷的解决，初步扭转了党内存在的严重涣散和无纪律状态，使党的工作走上了较能正常运转的轨道。接着，周恩来便以更多的精力来指导各地恢复并发展党的秘密工作。
当时，各地党的机关屡遭破坏是一个十分严重的问题。一年多来全国的省委机关没有一个不曾被破获过，有的甚至已几遭破坏，干部牺牲的不计其数，自首叛变的事到处都有。在城市中，情况更为严重。以原来基础较好的湖北来说，在一九二八年连续三次的摧毁性大破坏后，全省城市十分之九已没有党的组织，工人党员下降到不足五十人，许多地方没有支部组织。反动统治者甚至宁可错杀一千，不愿错放一个。在如此严酷的环境中，怎样才能使党组织留下的这点种子得以保存下来，并重新生根发芽、茁壮成长？这是放在党的组织工作面前异常尖锐的问题。一九二八年十月，周恩来为中共中央主持起草了《关于湖北组织问题决议案》，要求首先在武汉三镇等地“一方面很慎重的用旧有的线索，一方面很耐苦的找新的线索”。〔13〕并根据一年多来各地的血的教训，提出了党的机关要“职业化”和“社会化”的重要原则，规定秘密党工作的六个必需条件：
“一、要深入群众，必须找当地的在业工作人员。二、机关要少而密，要职业化与社会化。三、开会人数要少，时间减短，开会时尽量的余留一部分人在外。四、指导机关集体分工，同时要每个负责人能够了解全部情形，能够解答各种问题，注意养成各级党部能够独立解决问题的能力。五、全省交通网要有严密的布置与几个交通路线要避免互相知道。六、技术工作人员要尽可能的减少，技术工作在省委要分散到各区办事处，无必要的与纯技术的接头减少，一切技术事件尽量的秘密。”〔13〕
由于党的机关一再遭受破坏，各省纷纷要求中央派人前去恢复。这种心情是可以理解的，但单纯由上面派人去恢复组织的做法收到的效果并不好：往往工作还没有开展起来，机关先立，集聚了一批没有职业、没有社会关系的人在机关周围。这种架空的组织，极易为敌人发现，再遭破坏，而且助长了依赖机关、忽视下层群众工作的错误观念。
周恩来冷静地看清了问题所在，他在一九二九年三月二日的政治局会议上作了组织工作的报告。说：“目前党的组织问题需要更进一步的计划以深入群众。组织上不深入群众，政治上的争取群众就无法作到。”他提出，在深入群众这个目前组织上的中心口号之下，要注意的原则是：一、党目前的组织工作要将工作建立在每个党员身上，不是建立在一些空的机关上面。二、推动每个党员深入到社会中去利用各种机会，肃清各种脱离社会的现象。三、任何一个组织问题都要抓住中心，集中力量来建立一些基础的工作。“根本问题便是：深入群众的组织任务不是党员环绕在党的机关周围所可解决，而是要分散到产业工人群众中去才有办法。因此，党的机关主义必须打倒，头重足轻的办法必须改变。”〔14〕七日，他在政治局会议的发言中又说：“机关主义”使下面的基础一天天削弱，上面工作反一天天加多，这样必要使党走到崩溃的地步。这些流落的党员不到群众中去是无法解决职业化的原则。即观念问题也只有到群众中去才找得到正确出路。他又声明：我是说机关主义不对，不是主张取消机关。他所说的，的确是当时党的组织工作上一个中心问题。
二十五日，周恩来在为中共中央起草的给顺直省委并汪铭的指示信中对党的秘密工作又作出新的规定：
“各级党部的设立，必须其所管辖区域的下层组织已经建立起来，工作已有开展，然后才能由此种下层组织成立上层组织。嗣后凡是下层组织没有工作，或是破坏之后，主要的路线应是领导同志走入工厂农村社会中，寻找职业，深入群众，以恢复和建立党的组织。党的组织必须在此种基础上才能谈到恢复和建立。”〔15〕
根据这个原则，周恩来在信中明确指出：山西省委便是目前最不必要的组织。如果强行组织起来，必定成为一个空架子的机关。应该先着手于地方工作的恢复和建立，山西工作改归顺直省委兼管。“目前第一步工作，便应先在这些地方寻找有社会关系的同志，建立党的基础。”〔15〕
在各级党组织转入秘密工作轨道后，少数地方又出现了退缩不敢露面的错误倾向。拿山东来说，在省委几次被破获后，不少党员离开工作，将“职业化”的口号变成躲避的借口；沂水斗争失败后，又有“停止发展、关门训练”的主张。周恩来敏锐地察觉了这种新的动向。五月十一日，他所起草的中共中央给山东省委的指示信中坚决指出：“这些显明的取消观念，省委必须以坚决的态度、艰难耐苦的工作精神与他们斗争。否则，山东党再经几次白色恐怖，便会退缩躲避到更加涣散的地步。”〔16〕
