自1853年3月太平军攻占南京后，清军随即在扬州建立江北大营，在南京城东孝陵卫扎立江南大营，直接威胁南京-镇江-扬州三角防御圈，掩护苏州、常州产粮区。1855年4月，江苏巡抚吉尔杭阿剿灭上海小刀会后，率万余清军围攻镇江城。1856年1月，杨秀清命令秦日纲、陈玉成、李秀成统率数万大军救援镇江，3月18日与镇江守军会师，大败江苏巡抚吉尔杭阿，攻破清军营盘16座。4月3日，太平军猛攻扬州江北大营，连破敌营120余座。清军经营三年之久的江北大营，被太平军一举摧毁，万余清军溃散。在完成征粮任务后，秦日纲率主力回师南京，仅留少数兵力驻守扬州。4月17日，扬州再次被清军江南大营援兵攻占。4月16日秦日纲部抵达南京江北的浦口，企图渡江回京。清军江南大营主帅向荣，急忙派兵围堵。秦日纲部只得向东折返，5月27日由瓜洲渡江，屯驻镇江金山，再破江苏巡抚吉尔杭阿（兵败自杀）。
天京事变——两万人头血染南京，太平天国盛极而衰
当秦日纲等率军东援镇江之际，石达开率领的三万太平军于5月2日占领安徽宁国府（今宣城），11日克芜湖， 18日进攻秣陵关。向荣见江南大营受到威胁，急忙派总兵张国梁率部前往阻截，江南大营因而兵力空虚。秦日纲部抵近南京城东后，杨秀清严令必须攻破江南大营方准入城。6月20日，各路太平军发起总攻，攻破孝陵卫大营。清军大溃，死伤副将以下千余人。向荣、张国梁等连夜败走淳化镇，21日又经句容逃往丹阳。至此，威胁天京达三年之久的清军江南大营也被太平军彻底摧毁。杨秀清即令秦日纲统军追击残余清军，韦昌辉主持江西军政，石达开前往湖北，解武汉之围。8月9日，向荣死于丹阳营中，钦差大臣由江南提督和春继任。
太平军连破清军江南、江北大营，解除了威胁南京长达三年的心腹之患。然而就在此时，南京城肘腋生变，一场政治屠杀让太平天国盛极而衰。8月初，东王杨秀清再次假借“天父下凡”，逼洪秀全封其为万岁（此事存疑），佐天侯陈承瑢密奏谓东王有弑君篡位之心。洪秀全密召韦昌辉、石达开回京铲除东王（存疑）。9月1日夜，北王韦昌辉从江西率三千精锐抵达南京城外，与秦日纲部汇合，陈承瑢开城门接应。众军在9月2日凌晨血洗东王府，杨秀清被杀，东王府内数千男女，包括东王妻妾五十四人同被杀尽。9月4日，韦昌辉诱杀在天京的东王部下各级文武及其家属5000人。东王部属余众奋起反抗，被诛杀者多达两万余人。9月26日翼王石达开回到南京，进城会晤韦昌辉，责备滥杀之事；北王又起杀心，达开连夜逃出南京。韦昌辉将其留京家室全部杀死，并派秦日纲领兵追杀。石达开逃至安庆，领兵4万讨伐北王，求天王杀北王以谢天下。韦昌辉在势急下攻打天王府，被南京军民所阻。11月2日，洪秀全亲自带兵活捉韦昌辉，将其五马分尸，割下首级送到翼王营中验视，并斩杀韦氏满门。参与天京事变的秦日纲、陈承瑢亦被天王派兵斩杀，废除爵位。11月8日，清廷严令湖北巡抚胡林翼乘天京事变攻取武昌。11月17日，曾国藩致信招降石达开。12月19日，湖北巡抚胡林翼攻克武昌，韦俊退入江西，两年后投降清军。
天京事变使太平军建立的军事优势尽数瓦解。铲除杨秀清后，天王洪秀全主持大局，提拔胞兄洪仁发、洪仁达执掌政权，提拔蒙得恩、李秀成、陈玉成、李世贤主掌军权。而返回南京的石达开反遭猜忌，与洪氏兄弟撕破脸皮。1857年5月，石达开自南京出走前往安庆，沿途召集部众10万余人，开始转战江南。从1857年到1863年，石达开率部在江西、浙江、福建、广西、湖北、贵州、云南、四川等省进进出出，辗转游移两万多里，连吃败仗，形同流寇。自石达开出走后，太平军控制的湖北、江西、安徽三省迅速被清军占据，直逼南京城外围。洪秀全曾派人送义王金牌给石达开，又削了自己两个哥哥的王爵来示好，但均被石达开拒绝。
天津条约——英国人趁火打劫，曾国藩重新出山