怎样才是既“保持党的极端秘密”，又能“积极工作”？主要环节便是要“深入群众”。周恩来在这封指示信内强调：党应该设法从各方面接近工农群众，实际考察他们的生活痛苦和要求何在，艰苦耐心地去做发动和领导群众日常斗争的工作。为了深入群众，需要利用合法半合法的形式，争取公开活动的机会，但这只是限于群众的组织，党的组织在目前环境中更要极端的秘密。
对其他地方的秘密革命工作，周恩来也给予具体指导。二月五日，他为中共中央起草的《给满洲省委的信》中，要求省委“有计划地忍耐地去建立基础工作，千万不要因（抚顺铁厂工人）这一斗争的发展，便急切不顾一切地作孤注的一掷。”〔17〕四月二十五日，他起草的给顺直省委的指示信中说：“反帝运动在全国尤其在顺直都居于很重要的地位”，南京政府既然出卖山东，又公开禁止爱国运动，我们便必须“引导群众的反日情绪使之继长增高，以联系到反国民党运动”。〔18〕他还要求北方的农村工作应从反苛捐杂税、土豪劣绅着手，深入到土地革命阶段。
那时，中央组织部的机关秘密设在上海静安寺附近。周恩来每天清晨或深夜都要到那里去，阅读各地送来的报告，听取汇报，解决问题。处理问题时，他总是力求细致周详地弄清实际情况，从不粗枝大叶。组织部机关的工作是十分繁重的。各地被打散或失去组织关系的同志大多到上海来找党中央。从国外归国的干部，通常也先到上海向党中央报到。这些干部分配工作后，特别是派到外地去工作时，只要有可能，周恩来总是亲自找他们谈话。从政治形势、党的组织状况、秘密工作与公开工作的关系、秘密工作的方式方法，直到具体工作怎样开展等，都谈得很详细，很透彻。他经常叮嘱组织部工作的同志：“干部是革命之本。没有革命干部，就没有革命的事业，就没有革命的胜利。关心、爱护、教育干部，就是对革命事业的关心爱护，是取得革命最后胜利的保证。”〔19〕各地来上海向中央报告工作的干部要求见他的，他尽可能满足他们的要求，详细地听取他们的汇报，提出一些关键性的问题来询问，对各地的工作进行具体指导。因此，在中央领导成员中，他的工作是最忙碌的，对各地实际情况的了解和对干部的熟悉也是最多的。
为了提高各地干部的思想水平和工作能力，一九二九年中，他还决定在上海举办了几期秘密的干部训练班。每期一二十人，时间不超过一个月，大概办了二三期，至多四期。
经过一年多艰苦而扎实的工作，各地的党组织虽然处境仍很艰难，也有过一些失误，但总的说来仍有不小的进步。一九二九年六月召开的中共六届二中全会，回顾一年来的历程，肯定了这个时期取得的进步：“一方面把党从削弱涣散的现象中挽救出来，得到重新巩固与一致的精神，另一方面在工作上也表现着党的进步，党与群众的关系，党在群众中的政治影响与领导斗争的力量，都开始了新的进展。”〔20〕全国的党员人数，在六大时是四万多人，六届二中全会时已增加到六万九千多人，到周恩来再次出国时的一九三○年三月更发展到十万人，已超过了大革命高潮时的全国党员总数。这种进展，是党遭受严重挫败以后、又处在极端恶劣的环境中取得的，它的艰难和可贵就更不言自明了。
除国民党统治区域的秘密革命工作外，各地工农红军和农村革命根据地在全党工作中取得了越来越重要的地位。
六大前后，中国农村的革命游击战争正处在特别困难的时期。那时国民党各派军阀之间的内战尚未爆发，可以集中较多力量对工农红军进行“清剿”。一九二八年五月，实力较强、条件较好的广东海陆丰苏维埃政权和工农红军在优势敌人的进攻下遭到失败。六月，陕西渭华起义中组成的西北工农革命军在三个师的敌军进攻下，也因力量悬殊而失败。同年夏，海南岛的人民革命军战斗接连失利，特委书记杨善集、司令员冯平等主要领导人先后牺牲。八月间，工农红军第四军在湘南遭到损失重大的“八月失败”。十一月起，敌人的第三次“会剿”临到井冈山时，红军中一部分人又提出了“红旗到底打得多久”的疑问。从红军的发展来说，这时处在一个异常艰难的低沉时刻。
在这种情况下，六大强调了建立工农红军的重要性，认为在农村中“游击战争将成为主要斗争的方式”〔21〕，肯定了中国农村革命根据地和工农红军能够存在和发展。这是六大的重要贡献。但它的总的观念仍认为要以城市为中心方能长期存在，而对农村斗争和武装割据的作用估计不足，对农村游击战争的指导也有过失误。共产国际当时认为中国红军只能分散存在，如果集中，容易被敌人消灭，并且会妨害老百姓利益，要求高级干部离开红军，并且提出要调朱德、毛泽东去学习。中共中央后来就指示要求红四军实行分散，并要求朱德、毛泽东离开红军，到中共中央工作，这自然是不正确的。
这封指示信是周恩来一九二九年二月七日为中共中央起草的，通常被称为“中央二月来信”。当时红四军的处境确实相当艰危。在这以前不久，由于湘赣两省国民党军队以优势兵力发动第三次“会剿”，毛泽东、朱德、陈毅率领红四军主力在一月十四日离开井冈山，二十日在大庾又遭受失利，被强敌尾追，转战赣、粤边界。处在如此危险的环境，红军前委曾一度准备分散活动，但是分散可能被敌人各个击破，因此放弃了这个计议。〔22〕中共中央在六大结束后，几次派人给他们送信，一直没有得到回音，对红四军的状况缺乏具体了解，十分焦急。指示信便是在这种情况下写的。信写出后两天，红四军主力到达江西瑞金以北的大柏地。第二天，在大柏地诱歼追敌刘士毅旅大部。这一个大胜仗，扭转了红四军原来的被动局面。接着，又在吉安的东固地区同赣西特委领导的江西红军独立第二、第四团胜利会合，在这里站住了脚跟。四月三日，红四军前委才接到中央在两个月前发出的指示信。信中充满忧虑的语调，同红四军刚刚欢庆大捷的胜利场景更显得很不协调。五日，红四军前委给中央的报告中说：中央来信“对客观形势及主观力量的估量，都太悲观了”，〔23〕并表示不同意朱毛离开队伍。这时，由于客观形势的发展，中共中央的认识也在改变。四月四日（也就是红四军写报告的前一天），中央常委讨论红四军问题时，周恩来说：朱毛出来问题，原则上是如此，但现在实际情形要写得活一些。七日，中共中央发出经周恩来修改过的致毛泽东、朱德指示信。信中说：“军阀战争本身不是革命高潮”，“以为有军阀战争就一定表示着统治阶级将要很迅速的崩溃，这个观点是错误的”。红军目前的总任务是：扩大游击战争范围，发动农民武装斗争，深入土地革命。虽然当时还没有接到红四军前委四月五日的报告，信中已不坚持要朱毛离开红四军，只是说：“润之、玉阶两同志（指毛泽东、朱德——编者注）暂时离开那里，来中央报告与讨论，”“若一时还不能来，中央希望前委能派一得力同志前来与中央讨论问题。”〔24〕调朱毛出来的事，实际上就此作罢。
红军这种特别困难的局面没有持续太久，客观局势就发生了重大变化。以一九二九年三月蒋桂战争爆发为起点，国民党各派新军阀之间重新开始无休止的混战。许多原来“会剿”工农红军的反动军队纷纷被调往军阀内战的战场，后方空虚，这就给各地工农红军以较大的发展机会。
周恩来对各地红军和苏区的工作一直很重视。六大后中央设立军事部，以杨殷为部长，周恩来作为政治局常委分管这项工作。第二年八月二十四日杨殷被捕后，二十七日周恩来又兼任军事部长。那时各苏区送来的文件都是用药水书写的。周恩来要求中央秘书处：接到苏区送来的文件要首先办，抄好后立即送交中央。这些文件，他总是第一个看，大多也是由他提出在中央讨论的，因为有些领导人当时并不重视这个工作。
在全国红军中，最重要的是毛泽东、朱德、陈毅率领的工农红军第四军。红四军领导内部在建军思想和建军原则上曾有过分歧。毛泽东和朱德对一些问题的看法也不尽一致。五月间，刚从苏联归来的刘安恭到红四军担任临时军委书记兼政治部主任后，党和军队的关系问题的争论发展得十分严重。六月八日在闽西长汀的白沙举行前委扩大会议，决定撤销临时军委，但争论并没有结束，有些方面反而更趋激烈。六月二十二日，在福建龙岩召开红四军第七次代表大会，争论的问题没有得到正确的解决。毛泽东离开红四军主要领导岗位，留在闽西养病并指导地方工作，没有随军行动。红四军面临着前所未有的严重危机。
中共中央对红四军的发展一直十分关心，但由于通信极端困难，对红四军的情况很难得到及时而具体的了解。六月十二日，中央政治局会议讨论了朱、毛四月五日的来信。周恩来在发言中谈到：中央二月七日的信中所谈的分散问题是有些毛病。他说：目前的形势，全国的混战期是延长的，这于红军的发展有很大的便利，常委已通过召集一个军事会议，现在很需要朱、毛处来一个得力的人。对其他处红军，军事会议也应详加讨论。