1857年3月4日，曾国藩父亲病逝。3月11日，困守南昌的曾国藩（仍是兵部右侍郎衔），因与江西官场不和，加之军事失利，借机上《报丁父忧折》，不待朝廷回复便离开江西回家守孝。行前命杨载福、彭玉麟主掌水师，福兴负责江西军事调遣。清廷准其回乡三个月处理丧事，期满后曾国藩又提出要守孝三年。清廷不准，曾国藩便以“客居虚衔之位”为由，要求清廷授予地方实权。此时太平天国经过天京事变已经元气大伤。咸丰帝认为有无曾国藩似乎无碍大局，遂准其开缺守孝。就在曾国藩守孝的一年多时间里，湘军攻占湖北、江西大部。胡林翼实授湖北巡抚，杨载福实授水师提督，彭玉麟授按察使衔，而曾国藩还是空挂虚衔。
1858年5月19日，浙江布政使李续宾，率湘军攻克长江重镇九江，全歼太平军林启荣部1.7万余人。就在清廷与太平军激战正酣之际。5月20日，英法联军趁机攻占天津大沽口炮台，直逼天津，威胁北京。清廷为免太平军趁机翻盘，并未调湘军北上勤王，而是派钦差大臣桂良、花沙纳议和。6月13-27日，清廷被迫与英法俄美四国签订《天津条约》。石达开部趁机自江西进攻福建，浙江。由于曾国藩在湘军中无人能比的地位，实际唯有他能统一指挥各路湘军，骆秉章、胡林翼趁机奏请清廷让其复出。7月1日，咸丰帝命曾国藩驰援浙江办理军务。曾国藩未再推辞，就此重新出山，7月22日抵达长沙，与骆秉章、左宗棠会商援浙军事。8月3日，曾国藩至武昌与湖广总督官文会面。8月12日，曾国藩至黄州巴河，李续宾、彭玉麟、曾国华先后来见，决定将主攻方向落在安徽安庆，最后夺取南京。8月18日，咸丰帝命曾国藩驰援福建，对付石达开。8月27日，胡林翼因母亲病逝回乡丁忧，曾国藩的统帅地位显得愈发重要。此后湘军万余精锐沿长江而下，杨载福、鲍超率水师猛攻安庆。李续宾率陆师先后攻克安徽太湖、潜山、桐城、舒城，进驻三河镇，直逼合肥。陈玉成、李秀成联合救援合肥，东西两路夹攻湘军。11月15日起，太平军与湘军在三河镇血战五天，李续宾、曾国华（曾国藩二弟）战死，所率六千湘军精锐全军覆没。太平军一举扭转自天京事变后的颓势，粉碎了湘军东犯的企图。
三河惨败使湘军元气大伤。英国特使额尔金（火烧圆明园的罪魁）趁机率舰队沿长江侦查情报，考察通商口岸。11月20日英舰抵达南京，遭到太平军炮击。21日凌晨，英军炮击浦口炮台，未遭还击，然后继续西行。11月23日，英舰至芜湖，额尔金派翻译威妥玛等人上岸与太平军会晤，责问炮击事件。12月6日，额尔金一行抵达汉口，12日返回。12月27日，英舰再次驶抵芜湖时，洪秀全派朱雄邦送诏书给额尔金（《赐英使额尔金诏》），称南京炮击英舰官兵已斩首，希望与英国“西洋番弟”合作，共同对付清廷。洪秀全还询问罗孝全是否也跟随英国使团来了。12月29日，英国舰队路过南京。额尔金派遣威妥玛、李泰国、俄理范等人上岸，与李春发会晤。商定以后英船通过南京应先通知。1959年1月1日，额尔金一行回到上海，对太平军印象恶劣，认为其必会失败。1月14日，翰林院编修李鸿章，因合肥祖宅被太平军焚毁，赴江西建昌府拜见曾国藩，入幕协办军务。五年后，李鸿章受封一等伯爵，出任两江总督。
1859年末，永州镇总兵署理湖南提督樊燮，弹劾湖南巡抚骆秉章，并向湖广总督官文控告骆的幕僚左宗棠结交外吏。按照清制：督抚纵容幕宾结交要革职治罪。左宗棠故有杀身之祸，重用他的骆秉章、张亮基、曾国藩都难逃干系。湖广总督官文素来对左宗棠清除湖南贪腐官吏、裁撤冗员等作为不满，借机报复。清廷即命左副都御史钱宝青会同官文办理此案，要左宗棠到武昌对簿公堂，并密令官文，倘左有不法行为可就地正法。这一案件轰动朝野，若左、骆倒台，湘系集团必大受牵连。为此，郭嵩焘、肃顺、潘祖荫、胡林翼、曾国藩轮番保奏左宗棠。咸丰帝初以为左不过是一幕僚，没想到会引出如此轩然大波。官文得知咸丰欲重用左宗棠，加之钱宝青又是曾国藩的门生，遂顺水推舟，放过了左宗棠。结果左宗棠非但没有到武昌受审，不久即出骆秉章幕，奉旨以四品京堂衔入湘军大营襄办军务，自领一军独挡一面，三年后即升任闽浙总督，成为封疆大吏。曾国藩再度出山和左宗棠大难不死，显示湘系集团已经壮大到清廷无法随意抑制的地步。
香港来客——干王如何从天而降