不久，中共中央收到福建省委派秘密交通送来的红军七大决议案和毛泽东、刘安恭等的信件。八月十三日，中央政治局召开会议进行讨论，认为这个决议案“有些是正确的，有些是不正确的”；刘安恭的信将毛泽东、朱德分成两派，许多是不符合事实的，在故意制造派别。会议决定，由周恩来起草一封致红四军前委的信，要他们努力与敌人斗争，军委可暂不设立，军事指挥由军长、党代表管理，调刘安恭回中央。八月二十一日，中共中央发出由周恩来起草的给红四军前委的指示信，指出“红军不仅是战斗的组织，而且更具有宣传和政治的作用”，红军“必须采取比较集权制”，党的书记多负责任“绝对不是家长制”，事事“要拿到支部去讨论去解决——这是极端民主化的主张”。信中批评红四军七大侧重于解决内部纠纷是不正确的，“前委同志号召‘大家努力来争论’”和“刘安恭同志企图引起红军党内的派别斗争”是错误的。
八月下旬，陈毅代表红四军来到上海，向中共中央报告工作。中共中央政治局在二十九日举行一次临时会议，专门听取陈毅的报告，并决定组织以李立三、周恩来、陈毅三人组成的委员会，由周恩来召集负责起草对红四军工作的指示文件。
周恩来对红四军第七次代表大会和前委扩大会在处置红四军领导内部分歧问题时的缺点提出了四点批评：第一，红军是生长于敌人肉搏中的，它的精神主要的应是对付敌人，前委没有引导群众对外斗争，自己不提办法，而将问题交下级讨论，客观上有放任内部斗争、关门闹纠纷的精神；第二，没有从政治上指出正确路线，使同志们得到一个政治领导来判别谁是谁非，只是在组织上来回答一些个人问题；第三，这次扩大会议、代表大会的办法，是削弱了前委的权力，客观上助长了极端民主化的发展；第四，对朱、毛问题没有顾及他们在政治上责任的重要，公开摆到群众中，没有指导地任意批评，而一般同志的批评大半又是一些唯心的推测，这样不但不能解决纠纷，而且只有使纠纷加重。并且指出：朱、毛两人仍留前委工作，毛泽东应仍任前委书记，并须使红四军全体同志了解并接受。
陈毅以中央八月二十一日给红四军前委的指示信为基础，并按照周恩来多次谈话的精神，代中央起草了一封指示信，经周恩来审定后，带回红四军。周恩来又嘱咐：回去后，要请毛泽东复职，并召开一次党的会议，统一思想，分清是非，作出决议，维护毛泽东和朱德的领导。这便是九月二十八日的《中共中央给红军第四军前委的指示信》。
这封信一开始分析了当时的政治形势，指出导致军阀混战的各种矛盾是无法克服的，因此军阀混战必将继续发展。红军存在于这种形势下和土地革命向前发展的过程中，加上中国地域辽阔的条件，必将能坚持和发展。并由此作出一个对中国革命运动有重大意义的论断：“先有农村红军，后有城市政权，这是中国革命的特征，这是中国经济基础的产物。如有人怀疑红军的存在，他就是不懂得中国革命的实际，就是一种取消观念。”〔25〕对红军和根据地的这种认识，比起六大时，显然已前进了一大步。
指示信对红军的任务作了明确的规定：“目前红军的基本任务主要的有以下几项：一、发动群众斗争，实行土地革命，建立苏维埃政权；二、实行游击战争，武装农民，并扩大本身组织；三、扩大游击区域及政治影响于全国。红军不能实现上面三个任务，则与普通军队无异。”它指出：“红军一切行动务要避免单纯的军事行动，要与群众斗争取得密切联系。”“有了广大群众在红军的周围，红军的一切困难及本身发展便将较顺利地得到解决。”
指示信提出了在红军中“纠正一切不正确的倾向”的任务。它指出：红军的来源只有收纳广大的破产农民，他们中自然会有“极浓厚的非无产阶级意识表现”。“这些观念不肃清，于红军前途有极大危险。前委应坚决以斗争的态度来肃清之。”
指示信还强调了加强党对红军领导的问题。它写道：“党的一切权力集中于前委指导机关，这是正确的，绝不能动摇。不能机械地引用‘家长制’这个名词来削弱指导机关的权力，来作极端民主化的掩护。”〔25〕
中共中央这封指示信在十月二十日由陈毅送达红四军前委。十一月二十六日，毛泽东回到前委。二十八日，毛泽东报告中共中央：“我病已好，遵照中央指示，在前委工作。”“四军党内的团结，在中央正确指导之下完全不成问题。”〔26〕前委根据中央九月来信的精神，决定召开红四军第九次党的代表大会，集中解决红军的建军原则问题。十二月底，这次代表大会在福建上杭东北的古田召开。毛泽东为大会起草的决议案中，一开始便指出：“大会根据中央九月来信的精神，指出四军党内各种非无产阶级思想的表现、来源及其纠正的方法，号召同志们起来彻底地加以肃清。”〔27〕这次大会还选举产生了新的红四军前委，毛泽东为书记，朱德、陈毅等十一人为委员。红四军不仅胜利地渡过了危机，并且进一步解决了以农民为主要成份的军队如何建成无产阶级的新型人民军队这个至关重要的问题，从而在新的基础上大踏步地向前发展。这在中国人民军队的建军史上，是一个重要的里程碑。在这个过程中，周恩来主持起草的中央九月来信，对统一红四军党内的思想、开好古田会议所起的作用，是十分巨大的。
当时各路红军和各根据地正处于隔绝的状态。红四军在斗争中创造的丰富经验，很难为其他红军和根据地知道。一九三○年一月十五日，在周恩来主持下，中央军委主办的《军事通讯》创刊，刊登了陈毅的《关于红四军历史及其情况的报告》。编者在按语中指出：“这是很值得我们宝贵的一个报告。朱毛红军这个‘怪物’，在我们看了这个报告以后，都可了然”，“是在中国别开生面”。〔28〕要求各地红军、各地方党组织学习红四军的经验。二月一日，周恩来起草的中央给广东省委的指示信中又说：毛泽东的复职，四军的中心的政治领导已确立，“稍可使中央放心”，〔29〕要求广东省委派干部支援他们。
贺龙、周逸群领导的湘鄂西苏区是红军的另一个重要根据地。一九二九年三月十七日，周恩来为中央起草了给贺龙和湘鄂西前委的指示信。信中强调在农村中发动群众、开展游击战争、深入土地革命、建立农村苏维埃的重要性。并且指出：虽然军阀战争的政局可以给你们一个很好的发展机会，但你们的实力还很微弱，湘鄂西一带党和群众的组织也还缺乏基础，“此时欲图大大的发展，亦尚困难。你们来信说，红军拟向下游发展，将来以湘西之常德或鄂西（之宜昌）为目的地，这种计划还太于扩大而不切实。目前所应注意者，还不是什么占领大的城市，而是在乡村中发动群众，深入土地革命。故你们此时主要的任务，还在游击区域之扩大，群众发动之广大，决不应超越了主观的力量（主要的还是群众的力量，不应只看见武装的力量），而立刻企图占领中心工商业的城市”。〔30〕这种认识，比六大时也有了发展。关于游击战争的发展区域，指示信说：因为我们对湘鄂西的实际情况尚不十分明了，不能具体地答复。从原则上讲，一般有几个条件：一是农村阶级矛盾与斗争更激烈的地方，二是党与群众的组织有相当基础的地方，三是给养丰富、地势险峻的地方。“不过这些条件很难具备，你们可斟酌实际环境，取这些条件最多者而选择之。”信中向他们介绍：“在朱毛军队中，党的组织是以连为单位，每连建立一个支部。”〔30〕六月十五日，中央给贺龙并前委的信，又介绍了朱毛红军提出的包括“敌进我退，敌驻我扰，敌疲我打，敌退我追”的“十六字诀”在内的游击战争指导原则，指出：“这些经验很可以作你们的参考。”〔31〕九月间，中央决定在洪湖地区成立红六军，并派了孙一中、许光达前往工作。一九三○年春节，红六军成立，孙一中任军长，周逸群兼政治委员，许光达为参谋长。六月间，这支部队就同贺龙直接率领的部队在洪湖地区会师，合编为红二军团，由贺龙任总指挥、周逸群任政治委员。以后的红二方面军便是由红二军团和湘赣边的红六军团会合而成的。
鄂豫皖地区的红军游击队，在这个时期也发展得很快。他们最初分为三块：一块是在黄安、麻城起义基础上形成的鄂豫边根据地，一块是在商城南部起义基础上形成的豫东南根据地，一块是在六安霍山起义基础上形成的皖西根据地。一九二九年五月底，中央军委派徐向前等到鄂豫边，负责这个地区的军事指挥工作。一九三○年一月，中央巡视员郭述申在鄂豫边和豫东南地区巡视后，回到上海向中央汇报。一天，一个穿着长袍大褂的人到他住处来找他，说：“这个地方环境不好，不便于谈话。”两人就到街上边走边谈。郭述申作了详细的汇报。那人听完后说：“我要向中央汇报。”大约是二月底，通知郭述申、许继慎、熊受暄到法租界一个地方去开会。那个穿长袍的人又来了。他说：“我是周恩来。”四个人围坐在一张桌旁，装成打麻将的样子。周恩来说：我已将鄂豫边的情况报告了中央。中央认为那些地方党内的地方主义、农民意识对党的团结是有影响的。为了克服边区党组织领导和红军指挥的不统一，中央决定成立鄂豫皖边特委，由郭述申任书记；成立红一军军部，许继慎为军长，曹大骏为政治委员，熊受暄为政治部主任。周恩来指出：这个地区是鄂豫皖三省交界地区，战略地位很重要，要建立起巩固的革命根据地〔32〕。三月间，鄂豫皖边特委和红一军军部正式成立。它便是以后的鄂豫皖中央局和红四方面军的前身。
可以清楚地看到：以后中国工农红军的三大主力——一方面军、二方面军和四方面军，在这个时期都已初具雏形。这些也同周恩来主持下的中共中央军委的指导和支持很难分开。