这里还需要提到一个关键人物，洪秀全的族弟洪仁玕。自1847年两人在广州从罗孝全的教堂分手后，洪秀全去了广西桂平，洪仁玕回到了花县老家，金田起事后，因清军捕杀洪氏族人，洪仁玕于1852年4月逃到香港，结识巴色会传教士韩山明（瑞典籍，曾经是英国间谍郭士立的助手）。韩山明对于洪秀全非常感兴趣，极力收集其情报，便收留洪仁玕。1853年11月，洪仁玕在香港受韩山明洗礼，成为基督徒。1854年5月4日，洪仁玕离港赴上海，谋往南京。行前韩山明资助其旅费200元，不久韩山明因痢疾病死（35岁）。洪仁玕到上海时，正值小刀会叛乱。小刀会不相信他是洪秀全族弟。他曾希望搭外国军舰至南京，遭到拒绝。洪仁玕只好进入英国伦敦会在上海租界设立的墨海书院（中国第一个近代印刷所），协助麦都思注释圣经。英国领事威妥玛听说他是洪秀全的亲属，特别邀请他到官邸谈话两次，密迪乐也曾与其交往。1854年底洪仁玕返回香港，受聘为英国伦敦会布道师，结识大批欧洲传教士，深受影响。1858年6月，洪仁玕决定前往南京找洪秀全，英国传教士湛约翰认为可以利用他到南京开设教堂，特意赠送百金作为旅费，还替他照顾妻儿。洪仁玕几经周折，越梅岭入江西，混入清军抵达安徽辰塘河，由太平军守将黄玉成护送往南京。1859年4月22日洪仁玕到达南京，见到了洪秀全。经过天京事变和石达开出走，天平天国内部已矛盾丛生，洪秀全需要有人给他收拾局面。
1859年5月11日，抵达南京仅半个月的洪仁玕，被洪秀全加封为“干王”（唯一的王爵军师），一跃成为第二号人物，总理朝纲，并且主持外事。在此之前，太平军仅有10人封王。洪仁玕无功受禄自然引起众将不服。为了平息矛盾，洪秀全又封李秀成、陈玉成等人为王（此后五年封王者多达2700余人）。这个忽然冒出来的“干王”，不久即向洪秀全提出著名的《资政新篇》作为统筹全局的新政纲领，希望效仿西方资本主义国家，在政治上实施法治、民主、选举，在经济上发展工业资本，在外交上对各国开放。这些观点洪仁玕早在香港时已有雏形，还曾与传教士做过讨论。仅在《资政新篇》中，洪仁玕提及与其“亲善”的外国人就包括罗孝全、裨治文、理雅各、慕维廉、叶纳清、俾士（其子创建香港拔萃书室，孙中山曾入读）、合信、韦律众、花兰芷、米士威（即密迪乐）、晏玛太等22人。
这批外国人中，除了密迪乐外，多以传教士身份示人。然而传教士实际是外国对华渗透的重要工具。例如罗孝全即为英国间谍郭士立的助手。裨治文（E.C.Bridgman）是美国情报人员，与郭士立共办《中国丛报》，鼓吹煽动鸦片战争，担任过美国公使顾盛的翻译，参与订立中美《望厦条约》，1854年随美国公使麦莲访问南京。理雅各是香港英华书院院长（马礼逊创办），也是英国著名的汉学家，历时25年翻译出《论语》、《孟子》、《诗经》等四书五经（了解中国文化，是西方入侵中国的一部分）。慕维廉是青浦教案（中国近代第一件教案）的肇事者和上海“墨海书馆”的创办人之一。俾士于1851年赴广州传教，合信于1839年至澳门传教，是马礼逊的女婿。这批外国人似乎在“不经意”间，便通过洪仁玕影响到了天平天国最高决策层。大批外国人由于洪仁玕“对外开放”的政策，渗透进了太平天国。
1860年6月23日，花兰芷、高第丕、赫威尔等到了苏州，洪仁玕、李秀成对他们热情欢迎。还托他们给英、法、美各国公使带去了照会。6月底，艾约瑟、杨笃信等又赴苏州，想借他们与洪仁玕的私交，探悉太平天国对外国人，对基督教的态度。8月2日，艾约瑟、杨笃信等到达苏州，即与洪仁玕会见，洪仁玕对理雅各、湛孖士、韩山文、艾约瑟、杨笃信等十分感激。8月8日，花兰芷等访问南京，章王林绍璋派一位姓彭的官员接待。洪秀全对花兰芷等的到来十分满意。文武官员也亲切地称呼他们为洋兄弟。9月22日，罗孝全到达苏州。太平军鸣锣致敬，李秀成对他曾是洪秀全、洪仁玕的宗教老师而推崇备至。10月13日，罗孝全到达南京，即住进了干王府。被封为接天义，通事官领袖，帮助洪仁玕处理外交事务。此后天平天国与欧洲人的交往进入活跃期，巴夏礼、何伯、艾约瑟、英国代理宁波领事富礼赐、美国海军上将司百龄等相继到访南京。“巧合”的是，此时恰恰爆发第二次鸦片战争。通过上述事件可见，太平天国与欧美各国长期保持着密切的关系。洪仁玕当政，进一步增强了欧美各国对于中国局势的渗透力。