与此同时，中共中央对农村革命根据地的建设也越来越重视。中共六届二中全会的政治问题报告在批判托派的错误时，对农村革命根据地在中国革命中的特殊重要地位说了一段很有分量的话：“他（指托派——编者注）以为中国像西欧各国一样，大城市的经济力量可以统治全国，所以大城市暴动成功以后可以影响小城市及乡村；而在中国，则找不到一个大城市的经济力量能统治全国的。中国可以划分为许多小国，他们的经济力量都可以独立的。所以中国革命要胜利，必须要有红军，必须要有广大的苏维埃区域的帮助。”〔33〕显然，在实际斗争的摸索中，他们对中国的国情有了进一步的认识。这个时期中共中央对苏维埃政权建设和农村经济等问题的指导，是比较切合实际情况的，没有多少后来那种“左”的倾向。到一九三○年初，南中国几个大的农村革命根据地已有几万、几十万农民群众团结在中国共产党周围。二月四日，周恩来起草《中央通告第六十八号》，宣布准备召集全国苏维埃区域代表大会。《通告》列举苏维埃区域面对的各项任务后，提出：“这一大会要使这些任务都能有具体的规定，有实际策略的讨论。”〔34〕
为了以人力物力支援红军和苏区，周恩来也做了大量工作。其中最重要的是军队工作干部的输送。红军的主要成员来自原是小生产者的比较散漫的农民群众。因此，补充具有军事工作经验的指挥人员，是一个迫切需要解决的问题。当时中共中央曾规定：凡是从莫斯科回来的，从黄埔、保定等军校出身的以及其他军事干部，统由周恩来分配工作。这些军事干部，大部分由周恩来派往各个苏区。他还向苏区派遣不少军队政治工作干部。一九二九年夏天，周恩来又在上海主持举办了军事训练班。孙一中、许光达就是从这个训练班结业后被派往洪湖苏区工作的。与派遣干部同时，周恩来在物资支援方面也做了许多工作。党组织在苏区周围各县建立一批文具店、百货店、药店、布店和电器、机械等店铺，用来向苏区输送物资，并作为交通联络点。在他积极筹划下，建立了中共中央同各地红军、苏区之间的交通联系。
对国民党军队内的党的工作，周恩来也十分重视。一九二九年三月底，他为中央主持起草了《关于军阀战争中的士兵运动给各省委的指示信》。信中说：“在目前党的总的政治路线‘夺取群众’之下，士兵运动，当然不能离开这个原则。我们必须根据这个原则，去做夺取广大士兵群众的工作。”〔2〕一九三○年初，他曾组织李卓然等在上海秘密组办“兵运训练班”，训练投诚或被俘后转向革命的原国民党军官兵，结业后回国民党军队去进行兵运工作。在中国旧式的雇佣军队中，军官有着很大的作用。当时对这方面重视不够，但还是做了一些工作。如曾在莫斯科中山大学学习的西北军高级军官张克侠，回国后于一九二九年七月在上海经张存实、李翔梧介绍加入了中国共产党。以后，他遵照党的指示重返西北军，先后担任过二十九军副参谋长、五十九军参谋长、第三十二集团军参谋长和副总司令。解放战争时期，他担任第三绥靖区副司令长官，淮海战役开始时同何基沣在前线率部起义，建立了巨大的功勋。
经过一年多的奋斗，红军战胜了初期的严重困难，取得了显著的发展，并在周恩来主持下建立了统一的序列。到一九三○年三月，红军已有第一军至第十三军共十三个军，六万二千七百三十人，二万八千九百八十二支枪，建立了湘赣、赣南、闽西、湘鄂赣、闽浙赣、洪湖及湘鄂西、鄂豫皖、左右江等大小十五个农村革命根据地。党所领导的革命游击战争扩展到了十二个省、几百个县。
当时，中共中央在敌人严密控制下的上海工作。敌人一直竭力利用各种特务手段，包括叛徒的告密，穷凶极恶地搜索并破坏党的各级机关。在大革命失败后的三年内，党的许多重要领导人如陈延年、赵世炎、罗亦农、彭湃、杨殷等先后被捕牺牲。中国共产党人的鲜血染红了祖国的大地。如何在严重的白色恐怖下保证中共中央的安全，是放在党的面前的一个极其严峻的任务。一九二八年十一月十四日中央常委会议，决定成立由向忠发、周恩来、顾顺章组成的特别委员会，负责这一工作。为着这个目的，周恩来以不少心血来领导中央特科，从各方面加强了党的保卫工作。
中共中央的机关当时一般设在上海的沪中区，江苏省委的机关一般在闸北、虹口一带，少共中央机关在法南区（指法租界和南市地区）。地处上海闹市中心的云南路四四七号（天蟾舞台隔壁）“生黎医院”楼上，由周恩来在一九二八年十一月间安排熊瑾玎、朱端绶夫妇以湖南土布土纱商人的名义租住，门上挂着“福兴字庄”的牌子，作为中央政治局开会和办公的地方。从一九二八年十一月到一九三一年四月，中央政治局会议差不多都在这里召开。离这里不远的浙江中路一一二号二楼，是中央军委的联络地点。周恩来曾在这里同顺直、云南、浙江等省委领导人谈过工作。戈登路善庆里的一座小楼和一一四一弄的一个地方，是中央同志看文件和起草文件的所在。威海卫路的达生医院是党的一所掩护机关，由贺诚、柯麟以医生身分开设。周恩来、李立三、邓小平等曾多次来这里开会。中共中央各机关的工作人员约二百人，各机关间禁止往来。中央设直属支部，支部书记由当时担任中共中央妇委书记的邓颖超兼任。
一九二九年八月下旬，不幸的事件发生：中共中央政治局委员、中央农委书记兼江苏省委军委书记彭湃，中共中央政治局候补委员、中央军事部长杨殷等，因叛徒告密被捕牺牲。这是一个严重的信号。为了保证中共中央的安全，九月十日，周恩来立刻在政治局会议上提出改变目前中央政治局的工作方式，建议每周开会一次，变更开会时间，专门讨论政治问题，开会时政治局委员不必全到，常委五人也要有一人保留在外。十四日，他满怀悲愤地写下了《彭杨颜邢四同志被敌人捕杀经过》一文，号召革命人民“踏着死难烈士的血迹，一直向前努力，一直向前斗争！”〔35〕
准确而及时地掌握敌人活动情报，对保证党的机关的安全和正确开展各项斗争，有着极为重要的意义。这个工作是在周恩来直接领导下，由陈赓等负责。他们通过各种社会关系，打入国民党的党政军警宪特机关，及时了解国民党特务机关对共产党秘密机关准备进行破坏的各种动向，尽力营救被反动当局逮捕的共产党人。周恩来经常强调对这方面建立的关系，要广为选择，大胆使用，各尽其才，在工作中考验。一九二八年春建立的第一个反间谍关系杨登瀛（鲍君甫），是陈立夫的亲信、国民党中央的驻沪特派员。他提供的大量情报，对防止党的机关被破坏、营救战友和清除内奸起了重要的作用。一九二九年末，又派遣李克农、钱壮飞、胡底打入国民党的高级特务机关，钱壮飞还担任了国民党中央组织部党务调查科主任徐恩曾的机要秘书，对保卫党中央做出了重大贡献。
在周恩来领导下，还建立起地下的无线电台。一九二八年十月，由张沈川、李强负责，在沪西极司非而路（今梵皇渡路）福康里九号租了一幢三层楼房，安装发报机。经过一年的努力，到一九二九年十月试制成第一套收发报机，培训出第一批报务员，在上海建立了党的第一个秘密无线电台。它的第一本密码，是周恩来亲自编制的。十二月，又在香港设立了第二个秘密无线电台。一九三○年一月，沪港开始通讯。中共中央同广西左右江苏区的往来电报，都是由港台转发的。以后到了这年十月，在苏联学成的一批无线电台工作者相继归国，同在上海培训的报务人员一起，先后被派往中央苏区、鄂豫皖苏区和湘鄂西苏区。一九三一年九月，中央苏区同上海党中央开始直接通报。在天津，也设立了分台。这些电台，保证了中共中央同共产国际之间的通讯往来，也加强了中央对各苏区工作的指导，并使红军能及时了解敌情，发挥了重要的作用。
在这个时期内，由于政治环境的极端险恶，由于大革命失败后党所遭受的暂时挫折，党内一部分不坚定分子从对革命前途悲观失望进而走上右倾取消主义的道路。他们宣扬：中国革命失败了，“资产阶级得了胜利，在政治上对各阶级取得了优越地位，取得了帝国主义的让步与帮助”。〔36〕认为中国资产阶级民主革命已经完结，中国社会已是所谓资本主义占优势并将得到和平发展的社会，中国无产阶级应该待到将来再去进行“社会主义革命”，在现阶段只能进行以“国民会议”为中心口号的合法运动。他们反对中国共产党领导进行的各种革命斗争，把红军运动污蔑为所谓“流寇运动”。如果照他们的这些主张去做，中国革命就会被全部葬送。他们中许多人原是中国共产党早期的领导人或重要干部，如陈独秀、彭述之、郑超麟、尹宽、汪泽楷、马玉夫、蔡振德等，这时仍保留着共产党员的身分，有的还担负着地方上的领导职务，在党内有一定的影响。更严重的是，他们在党内组织秘密的小派别，散播秘密刊物和小册子，制造思想混乱和纠纷，并同国际上的托洛茨基反对派连结在一起，进行分裂党的活动。一九二八年秋和一九二九年，中国留俄学生中的托派分子先后被遣送回国，在上海、北平、香港等地建立各种名目的托派小团体。
一九二九年下半年，这种活动已发展到十分严重的地步，对处于秘密状态下的党的生存和发展构成了直接的威胁。
周恩来对这个问题十分重视。他在一九二九年六月十五日政治局会议第一次讨论反对派问题时就说：反对派有计划地打入党内来，是非常严重的。他们主要是找对党不满的和被党开除的分子。凡理论上一知半解而又不懂实情的人，是易于走到反对派那边去的。有些同志总是以怀疑态度来讨论理论问题的，也很容易受到他们的影响。八月十三日，中共中央发出周恩来起草的关于中国党内反对派问题的第四十四号通告。通告阐明了同反对派在思想上理论上的原则分歧后，指出：“现时中国党内反对派同样也在党内形成小组织的活动，这是破坏中国党的统一之最（此处漏一‘危’字——编者注）险的企图，是布尔什维克党所绝不容许的。故中国党除掉从思想上与反对派作坚决的斗争外，并要从组织上遵照共产国际的决议与无产阶级的最高原则，坚决地消灭反对派在党内的任何活动以巩固党的一致。”
十月初，周恩来在中共中央直属支部干事会上作了《托洛茨基反对派在中国发生的原因及其前途》的报告，严正指出：反对派这些活动的作用，我们自然不必夸大，但也不容丝毫忽视。他具体分析了反对派产生的原因，说：“在革命失败之后，必然有许多失败的情绪，引起许多争论的问题。俄国在一九○五年以后，德国在革命失败后，都有过这样的情形。中国大革命失败后，亦是如此。”“反对派在中国发生之主要原因，是中国大革命之失败与新的革命浪潮之复兴，存留在党内落后的小资产阶级‘同路者’形成了反对派发展的基础。”他又指出：当时党内生活不健全，有些同志甚至专以个人的小问题闹无原则纠纷，这些也都使反对派的活动有隙可乘。反对派的活动在组织上是秘密的，周恩来说：“惟其如此，就更应该将这一问题提到下层去，指导同志们讨论与坚决地肃清一切机会主义——反对派的活动。”
十月五日，中共中央政治局通过周恩来起草的《中央关于反对党内机会主义与托洛茨基主义反对派的决议》。《决议》对反对派的整个路线及其对党的严重危害作了系统的分析，作出决定：各级党部如发现这种小组织，必须马上解散；经讨论后，仍坚持取消主义思想、不服从党的策略、不服从决议的，应开除出党。
反对派首领陈独秀是中国共产党成立时和初期的主要领导人，在中国革命历史上是有过功劳的，因此，党曾尽力对他进行过帮助和挽救。向忠发、周恩来等都曾找他谈话。十月五日的《决议》还对他发出严肃的警告：“独秀同志必须立即服从中央的决议，接受中央的警告，在党的路线之下工作，停止一切反党的宣传与活动。”
但是，陈独秀和其他托派分子并不接受中央的警告，拒绝中央指派他们的工作，坚持错误，继续在党内进行反党宣传和非组织活动。这就迫使党不得不对他们采取组织制裁。十一月十五日，中央政治局通过由李立三起草、经周恩来修改的《关于开除陈独秀党籍并批准江苏省委开除彭述之、汪泽楷、马玉夫、蔡振德四人决议案》。接着，江苏省委又将郑超麟、尹宽等人开除出党。由于托陈取消派在中国并没有多少实际的社会基础，在被中国共产党揭露并清除出党后，他们的影响便迅速缩小，越来越不成气候了。
在反对托陈取消派的右倾宗派活动时，周恩来仍很注意反对“左”倾错误的斗争。十一月二十二日，他为中共中央起草致中共驻共产国际代表团的信中说：“党内右倾的危险却依然存在”，“但这并不是说‘左’倾便不危险了。现在城市工作中尚遇有脱离群众的盲动情绪，农村工作中尚有不合条件的暴动计划，甚至还有超乎条件的全省暴动计划，……这都是值得全党注意，须予以坚决之纠正与肃清的”。
延伸阅读
----毛泽东传（五）：在国民党内工作
六大后这一年多时间，对中国共产党来说，正处在一个严重的历史转折时刻。由于大革命的失败和“左”倾盲动主义的错误，党和革命遭受了严重的挫折。一些反动分子断言：共产党已经失败了。可是，中国共产党人并没有被吓倒，被杀绝。他们在极端艰难的环境中顽强奋斗，不仅战胜了党内一度存在的削弱涣散现象，度过了大革命失败后最困难的时期，重新站稳了脚跟，并且又向前迈进了。这在中国共产党的历史上，起着承前启后的关键作用。事实证明：这个时期在周恩来实际主持下的中共中央的路线和策略在基本上是正确的。
周恩来在延安整风时说：“经过大革命和白色恐怖的锻炼，坚定了我对革命的信心和决心。我做工作没有灰心过，在敌人公开压迫下没有胆怯过。”这种在极端艰难险恶的特殊环境中经过千锤百炼而形成的坚韧不拔的品质和常人难以做到的严格的组织纪律观念，成为周恩来性格中的重要组成部分，在他以后一生中起着极其明显的作用。
